# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.306 0.010 0.045 0.022 0.044 0.079 0.013 0.002 0.048 0.370 2 R 0.051 0.114 0.003 0.026 0.052 0.072 0.107 0.009 0.001 0.100 0.465 3 E 0.038 0.061 0.004 0.185 0.083 0.131 0.075 0.005 0.001 0.167 0.250 4 L 0.030 0.013 0.005 0.188 0.047 0.077 0.115 0.003 0.002 0.139 0.383 5 L 0.019 0.011 0.005 0.311 0.090 0.104 0.101 0.002 0.002 0.077 0.278 6 R 0.119 0.036 0.003 0.121 0.035 0.066 0.100 0.004 0.003 0.061 0.453 7 T 0.081 0.073 0.002 0.042 0.017 0.035 0.127 0.012 0.001 0.065 0.546 8 N 0.028 0.272 0.001 0.015 0.005 0.011 0.095 0.005 0.001 0.071 0.497 9 D 0.017 0.770 0.001 0.016 0.006 0.012 0.029 0.002 0.001 0.039 0.108 10 A 0.009 0.433 0.001 0.023 0.025 0.028 0.023 0.001 0.001 0.364 0.093 11 V 0.003 0.858 0.002 0.007 0.011 0.009 0.007 0.001 0.001 0.064 0.039 12 L 0.006 0.931 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.033 0.018 13 L 0.005 0.782 0.003 0.004 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.172 0.019 14 S 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.015 15 A 0.007 0.936 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.012 0.022 16 V 0.030 0.902 0.005 0.001 0.002 0.002 0.008 0.011 0.001 0.010 0.028 17 G 0.061 0.653 0.003 0.005 0.002 0.003 0.023 0.005 0.002 0.085 0.157 18 A 0.069 0.152 0.072 0.008 0.004 0.005 0.100 0.010 0.032 0.249 0.300 19 L 0.212 0.119 0.025 0.020 0.004 0.008 0.119 0.016 0.014 0.118 0.346 20 L 0.174 0.034 0.021 0.015 0.004 0.007 0.099 0.007 0.018 0.072 0.551 21 D 0.125 0.032 0.003 0.010 0.003 0.007 0.121 0.006 0.002 0.037 0.655 22 G 0.090 0.018 0.003 0.012 0.003 0.009 0.096 0.003 0.002 0.043 0.723 23 A 0.037 0.023 0.003 0.033 0.025 0.042 0.145 0.005 0.001 0.045 0.642 24 D 0.032 0.044 0.002 0.073 0.022 0.060 0.116 0.003 0.001 0.048 0.599 25 I 0.024 0.061 0.002 0.117 0.090 0.091 0.095 0.006 0.001 0.054 0.458 26 G 0.023 0.036 0.001 0.264 0.133 0.168 0.066 0.004 0.001 0.066 0.238 27 H 0.012 0.026 0.002 0.214 0.127 0.199 0.064 0.002 0.001 0.046 0.308 28 L 0.012 0.015 0.002 0.344 0.122 0.176 0.063 0.002 0.001 0.057 0.203 29 V 0.054 0.010 0.006 0.166 0.139 0.160 0.085 0.003 0.003 0.137 0.237 30 L 0.035 0.015 0.003 0.157 0.065 0.115 0.110 0.005 0.002 0.071 0.422 31 D 0.219 0.066 0.005 0.045 0.025 0.045 0.108 0.006 0.004 0.089 0.389 32 Q 0.056 0.123 0.005 0.052 0.023 0.034 0.119 0.006 0.002 0.054 0.526 33 N 0.045 0.220 0.002 0.022 0.027 0.045 0.105 0.009 0.001 0.042 0.484 34 M 0.053 0.260 0.003 0.043 0.055 0.053 0.087 0.015 0.001 0.079 0.352 35 S 0.078 0.346 0.006 0.054 0.032 0.054 0.084 0.010 0.002 0.081 0.253 36 I 0.054 0.063 0.005 0.064 0.039 0.058 0.061 0.005 0.001 0.447 0.203 37 L 0.056 0.159 0.012 0.104 0.037 0.061 0.087 0.008 0.005 0.210 0.262 38 E 0.150 0.136 0.020 0.075 0.029 0.055 0.105 0.010 0.007 0.108 0.306 39 G 0.076 0.066 0.013 0.079 0.044 0.100 0.117 0.013 0.006 0.089 0.397 40 S 0.109 0.071 0.002 0.022 0.028 0.072 0.112 0.009 0.001 0.075 0.498 41 L 0.076 0.012 0.007 0.032 0.030 0.062 0.128 0.006 0.004 0.103 0.540 42 G 0.035 0.011 0.004 0.042 0.062 0.126 0.142 0.004 0.002 0.067 0.507 43 V 0.040 0.003 0.004 0.037 0.035 0.071 0.121 0.002 0.002 0.068 0.618 44 I 0.045 0.004 0.003 0.101 0.100 0.102 0.148 0.006 0.001 0.092 0.398 45 P 0.047 0.006 0.001 0.098 0.032 0.068 0.142 0.003 0.001 0.066 0.536 46 R 0.007 0.003 0.001 0.124 0.101 0.133 0.105 0.004 0.001 0.048 0.474 47 R 0.003 0.003 0.001 0.299 0.115 0.231 0.055 0.002 0.001 0.045 0.248 48 V 0.002 0.001 0.001 0.323 0.134 0.167 0.050 0.001 0.001 0.037 0.285 49 L 0.001 0.001 0.001 0.542 0.168 0.130 0.029 0.001 0.001 0.026 0.101 50 V 0.006 0.009 0.002 0.376 0.068 0.095 0.062 0.001 0.001 0.031 0.348 51 H 0.256 0.335 0.003 0.061 0.012 0.019 0.045 0.022 0.002 0.021 0.225 52 E 0.136 0.348 0.005 0.015 0.001 0.003 0.042 0.009 0.003 0.078 0.362 53 D 0.024 0.258 0.015 0.008 0.003 0.004 0.060 0.003 0.005 0.185 0.435 54 D 0.070 0.700 0.002 0.001 0.003 0.003 0.019 0.016 0.001 0.075 0.110 55 L 0.052 0.806 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.041 0.084 56 A 0.015 0.847 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.041 0.077 57 G 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.026 58 A 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 59 R 0.008 0.429 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.527 0.024 60 R 0.004 0.863 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.086 0.032 61 L 0.038 0.827 0.015 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.003 0.055 0.038 62 L 0.040 0.135 0.358 0.002 0.001 0.001 0.013 0.015 0.305 0.068 0.062 63 T 0.481 0.172 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.008 0.001 0.011 0.293 64 D 0.105 0.105 0.006 0.003 0.001 0.003 0.042 0.012 0.006 0.030 0.688 65 A 0.055 0.094 0.009 0.008 0.002 0.004 0.131 0.003 0.002 0.022 0.670 66 G 0.034 0.097 0.008 0.012 0.005 0.012 0.085 0.002 0.003 0.030 0.712 67 L 0.155 0.128 0.003 0.008 0.020 0.014 0.119 0.019 0.001 0.065 0.468 68 A 0.178 0.178 0.003 0.027 0.008 0.021 0.095 0.019 0.002 0.064 0.406 69 H 0.136 0.058 0.002 0.046 0.029 0.071 0.101 0.008 0.001 0.059 0.488 70 E 0.017 0.027 0.003 0.062 0.046 0.129 0.121 0.002 0.001 0.043 0.549 71 L 0.028 0.017 0.008 0.068 0.065 0.092 0.098 0.003 0.003 0.045 0.573 72 R 0.234 0.025 0.003 0.029 0.049 0.050 0.093 0.010 0.003 0.074 0.430 73 S 0.101 0.011 0.001 0.008 0.009 0.014 0.086 0.004 0.001 0.031 0.734 74 D 0.037 0.010 0.001 0.008 0.008 0.017 0.089 0.005 0.001 0.026 0.798 75 D 0.055 0.017 0.002 0.012 0.018 0.026 0.113 0.006 0.001 0.045 0.705