# TARGET T0349 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.074 0.051 0.099 0.085 0.095 0.120 0.108 0.109 0.087 0.067 2 R 0.118 0.100 0.070 0.166 0.182 0.140 0.124 0.052 0.029 0.013 0.005 3 E 0.076 0.089 0.161 0.222 0.168 0.120 0.098 0.039 0.017 0.007 0.003 4 L 0.018 0.020 0.030 0.061 0.076 0.103 0.177 0.159 0.146 0.124 0.086 5 L 0.013 0.009 0.025 0.031 0.034 0.046 0.113 0.147 0.193 0.205 0.184 6 R 0.016 0.057 0.121 0.193 0.171 0.139 0.126 0.073 0.056 0.031 0.017 7 T 0.023 0.038 0.066 0.060 0.057 0.072 0.163 0.143 0.149 0.134 0.096 8 N 0.079 0.088 0.060 0.149 0.178 0.138 0.145 0.074 0.048 0.026 0.015 9 D 0.040 0.074 0.049 0.102 0.113 0.126 0.214 0.106 0.086 0.058 0.031 10 A 0.088 0.060 0.083 0.144 0.154 0.149 0.123 0.064 0.061 0.043 0.032 11 V 0.042 0.026 0.046 0.042 0.038 0.054 0.151 0.138 0.175 0.152 0.136 12 L 0.003 0.009 0.019 0.039 0.044 0.067 0.158 0.183 0.196 0.160 0.121 13 L 0.007 0.009 0.055 0.024 0.020 0.029 0.076 0.106 0.199 0.231 0.244 14 S 0.013 0.015 0.120 0.112 0.118 0.118 0.166 0.113 0.093 0.072 0.060 15 A 0.002 0.007 0.047 0.040 0.043 0.067 0.166 0.144 0.189 0.168 0.128 16 V 0.002 0.003 0.032 0.017 0.014 0.021 0.072 0.102 0.194 0.256 0.289 17 G 0.013 0.020 0.087 0.131 0.151 0.180 0.217 0.092 0.059 0.032 0.019 18 A 0.009 0.012 0.115 0.039 0.045 0.069 0.152 0.129 0.155 0.145 0.132 19 L 0.003 0.008 0.018 0.050 0.071 0.107 0.217 0.142 0.141 0.123 0.119 20 L 0.001 0.002 0.007 0.007 0.012 0.024 0.088 0.117 0.220 0.236 0.285 21 D 0.096 0.188 0.233 0.242 0.129 0.064 0.033 0.009 0.004 0.002 0.001 22 G 0.579 0.161 0.069 0.093 0.048 0.027 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 23 A 0.058 0.045 0.020 0.068 0.078 0.103 0.180 0.142 0.123 0.094 0.089 24 D 0.261 0.323 0.109 0.187 0.073 0.029 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 25 I 0.006 0.005 0.003 0.011 0.017 0.030 0.092 0.131 0.229 0.228 0.248 26 G 0.181 0.191 0.075 0.176 0.122 0.100 0.084 0.033 0.020 0.010 0.008 27 H 0.022 0.039 0.025 0.106 0.122 0.151 0.206 0.123 0.102 0.064 0.040 28 L 0.020 0.018 0.015 0.051 0.058 0.092 0.148 0.132 0.156 0.154 0.155 29 V 0.037 0.051 0.047 0.146 0.152 0.135 0.152 0.107 0.085 0.055 0.034 30 L 0.013 0.016 0.020 0.045 0.044 0.050 0.121 0.151 0.197 0.187 0.157 31 D 0.012 0.028 0.048 0.109 0.135 0.151 0.185 0.125 0.099 0.062 0.047 32 Q 0.086 0.076 0.103 0.184 0.168 0.127 0.128 0.060 0.036 0.020 0.011 33 N 0.130 0.111 0.082 0.179 0.140 0.114 0.113 0.055 0.039 0.024 0.013 34 M 0.028 0.022 0.021 0.036 0.037 0.053 0.129 0.147 0.210 0.185 0.134 35 S 0.098 0.133 0.095 0.177 0.133 0.111 0.107 0.058 0.040 0.026 0.022 36 I 0.028 0.042 0.045 0.068 0.068 0.084 0.148 0.142 0.146 0.124 0.105 37 L 0.047 0.029 0.028 0.054 0.059 0.068 0.130 0.136 0.171 0.143 0.135 38 E 0.083 0.084 0.053 0.134 0.127 0.118 0.127 0.087 0.081 0.057 0.049 39 G 0.096 0.063 0.050 0.088 0.083 0.087 0.127 0.109 0.116 0.100 0.081 40 S 0.073 0.065 0.046 0.097 0.093 0.095 0.137 0.111 0.113 0.092 0.077 41 L 0.033 0.031 0.022 0.048 0.045 0.063 0.128 0.123 0.159 0.172 0.176 42 G 0.071 0.067 0.046 0.102 0.098 0.109 0.140 0.104 0.102 0.083 0.078 43 V 0.045 0.047 0.027 0.064 0.060 0.074 0.139 0.122 0.143 0.139 0.140 44 I 0.018 0.019 0.015 0.040 0.045 0.051 0.103 0.129 0.184 0.194 0.202 45 P 0.062 0.067 0.044 0.135 0.137 0.129 0.149 0.095 0.084 0.055 0.044 46 R 0.045 0.047 0.042 0.128 0.138 0.143 0.174 0.114 0.086 0.055 0.030 47 R 0.008 0.014 0.013 0.056 0.078 0.123 0.208 0.173 0.148 0.109 0.071 48 V 0.005 0.007 0.008 0.021 0.027 0.043 0.124 0.152 0.210 0.224 0.180 49 L 0.005 0.008 0.011 0.026 0.039 0.062 0.170 0.178 0.204 0.176 0.121 50 V 0.002 0.006 0.006 0.020 0.032 0.045 0.118 0.157 0.219 0.214 0.181 51 H 0.040 0.172 0.083 0.206 0.190 0.124 0.107 0.043 0.022 0.009 0.004 52 E 0.434 0.159 0.085 0.171 0.083 0.035 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 53 D 0.752 0.121 0.044 0.052 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 D 0.014 0.126 0.054 0.122 0.096 0.163 0.202 0.102 0.065 0.036 0.020 55 L 0.014 0.027 0.035 0.085 0.155 0.253 0.249 0.100 0.052 0.021 0.009 56 A 0.611 0.141 0.184 0.043 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.008 0.036 0.103 0.329 0.241 0.156 0.092 0.023 0.008 0.003 0.001 58 A 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.007 0.047 0.095 0.219 0.297 0.322 59 R 0.003 0.004 0.092 0.186 0.245 0.275 0.145 0.034 0.012 0.004 0.001 60 R 0.001 0.015 0.611 0.190 0.104 0.051 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 61 L 0.001 0.002 0.012 0.013 0.026 0.071 0.248 0.194 0.183 0.144 0.107 62 L 0.002 0.001 0.013 0.005 0.007 0.012 0.086 0.149 0.248 0.273 0.204 63 T 0.005 0.035 0.376 0.187 0.179 0.103 0.066 0.024 0.012 0.007 0.005 64 D 0.024 0.075 0.358 0.170 0.134 0.104 0.080 0.028 0.016 0.008 0.004 65 A 0.106 0.042 0.043 0.055 0.067 0.093 0.214 0.130 0.121 0.083 0.046 66 G 0.521 0.178 0.099 0.084 0.041 0.029 0.025 0.009 0.007 0.004 0.003 67 L 0.006 0.012 0.011 0.019 0.026 0.050 0.121 0.138 0.191 0.219 0.207 68 A 0.076 0.175 0.106 0.169 0.149 0.131 0.109 0.040 0.024 0.012 0.008 69 H 0.262 0.128 0.172 0.151 0.102 0.071 0.059 0.024 0.017 0.009 0.005 70 E 0.133 0.131 0.117 0.205 0.159 0.099 0.083 0.033 0.020 0.012 0.009 71 L 0.007 0.008 0.013 0.022 0.029 0.045 0.115 0.140 0.204 0.223 0.195 72 R 0.016 0.035 0.063 0.142 0.178 0.189 0.199 0.087 0.051 0.026 0.014 73 S 0.113 0.157 0.383 0.168 0.080 0.047 0.032 0.011 0.006 0.003 0.001 74 D 0.399 0.159 0.092 0.131 0.080 0.056 0.048 0.017 0.009 0.006 0.003 75 D 0.668 0.141 0.033 0.052 0.029 0.020 0.021 0.012 0.011 0.008 0.006