# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.062 0.043 0.038 0.085 0.153 0.019 0.470 2 R 0.124 0.096 0.060 0.084 0.100 0.188 0.019 0.330 3 E 0.081 0.152 0.156 0.171 0.176 0.089 0.012 0.164 4 L 0.053 0.140 0.096 0.134 0.246 0.055 0.010 0.265 5 L 0.025 0.102 0.286 0.202 0.222 0.030 0.009 0.124 6 R 0.018 0.138 0.166 0.210 0.187 0.063 0.011 0.208 7 T 0.025 0.112 0.161 0.083 0.158 0.049 0.017 0.395 8 N 0.031 0.066 0.075 0.036 0.061 0.147 0.022 0.561 9 D 0.073 0.023 0.025 0.012 0.015 0.335 0.022 0.495 10 A 0.056 0.055 0.032 0.013 0.015 0.187 0.008 0.632 11 V 0.049 0.237 0.041 0.040 0.047 0.278 0.007 0.300 12 L 0.044 0.426 0.043 0.040 0.074 0.197 0.007 0.171 13 L 0.012 0.854 0.013 0.021 0.039 0.012 0.001 0.047 14 S 0.005 0.905 0.008 0.017 0.022 0.011 0.002 0.029 15 A 0.021 0.889 0.004 0.009 0.013 0.009 0.007 0.047 16 V 0.028 0.908 0.005 0.005 0.014 0.005 0.007 0.027 17 G 0.019 0.915 0.004 0.005 0.010 0.006 0.007 0.034 18 A 0.022 0.930 0.004 0.003 0.003 0.003 0.008 0.027 19 L 0.067 0.858 0.007 0.004 0.006 0.004 0.020 0.034 20 L 0.109 0.782 0.016 0.007 0.009 0.006 0.023 0.047 21 D 0.128 0.587 0.031 0.011 0.016 0.022 0.052 0.153 22 G 0.351 0.193 0.031 0.008 0.009 0.015 0.107 0.286 23 A 0.400 0.106 0.086 0.015 0.012 0.067 0.077 0.238 24 D 0.098 0.033 0.074 0.017 0.015 0.131 0.048 0.584 25 I 0.102 0.032 0.260 0.045 0.059 0.107 0.018 0.378 26 G 0.038 0.025 0.241 0.089 0.111 0.167 0.009 0.320 27 H 0.015 0.014 0.168 0.054 0.075 0.071 0.004 0.598 28 L 0.020 0.023 0.380 0.186 0.198 0.056 0.005 0.132 29 V 0.020 0.020 0.228 0.179 0.225 0.050 0.004 0.275 30 L 0.008 0.020 0.287 0.197 0.284 0.035 0.003 0.166 31 D 0.014 0.043 0.149 0.218 0.315 0.050 0.006 0.205 32 Q 0.044 0.035 0.142 0.082 0.206 0.120 0.014 0.357 33 N 0.060 0.032 0.051 0.044 0.075 0.388 0.023 0.327 34 M 0.360 0.034 0.081 0.043 0.047 0.097 0.052 0.286 35 S 0.098 0.061 0.115 0.063 0.055 0.243 0.022 0.343 36 I 0.053 0.048 0.148 0.058 0.126 0.106 0.020 0.440 37 L 0.083 0.080 0.103 0.073 0.178 0.256 0.011 0.216 38 E 0.071 0.078 0.106 0.088 0.156 0.228 0.020 0.254 39 G 0.086 0.166 0.059 0.062 0.079 0.061 0.025 0.463 40 S 0.218 0.047 0.098 0.041 0.080 0.146 0.033 0.338 41 L 0.046 0.075 0.061 0.103 0.087 0.073 0.014 0.541 42 G 0.156 0.038 0.040 0.087 0.201 0.094 0.043 0.342 43 V 0.066 0.051 0.167 0.103 0.119 0.060 0.031 0.403 44 I 0.072 0.020 0.100 0.255 0.237 0.078 0.013 0.225 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 46 R 0.005 0.004 0.137 0.212 0.409 0.111 0.003 0.119 47 R 0.213 0.013 0.177 0.161 0.203 0.063 0.008 0.163 48 V 0.032 0.012 0.226 0.293 0.320 0.020 0.005 0.092 49 L 0.031 0.005 0.285 0.222 0.287 0.029 0.003 0.138 50 V 0.017 0.006 0.236 0.232 0.275 0.029 0.003 0.201 51 H 0.015 0.010 0.151 0.126 0.368 0.079 0.004 0.245 52 E 0.013 0.007 0.043 0.029 0.121 0.064 0.005 0.717 53 D 0.015 0.004 0.008 0.006 0.017 0.105 0.004 0.840 54 D 0.127 0.009 0.004 0.003 0.005 0.262 0.013 0.577 55 L 0.197 0.082 0.021 0.005 0.012 0.248 0.012 0.423 56 A 0.038 0.158 0.008 0.003 0.010 0.273 0.005 0.504 57 G 0.046 0.283 0.003 0.002 0.004 0.198 0.004 0.460 58 A 0.041 0.778 0.003 0.001 0.003 0.030 0.003 0.141 59 R 0.006 0.955 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 60 R 0.004 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 61 L 0.008 0.971 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 62 L 0.012 0.957 0.003 0.002 0.005 0.002 0.003 0.017 63 T 0.014 0.936 0.005 0.002 0.004 0.004 0.005 0.030 64 D 0.032 0.901 0.006 0.001 0.002 0.004 0.013 0.041 65 A 0.099 0.798 0.010 0.002 0.001 0.007 0.043 0.040 66 G 0.612 0.119 0.010 0.003 0.002 0.017 0.124 0.113 67 L 0.240 0.192 0.352 0.015 0.017 0.047 0.023 0.115 68 A 0.025 0.137 0.054 0.016 0.048 0.136 0.010 0.574 69 H 0.062 0.189 0.058 0.023 0.042 0.122 0.016 0.488 70 E 0.141 0.286 0.045 0.018 0.025 0.201 0.020 0.263 71 L 0.292 0.299 0.080 0.028 0.037 0.060 0.021 0.182 72 R 0.181 0.298 0.083 0.067 0.072 0.070 0.027 0.202 73 S 0.099 0.161 0.077 0.047 0.076 0.048 0.029 0.463 74 D 0.071 0.052 0.033 0.016 0.034 0.051 0.020 0.722 75 D 0.048 0.018 0.013 0.008 0.013 0.171 0.015 0.715