# TARGET T0349 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.033 0.019 0.010 0.092 0.007 0.013 0.360 0.126 0.124 0.088 2 R 0.038 0.117 0.040 0.020 0.094 0.060 0.059 0.438 0.114 0.013 0.007 3 E 0.170 0.074 0.019 0.006 0.305 0.009 0.021 0.252 0.075 0.032 0.036 4 L 0.107 0.045 0.012 0.015 0.148 0.038 0.079 0.338 0.107 0.086 0.025 5 L 0.084 0.178 0.030 0.005 0.292 0.007 0.020 0.200 0.076 0.072 0.037 6 R 0.147 0.076 0.034 0.034 0.152 0.026 0.017 0.062 0.047 0.246 0.158 7 T 0.010 0.289 0.293 0.094 0.090 0.029 0.066 0.090 0.025 0.012 0.002 8 N 0.006 0.056 0.053 0.020 0.011 0.079 0.199 0.285 0.111 0.161 0.020 9 D 0.095 0.103 0.020 0.001 0.501 0.001 0.002 0.181 0.079 0.008 0.010 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.651 0.339 0.006 0.001 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.052 0.003 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.040 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.039 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.030 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.031 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.067 0.002 0.001 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.058 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.940 0.040 0.004 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.893 0.090 0.006 0.001 20 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.846 0.104 0.020 0.002 21 D 0.001 0.021 0.019 0.006 0.005 0.022 0.125 0.642 0.149 0.010 0.001 22 G 0.023 0.033 0.015 0.020 0.013 0.013 0.067 0.285 0.154 0.329 0.047 23 A 0.006 0.631 0.263 0.006 0.074 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.003 24 D 0.178 0.024 0.010 0.013 0.063 0.007 0.007 0.008 0.015 0.279 0.396 25 I 0.283 0.153 0.007 0.001 0.484 0.001 0.002 0.005 0.009 0.012 0.043 26 G 0.080 0.016 0.008 0.101 0.098 0.152 0.194 0.089 0.064 0.126 0.073 27 H 0.191 0.210 0.072 0.021 0.421 0.004 0.006 0.016 0.011 0.028 0.019 28 L 0.178 0.177 0.017 0.004 0.585 0.003 0.005 0.009 0.002 0.003 0.017 29 V 0.307 0.080 0.020 0.005 0.434 0.007 0.013 0.016 0.004 0.015 0.099 30 L 0.069 0.310 0.092 0.040 0.275 0.026 0.030 0.033 0.015 0.050 0.061 31 D 0.189 0.245 0.158 0.031 0.213 0.012 0.011 0.031 0.026 0.033 0.051 32 Q 0.015 0.025 0.021 0.030 0.021 0.043 0.067 0.320 0.371 0.071 0.017 33 N 0.070 0.172 0.054 0.022 0.121 0.011 0.033 0.097 0.115 0.240 0.066 34 M 0.160 0.170 0.037 0.008 0.222 0.005 0.005 0.029 0.047 0.177 0.140 35 S 0.122 0.176 0.041 0.005 0.302 0.009 0.040 0.171 0.074 0.032 0.028 36 I 0.203 0.106 0.041 0.020 0.186 0.016 0.024 0.178 0.112 0.069 0.044 37 L 0.107 0.168 0.089 0.054 0.244 0.048 0.060 0.144 0.039 0.023 0.025 38 E 0.124 0.065 0.032 0.053 0.111 0.101 0.109 0.125 0.092 0.104 0.084 39 G 0.051 0.138 0.256 0.144 0.130 0.012 0.010 0.045 0.038 0.110 0.065 40 S 0.116 0.099 0.063 0.056 0.156 0.049 0.065 0.152 0.094 0.105 0.047 41 L 0.071 0.165 0.072 0.061 0.171 0.057 0.099 0.098 0.077 0.100 0.029 42 G 0.132 0.149 0.107 0.052 0.250 0.010 0.020 0.053 0.039 0.115 0.073 43 V 0.209 0.182 0.061 0.033 0.233 0.021 0.030 0.034 0.030 0.092 0.074 44 I 0.056 0.426 0.138 0.017 0.282 0.010 0.016 0.018 0.009 0.013 0.015 45 P 0.312 0.104 0.026 0.005 0.383 0.010 0.016 0.035 0.019 0.025 0.064 46 R 0.111 0.192 0.068 0.031 0.324 0.041 0.064 0.066 0.039 0.037 0.027 47 R 0.167 0.210 0.049 0.009 0.423 0.011 0.016 0.031 0.026 0.020 0.040 48 V 0.128 0.218 0.038 0.005 0.484 0.008 0.012 0.023 0.026 0.023 0.037 49 L 0.330 0.115 0.021 0.002 0.313 0.002 0.007 0.007 0.015 0.073 0.115 50 V 0.037 0.462 0.247 0.018 0.185 0.005 0.005 0.004 0.005 0.016 0.017 51 H 0.015 0.536 0.307 0.019 0.103 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 52 E 0.012 0.016 0.006 0.004 0.047 0.006 0.020 0.429 0.433 0.021 0.006 53 D 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.030 0.688 0.214 0.051 0.003 54 D 0.013 0.023 0.005 0.001 0.015 0.001 0.012 0.608 0.117 0.193 0.011 55 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.858 0.119 0.012 0.001 56 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.919 0.058 0.004 0.001 57 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.919 0.059 0.017 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.058 0.005 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.042 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.964 0.029 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.028 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.925 0.063 0.007 0.001 63 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.873 0.096 0.002 0.001 64 D 0.002 0.007 0.003 0.003 0.002 0.006 0.096 0.734 0.110 0.035 0.001 65 A 0.003 0.717 0.194 0.004 0.049 0.002 0.003 0.009 0.007 0.009 0.002 66 G 0.109 0.018 0.009 0.014 0.022 0.006 0.010 0.044 0.030 0.409 0.327 67 L 0.041 0.331 0.108 0.020 0.134 0.033 0.026 0.146 0.075 0.065 0.022 68 A 0.076 0.064 0.023 0.060 0.092 0.034 0.038 0.252 0.171 0.104 0.085 69 H 0.053 0.065 0.047 0.029 0.070 0.031 0.047 0.280 0.296 0.060 0.023 70 E 0.043 0.094 0.039 0.010 0.118 0.008 0.044 0.417 0.149 0.055 0.021 71 L 0.105 0.067 0.025 0.013 0.156 0.027 0.082 0.218 0.096 0.161 0.051 72 R 0.052 0.258 0.155 0.062 0.169 0.020 0.026 0.092 0.052 0.084 0.030 73 S 0.047 0.144 0.064 0.032 0.101 0.037 0.086 0.244 0.145 0.075 0.025 74 D 0.043 0.082 0.052 0.015 0.078 0.014 0.039 0.166 0.166 0.288 0.057 75 D 0.079 0.128 0.059 0.020 0.157 0.017 0.037 0.134 0.105 0.184 0.081