# TARGET T0349 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.089 0.139 0.235 0.257 0.184 0.033 2 R 0.076 0.177 0.197 0.248 0.206 0.082 0.014 3 E 0.041 0.069 0.086 0.150 0.269 0.298 0.088 4 L 0.013 0.016 0.025 0.066 0.159 0.438 0.283 5 L 0.011 0.015 0.026 0.072 0.149 0.380 0.347 6 R 0.029 0.033 0.055 0.113 0.217 0.316 0.236 7 T 0.039 0.035 0.037 0.066 0.155 0.366 0.301 8 N 0.034 0.036 0.043 0.090 0.151 0.346 0.300 9 D 0.023 0.040 0.068 0.127 0.202 0.316 0.224 10 A 0.043 0.055 0.070 0.128 0.201 0.276 0.226 11 V 0.009 0.017 0.029 0.070 0.136 0.320 0.419 12 L 0.007 0.010 0.016 0.055 0.149 0.402 0.360 13 L 0.008 0.015 0.028 0.070 0.184 0.360 0.334 14 S 0.014 0.037 0.080 0.134 0.147 0.255 0.333 15 A 0.002 0.006 0.013 0.037 0.082 0.258 0.602 16 V 0.001 0.002 0.003 0.016 0.081 0.413 0.485 17 G 0.002 0.010 0.033 0.141 0.314 0.393 0.108 18 A 0.013 0.103 0.141 0.196 0.255 0.214 0.077 19 L 0.006 0.026 0.082 0.195 0.297 0.351 0.043 20 L 0.019 0.051 0.083 0.261 0.426 0.155 0.005 21 D 0.274 0.437 0.216 0.063 0.009 0.001 0.001 22 G 0.335 0.367 0.193 0.084 0.018 0.003 0.001 23 A 0.114 0.324 0.310 0.191 0.056 0.005 0.001 24 D 0.177 0.412 0.265 0.115 0.027 0.003 0.001 25 I 0.022 0.038 0.094 0.242 0.364 0.224 0.015 26 G 0.018 0.087 0.176 0.308 0.271 0.128 0.011 27 H 0.003 0.007 0.023 0.072 0.219 0.507 0.170 28 L 0.002 0.004 0.010 0.034 0.129 0.429 0.391 29 V 0.004 0.017 0.042 0.119 0.189 0.313 0.317 30 L 0.004 0.010 0.022 0.052 0.134 0.366 0.412 31 D 0.010 0.023 0.040 0.091 0.199 0.360 0.278 32 Q 0.016 0.038 0.059 0.122 0.201 0.333 0.232 33 N 0.024 0.041 0.067 0.144 0.251 0.322 0.151 34 M 0.032 0.051 0.074 0.126 0.213 0.342 0.162 35 S 0.060 0.096 0.105 0.168 0.212 0.232 0.127 36 I 0.043 0.081 0.128 0.183 0.220 0.207 0.138 37 L 0.081 0.082 0.072 0.118 0.172 0.303 0.173 38 E 0.078 0.101 0.137 0.193 0.210 0.188 0.094 39 G 0.148 0.129 0.124 0.129 0.143 0.188 0.139 40 S 0.104 0.092 0.090 0.155 0.178 0.212 0.169 41 L 0.156 0.094 0.098 0.150 0.173 0.196 0.133 42 G 0.202 0.109 0.112 0.136 0.158 0.167 0.115 43 V 0.250 0.136 0.133 0.140 0.137 0.138 0.067 44 I 0.116 0.070 0.099 0.132 0.159 0.261 0.164 45 P 0.198 0.120 0.120 0.175 0.174 0.156 0.058 46 R 0.204 0.136 0.124 0.141 0.195 0.154 0.045 47 R 0.138 0.131 0.147 0.196 0.182 0.155 0.051 48 V 0.194 0.127 0.115 0.174 0.183 0.174 0.032 49 L 0.275 0.138 0.123 0.154 0.172 0.121 0.018 50 V 0.391 0.201 0.154 0.139 0.086 0.027 0.002 51 H 0.468 0.254 0.135 0.091 0.040 0.012 0.001 52 E 0.571 0.249 0.110 0.050 0.016 0.005 0.001 53 D 0.553 0.255 0.109 0.053 0.022 0.007 0.001 54 D 0.224 0.233 0.208 0.197 0.111 0.025 0.002 55 L 0.109 0.198 0.291 0.249 0.129 0.024 0.001 56 A 0.484 0.375 0.109 0.027 0.005 0.001 0.001 57 G 0.140 0.343 0.329 0.149 0.034 0.005 0.001 58 A 0.025 0.034 0.071 0.231 0.455 0.177 0.007 59 R 0.066 0.243 0.321 0.262 0.092 0.015 0.001 60 R 0.298 0.476 0.161 0.052 0.010 0.002 0.001 61 L 0.074 0.138 0.211 0.296 0.207 0.071 0.003 62 L 0.082 0.099 0.148 0.265 0.276 0.120 0.009 63 T 0.288 0.361 0.209 0.108 0.028 0.005 0.001 64 D 0.399 0.368 0.159 0.055 0.016 0.003 0.001 65 A 0.180 0.252 0.242 0.213 0.091 0.020 0.002 66 G 0.351 0.362 0.181 0.076 0.024 0.005 0.001 67 L 0.168 0.106 0.168 0.252 0.209 0.086 0.011 68 A 0.282 0.249 0.169 0.158 0.100 0.037 0.005 69 H 0.207 0.178 0.213 0.209 0.134 0.052 0.006 70 E 0.191 0.171 0.200 0.221 0.144 0.065 0.007 71 L 0.098 0.105 0.139 0.218 0.278 0.152 0.011 72 R 0.253 0.227 0.223 0.182 0.093 0.021 0.001 73 S 0.651 0.231 0.081 0.029 0.006 0.001 0.001 74 D 0.757 0.166 0.051 0.020 0.004 0.001 0.001 75 D 0.776 0.145 0.048 0.022 0.008 0.002 0.001