# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.008 0.696 0.004 0.012 0.143 0.003 0.001 0.011 0.024 0.012 0.025 0.051 2 R 0.032 0.013 0.296 0.032 0.038 0.289 0.011 0.004 0.049 0.035 0.015 0.074 0.111 3 E 0.053 0.004 0.095 0.052 0.047 0.342 0.021 0.012 0.048 0.079 0.012 0.106 0.130 4 L 0.059 0.006 0.042 0.005 0.032 0.506 0.042 0.047 0.078 0.013 0.018 0.037 0.113 5 L 0.047 0.007 0.050 0.006 0.009 0.404 0.043 0.210 0.082 0.018 0.027 0.055 0.043 6 R 0.043 0.010 0.175 0.008 0.008 0.371 0.023 0.045 0.069 0.058 0.094 0.036 0.062 7 T 0.007 0.009 0.219 0.005 0.012 0.292 0.003 0.007 0.022 0.128 0.261 0.015 0.019 8 N 0.001 0.004 0.256 0.002 0.008 0.140 0.001 0.001 0.003 0.301 0.277 0.002 0.005 9 D 0.001 0.004 0.270 0.001 0.007 0.386 0.001 0.001 0.005 0.237 0.081 0.004 0.005 10 A 0.002 0.006 0.052 0.001 0.007 0.867 0.001 0.002 0.004 0.028 0.022 0.001 0.009 11 V 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 12 L 0.009 0.001 0.003 0.001 0.002 0.968 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 13 L 0.007 0.001 0.009 0.003 0.002 0.958 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.004 14 S 0.018 0.001 0.012 0.001 0.002 0.920 0.004 0.001 0.005 0.005 0.015 0.011 0.006 15 A 0.012 0.002 0.009 0.001 0.003 0.938 0.002 0.001 0.001 0.007 0.016 0.003 0.008 16 V 0.002 0.001 0.010 0.001 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 17 G 0.002 0.001 0.004 0.001 0.026 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.002 18 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.063 0.888 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.003 19 L 0.002 0.001 0.007 0.001 0.076 0.844 0.001 0.001 0.001 0.007 0.056 0.001 0.004 20 L 0.001 0.008 0.027 0.001 0.038 0.666 0.001 0.002 0.004 0.054 0.187 0.003 0.007 21 D 0.001 0.002 0.044 0.001 0.027 0.343 0.001 0.001 0.001 0.053 0.526 0.001 0.002 22 G 0.001 0.002 0.178 0.001 0.076 0.125 0.001 0.001 0.001 0.121 0.494 0.001 0.002 23 A 0.001 0.006 0.285 0.002 0.102 0.089 0.001 0.001 0.002 0.239 0.269 0.002 0.003 24 D 0.001 0.020 0.338 0.006 0.110 0.066 0.001 0.001 0.013 0.137 0.284 0.008 0.014 25 I 0.004 0.017 0.522 0.013 0.048 0.059 0.003 0.007 0.072 0.140 0.045 0.019 0.049 26 G 0.006 0.011 0.346 0.067 0.044 0.051 0.004 0.011 0.067 0.238 0.083 0.054 0.019 27 H 0.037 0.012 0.113 0.013 0.036 0.056 0.038 0.061 0.348 0.054 0.046 0.019 0.168 28 L 0.051 0.015 0.082 0.022 0.014 0.044 0.065 0.122 0.382 0.023 0.010 0.125 0.044 29 V 0.040 0.008 0.078 0.008 0.003 0.028 0.058 0.282 0.352 0.009 0.006 0.035 0.092 30 L 0.035 0.014 0.142 0.026 0.005 0.029 0.044 0.275 0.288 0.026 0.015 0.041 0.061 31 D 0.017 0.016 0.348 0.019 0.017 0.080 0.012 0.041 0.163 0.116 0.053 0.054 0.064 32 Q 0.004 0.007 0.102 0.032 0.058 0.148 0.002 0.003 0.020 0.237 0.362 0.009 0.017 33 N 0.004 0.005 0.201 0.017 0.055 0.067 0.001 0.002 0.013 0.137 0.469 0.012 0.017 34 M 0.017 0.018 0.449 0.016 0.049 0.075 0.006 0.008 0.033 0.156 0.081 0.024 0.069 35 S 0.053 0.051 0.265 0.004 0.041 0.098 0.014 0.020 0.063 0.088 0.067 0.165 0.071 36 I 0.088 0.033 0.104 0.009 0.085 0.210 0.022 0.031 0.046 0.053 0.080 0.035 0.203 37 L 0.074 0.014 0.115 0.054 0.083 0.301 0.014 0.009 0.023 0.057 0.093 0.099 0.063 38 E 0.043 0.008 0.066 0.022 0.097 0.326 0.007 0.003 0.011 0.077 0.242 0.026 0.071 39 G 0.051 0.008 0.099 0.012 0.076 0.187 0.005 0.002 0.007 0.109 0.340 0.046 0.057 40 S 0.075 0.023 0.222 0.014 0.061 0.162 0.008 0.001 0.014 0.085 0.154 0.061 0.119 41 L 0.092 0.020 0.205 0.021 0.066 0.083 0.011 0.001 0.015 0.090 0.141 0.069 0.186 42 G 0.097 0.012 0.177 0.018 0.040 0.038 0.012 0.001 0.018 0.114 0.148 0.209 0.115 43 V 0.093 0.036 0.232 0.017 0.023 0.015 0.021 0.002 0.025 0.110 0.085 0.032 0.309 44 I 0.021 0.015 0.338 0.011 0.007 0.005 0.005 0.001 0.023 0.185 0.019 0.323 0.048 45 P 0.012 0.009 0.489 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.017 0.059 0.036 0.010 0.335 46 R 0.055 0.009 0.313 0.067 0.074 0.021 0.011 0.003 0.037 0.120 0.074 0.134 0.084 47 R 0.159 0.007 0.113 0.059 0.050 0.028 0.044 0.017 0.097 0.093 0.030 0.076 0.228 48 V 0.277 0.005 0.047 0.016 0.020 0.018 0.106 0.038 0.123 0.025 0.014 0.167 0.144 49 L 0.298 0.023 0.050 0.004 0.004 0.009 0.143 0.027 0.128 0.012 0.007 0.075 0.222 50 V 0.079 0.034 0.226 0.005 0.001 0.005 0.038 0.012 0.140 0.063 0.006 0.282 0.108 51 H 0.003 0.009 0.688 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.055 0.082 0.005 0.010 0.139 52 E 0.001 0.001 0.022 0.001 0.101 0.628 0.001 0.001 0.001 0.033 0.213 0.001 0.001 53 D 0.001 0.001 0.018 0.001 0.219 0.518 0.001 0.001 0.001 0.035 0.207 0.001 0.001 54 D 0.001 0.002 0.038 0.001 0.255 0.561 0.001 0.001 0.001 0.040 0.101 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.025 0.001 0.053 0.878 0.001 0.001 0.001 0.011 0.031 0.001 0.001 56 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 57 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 63 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 0.704 0.001 0.001 0.001 0.016 0.256 0.001 0.001 66 G 0.001 0.003 0.059 0.001 0.019 0.132 0.001 0.001 0.001 0.038 0.746 0.001 0.001 67 L 0.001 0.014 0.714 0.002 0.012 0.055 0.001 0.001 0.007 0.143 0.032 0.006 0.013 68 A 0.002 0.030 0.616 0.006 0.063 0.068 0.001 0.001 0.017 0.090 0.061 0.023 0.024 69 H 0.006 0.015 0.209 0.006 0.278 0.207 0.002 0.002 0.015 0.087 0.112 0.013 0.047 70 E 0.007 0.011 0.162 0.007 0.300 0.239 0.004 0.002 0.021 0.072 0.098 0.045 0.032 71 L 0.009 0.016 0.182 0.003 0.205 0.326 0.003 0.002 0.012 0.078 0.095 0.013 0.057 72 R 0.006 0.025 0.301 0.005 0.052 0.276 0.002 0.001 0.008 0.119 0.146 0.025 0.034 73 S 0.001 0.005 0.219 0.003 0.025 0.109 0.001 0.001 0.001 0.095 0.530 0.004 0.008 74 D 0.001 0.002 0.436 0.001 0.014 0.032 0.001 0.001 0.001 0.129 0.382 0.001 0.003 75 D 0.001 0.003 0.898 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.062 0.016 0.002 0.003