# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.632 0.015 0.018 0.034 0.038 0.063 0.158 2 R 0.085 0.414 0.020 0.044 0.053 0.055 0.151 0.179 3 E 0.067 0.091 0.037 0.051 0.071 0.055 0.403 0.227 4 L 0.017 0.045 0.051 0.051 0.099 0.089 0.410 0.237 5 L 0.022 0.042 0.089 0.060 0.118 0.125 0.131 0.413 6 R 0.110 0.060 0.059 0.053 0.070 0.114 0.077 0.458 7 T 0.077 0.145 0.016 0.017 0.025 0.096 0.037 0.587 8 N 0.046 0.297 0.020 0.011 0.028 0.102 0.034 0.463 9 D 0.034 0.630 0.016 0.018 0.032 0.043 0.042 0.185 10 A 0.014 0.394 0.036 0.036 0.033 0.049 0.268 0.170 11 V 0.004 0.786 0.021 0.026 0.023 0.009 0.090 0.040 12 L 0.011 0.904 0.006 0.007 0.013 0.004 0.043 0.013 13 L 0.010 0.771 0.031 0.022 0.017 0.007 0.114 0.028 14 S 0.006 0.883 0.010 0.014 0.018 0.006 0.044 0.021 15 A 0.013 0.920 0.008 0.003 0.004 0.004 0.031 0.017 16 V 0.027 0.871 0.011 0.006 0.006 0.007 0.052 0.021 17 G 0.105 0.554 0.020 0.010 0.009 0.019 0.161 0.123 18 A 0.073 0.341 0.057 0.012 0.011 0.046 0.182 0.277 19 L 0.247 0.182 0.061 0.011 0.013 0.074 0.085 0.326 20 L 0.162 0.023 0.052 0.009 0.006 0.077 0.090 0.581 21 D 0.061 0.030 0.009 0.002 0.004 0.064 0.022 0.808 22 G 0.066 0.023 0.018 0.003 0.005 0.072 0.046 0.766 23 A 0.018 0.029 0.045 0.029 0.023 0.202 0.036 0.618 24 D 0.059 0.048 0.042 0.010 0.019 0.070 0.054 0.700 25 I 0.093 0.077 0.063 0.037 0.026 0.110 0.073 0.521 26 G 0.053 0.088 0.117 0.035 0.068 0.092 0.103 0.445 27 H 0.029 0.050 0.117 0.042 0.081 0.084 0.132 0.465 28 L 0.034 0.068 0.231 0.099 0.115 0.101 0.071 0.281 29 V 0.024 0.039 0.210 0.084 0.124 0.076 0.133 0.310 30 L 0.043 0.045 0.105 0.048 0.074 0.107 0.094 0.483 31 D 0.205 0.053 0.046 0.030 0.039 0.079 0.297 0.250 32 Q 0.032 0.058 0.028 0.022 0.029 0.127 0.097 0.607 33 N 0.038 0.109 0.036 0.018 0.053 0.118 0.064 0.566 34 M 0.073 0.088 0.046 0.055 0.060 0.107 0.117 0.455 35 S 0.045 0.094 0.079 0.092 0.135 0.115 0.118 0.323 36 I 0.072 0.050 0.070 0.039 0.068 0.123 0.118 0.460 37 L 0.090 0.070 0.079 0.094 0.086 0.115 0.145 0.322 38 E 0.044 0.033 0.056 0.036 0.091 0.087 0.070 0.584 39 G 0.147 0.021 0.071 0.058 0.113 0.103 0.071 0.417 40 S 0.114 0.011 0.056 0.116 0.152 0.090 0.074 0.388 41 L 0.020 0.002 0.028 0.048 0.080 0.076 0.021 0.725 42 G 0.005 0.002 0.048 0.127 0.317 0.111 0.029 0.362 43 V 0.004 0.001 0.037 0.043 0.070 0.106 0.027 0.711 44 I 0.182 0.015 0.075 0.164 0.111 0.096 0.077 0.279 45 P 0.086 0.017 0.033 0.036 0.074 0.083 0.074 0.598 46 R 0.029 0.011 0.076 0.057 0.171 0.116 0.055 0.485 47 R 0.006 0.004 0.141 0.166 0.389 0.044 0.053 0.197 48 V 0.006 0.006 0.109 0.183 0.236 0.065 0.034 0.361 49 L 0.004 0.006 0.209 0.213 0.261 0.050 0.027 0.229 50 V 0.014 0.014 0.128 0.121 0.104 0.089 0.038 0.491 51 H 0.262 0.242 0.033 0.030 0.028 0.040 0.165 0.201 52 E 0.253 0.352 0.012 0.006 0.007 0.049 0.051 0.270 53 D 0.047 0.317 0.014 0.008 0.007 0.063 0.096 0.448 54 D 0.038 0.853 0.002 0.001 0.001 0.011 0.017 0.076 55 L 0.039 0.892 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.038 56 A 0.006 0.924 0.001 0.002 0.001 0.007 0.016 0.042 57 G 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.010 58 A 0.013 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.009 59 R 0.004 0.148 0.004 0.002 0.002 0.004 0.826 0.010 60 R 0.004 0.842 0.006 0.002 0.003 0.007 0.105 0.031 61 L 0.055 0.773 0.031 0.005 0.009 0.023 0.048 0.055 62 L 0.046 0.190 0.248 0.044 0.023 0.052 0.268 0.130 63 T 0.276 0.207 0.020 0.006 0.009 0.049 0.068 0.365 64 D 0.354 0.083 0.018 0.002 0.003 0.059 0.049 0.431 65 A 0.020 0.077 0.033 0.009 0.010 0.179 0.030 0.643 66 G 0.034 0.065 0.021 0.003 0.007 0.075 0.031 0.763 67 L 0.133 0.187 0.036 0.020 0.012 0.097 0.051 0.466 68 A 0.171 0.159 0.074 0.015 0.021 0.074 0.086 0.400 69 H 0.119 0.048 0.032 0.018 0.022 0.082 0.131 0.548 70 E 0.043 0.024 0.059 0.036 0.039 0.117 0.120 0.562 71 L 0.073 0.011 0.031 0.015 0.024 0.106 0.051 0.689 72 R 0.186 0.009 0.016 0.017 0.023 0.107 0.046 0.596 73 S 0.076 0.006 0.006 0.006 0.010 0.079 0.025 0.793 74 D 0.033 0.007 0.008 0.009 0.021 0.122 0.025 0.775 75 D 0.031 0.008 0.015 0.026 0.048 0.124 0.037 0.711