# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.281 0.097 0.058 0.107 0.091 0.083 0.088 0.062 0.061 0.042 0.029 2 R 0.132 0.136 0.072 0.169 0.157 0.127 0.114 0.046 0.029 0.013 0.006 3 E 0.064 0.140 0.130 0.236 0.175 0.121 0.078 0.029 0.015 0.007 0.003 4 L 0.036 0.025 0.021 0.061 0.058 0.073 0.147 0.134 0.165 0.145 0.136 5 L 0.033 0.033 0.042 0.067 0.066 0.084 0.154 0.139 0.149 0.129 0.105 6 R 0.031 0.077 0.124 0.212 0.159 0.123 0.112 0.055 0.056 0.034 0.018 7 T 0.036 0.064 0.063 0.085 0.072 0.084 0.171 0.127 0.126 0.097 0.074 8 N 0.137 0.115 0.063 0.161 0.137 0.126 0.126 0.057 0.043 0.022 0.011 9 D 0.053 0.103 0.055 0.113 0.112 0.128 0.187 0.100 0.076 0.049 0.025 10 A 0.088 0.055 0.068 0.133 0.147 0.149 0.144 0.074 0.067 0.045 0.030 11 V 0.039 0.042 0.068 0.063 0.049 0.066 0.159 0.125 0.158 0.123 0.107 12 L 0.006 0.018 0.038 0.065 0.052 0.077 0.189 0.151 0.179 0.143 0.082 13 L 0.007 0.020 0.109 0.054 0.032 0.037 0.098 0.099 0.171 0.190 0.183 14 S 0.008 0.013 0.134 0.058 0.059 0.065 0.129 0.117 0.140 0.143 0.135 15 A 0.001 0.004 0.048 0.049 0.049 0.068 0.172 0.142 0.196 0.164 0.108 16 V 0.001 0.007 0.078 0.036 0.020 0.028 0.110 0.112 0.184 0.219 0.205 17 G 0.006 0.015 0.083 0.131 0.148 0.190 0.214 0.092 0.064 0.038 0.019 18 A 0.008 0.016 0.125 0.043 0.040 0.061 0.151 0.131 0.155 0.135 0.134 19 L 0.003 0.007 0.035 0.049 0.051 0.068 0.167 0.126 0.165 0.158 0.171 20 L 0.002 0.007 0.030 0.023 0.028 0.052 0.141 0.130 0.198 0.193 0.195 21 D 0.066 0.157 0.239 0.243 0.133 0.086 0.050 0.013 0.007 0.004 0.003 22 G 0.532 0.181 0.100 0.099 0.043 0.023 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 23 A 0.076 0.056 0.030 0.079 0.077 0.095 0.174 0.120 0.116 0.092 0.086 24 D 0.203 0.311 0.116 0.194 0.096 0.047 0.022 0.005 0.003 0.002 0.001 25 I 0.015 0.010 0.007 0.014 0.015 0.027 0.079 0.109 0.210 0.226 0.291 26 G 0.199 0.231 0.105 0.178 0.113 0.075 0.053 0.020 0.013 0.007 0.006 27 H 0.051 0.069 0.040 0.125 0.117 0.120 0.163 0.107 0.098 0.066 0.044 28 L 0.057 0.043 0.028 0.078 0.081 0.102 0.154 0.112 0.128 0.114 0.103 29 V 0.066 0.100 0.087 0.195 0.150 0.114 0.108 0.064 0.056 0.037 0.023 30 L 0.023 0.028 0.033 0.057 0.056 0.070 0.135 0.132 0.173 0.160 0.132 31 D 0.031 0.067 0.079 0.144 0.129 0.120 0.144 0.097 0.087 0.059 0.043 32 Q 0.151 0.112 0.112 0.199 0.150 0.106 0.089 0.037 0.025 0.013 0.006 33 N 0.207 0.145 0.092 0.181 0.128 0.092 0.074 0.033 0.024 0.014 0.009 34 M 0.070 0.054 0.047 0.075 0.062 0.079 0.137 0.115 0.142 0.124 0.095 35 S 0.141 0.175 0.110 0.173 0.114 0.090 0.081 0.041 0.034 0.023 0.018 36 I 0.060 0.080 0.071 0.119 0.107 0.108 0.136 0.094 0.095 0.074 0.057 37 L 0.064 0.075 0.068 0.095 0.071 0.070 0.113 0.093 0.125 0.113 0.113 38 E 0.180 0.162 0.098 0.207 0.137 0.089 0.061 0.026 0.019 0.012 0.009 39 G 0.163 0.103 0.072 0.110 0.097 0.097 0.119 0.076 0.069 0.053 0.041 40 S 0.133 0.128 0.088 0.169 0.122 0.099 0.104 0.052 0.047 0.033 0.025 41 L 0.045 0.042 0.032 0.053 0.039 0.052 0.110 0.099 0.155 0.182 0.192 42 G 0.115 0.110 0.081 0.133 0.109 0.103 0.109 0.067 0.067 0.055 0.052 43 V 0.066 0.080 0.063 0.106 0.075 0.076 0.124 0.095 0.114 0.103 0.099 44 I 0.029 0.030 0.022 0.051 0.048 0.053 0.111 0.114 0.169 0.179 0.194 45 P 0.114 0.119 0.076 0.196 0.153 0.113 0.093 0.049 0.041 0.026 0.021 46 R 0.052 0.069 0.064 0.154 0.159 0.143 0.153 0.088 0.065 0.036 0.018 47 R 0.017 0.031 0.030 0.111 0.117 0.141 0.189 0.123 0.114 0.078 0.049 48 V 0.008 0.012 0.012 0.026 0.029 0.044 0.128 0.145 0.212 0.206 0.177 49 L 0.012 0.027 0.039 0.075 0.087 0.098 0.171 0.141 0.158 0.111 0.082 50 V 0.002 0.010 0.007 0.018 0.024 0.032 0.080 0.111 0.209 0.240 0.267 51 H 0.037 0.147 0.077 0.249 0.199 0.137 0.099 0.030 0.016 0.006 0.003 52 E 0.464 0.166 0.073 0.157 0.078 0.034 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 53 D 0.718 0.127 0.052 0.063 0.023 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 54 D 0.015 0.072 0.039 0.093 0.097 0.164 0.212 0.116 0.096 0.060 0.036 55 L 0.014 0.022 0.033 0.074 0.137 0.230 0.269 0.115 0.066 0.028 0.012 56 A 0.314 0.136 0.423 0.084 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.005 0.031 0.144 0.248 0.213 0.174 0.125 0.034 0.016 0.007 0.003 58 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.010 0.052 0.096 0.207 0.280 0.341 59 R 0.004 0.009 0.113 0.225 0.275 0.222 0.113 0.025 0.010 0.003 0.001 60 R 0.003 0.029 0.557 0.195 0.106 0.062 0.031 0.008 0.005 0.002 0.001 61 L 0.001 0.004 0.022 0.022 0.029 0.052 0.171 0.154 0.210 0.187 0.148 62 L 0.001 0.002 0.008 0.006 0.007 0.017 0.088 0.143 0.240 0.267 0.221 63 T 0.005 0.037 0.346 0.216 0.172 0.105 0.073 0.023 0.013 0.006 0.003 64 D 0.017 0.056 0.224 0.163 0.150 0.150 0.142 0.049 0.030 0.014 0.006 65 A 0.057 0.025 0.020 0.037 0.041 0.072 0.201 0.162 0.172 0.135 0.079 66 G 0.405 0.204 0.081 0.113 0.066 0.047 0.040 0.017 0.013 0.008 0.006 67 L 0.015 0.017 0.015 0.023 0.025 0.042 0.103 0.125 0.208 0.215 0.213 68 A 0.129 0.249 0.119 0.179 0.115 0.082 0.063 0.026 0.019 0.010 0.008 69 H 0.223 0.115 0.080 0.124 0.100 0.089 0.105 0.059 0.050 0.034 0.021 70 E 0.240 0.160 0.095 0.164 0.110 0.076 0.068 0.032 0.026 0.016 0.012 71 L 0.038 0.028 0.026 0.054 0.063 0.087 0.155 0.134 0.156 0.139 0.119 72 R 0.101 0.142 0.102 0.183 0.145 0.115 0.104 0.045 0.033 0.019 0.012 73 S 0.246 0.190 0.184 0.151 0.085 0.055 0.042 0.019 0.015 0.009 0.005 74 D 0.489 0.169 0.066 0.112 0.062 0.040 0.030 0.013 0.010 0.006 0.004 75 D 0.508 0.200 0.044 0.090 0.053 0.036 0.028 0.015 0.013 0.008 0.005