# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.042 0.018 0.018 0.008 0.018 0.021 0.002 0.001 0.003 0.812 2 R 0.024 0.049 0.009 0.044 0.050 0.131 0.108 0.003 0.001 0.007 0.574 3 E 0.131 0.059 0.003 0.063 0.092 0.162 0.136 0.006 0.001 0.012 0.334 4 L 0.158 0.252 0.004 0.076 0.085 0.108 0.032 0.010 0.001 0.002 0.274 5 L 0.061 0.210 0.005 0.155 0.164 0.212 0.026 0.005 0.001 0.002 0.160 6 R 0.037 0.152 0.005 0.109 0.118 0.214 0.080 0.009 0.001 0.004 0.273 7 T 0.158 0.115 0.013 0.077 0.082 0.143 0.094 0.016 0.001 0.007 0.296 8 N 0.043 0.059 0.021 0.050 0.031 0.054 0.172 0.006 0.001 0.009 0.555 9 D 0.035 0.016 0.006 0.015 0.008 0.014 0.429 0.002 0.001 0.022 0.454 10 A 0.077 0.046 0.021 0.014 0.004 0.007 0.368 0.001 0.001 0.023 0.439 11 V 0.032 0.180 0.003 0.016 0.009 0.012 0.406 0.002 0.001 0.013 0.327 12 L 0.042 0.548 0.005 0.011 0.009 0.023 0.198 0.001 0.001 0.004 0.159 13 L 0.006 0.924 0.001 0.005 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.047 14 S 0.005 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.069 15 A 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.036 16 V 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 17 G 0.006 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 18 A 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 19 L 0.031 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.009 20 L 0.074 0.821 0.060 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.032 21 D 0.047 0.755 0.032 0.002 0.003 0.003 0.013 0.055 0.001 0.001 0.090 22 G 0.396 0.175 0.013 0.004 0.001 0.001 0.005 0.137 0.001 0.003 0.265 23 A 0.201 0.101 0.288 0.006 0.003 0.002 0.035 0.013 0.001 0.004 0.347 24 D 0.054 0.025 0.021 0.043 0.025 0.025 0.229 0.027 0.001 0.008 0.544 25 I 0.091 0.020 0.066 0.082 0.012 0.026 0.047 0.003 0.001 0.008 0.645 26 G 0.033 0.030 0.003 0.187 0.077 0.100 0.180 0.003 0.001 0.006 0.381 27 H 0.089 0.022 0.006 0.087 0.031 0.056 0.066 0.001 0.001 0.010 0.631 28 L 0.070 0.039 0.004 0.334 0.123 0.150 0.059 0.002 0.001 0.004 0.214 29 V 0.033 0.025 0.004 0.208 0.175 0.215 0.069 0.001 0.001 0.004 0.264 30 L 0.018 0.030 0.002 0.207 0.193 0.305 0.059 0.002 0.001 0.003 0.182 31 D 0.028 0.039 0.002 0.144 0.160 0.337 0.092 0.003 0.001 0.006 0.188 32 Q 0.029 0.039 0.004 0.046 0.064 0.090 0.108 0.003 0.001 0.008 0.609 33 N 0.057 0.018 0.004 0.038 0.048 0.075 0.314 0.005 0.001 0.031 0.408 34 M 0.251 0.031 0.057 0.062 0.047 0.071 0.167 0.004 0.001 0.045 0.265 35 S 0.034 0.041 0.009 0.116 0.192 0.122 0.183 0.002 0.001 0.006 0.294 36 I 0.025 0.031 0.008 0.061 0.111 0.162 0.122 0.001 0.001 0.006 0.473 37 L 0.020 0.055 0.002 0.132 0.219 0.374 0.080 0.001 0.001 0.003 0.113 38 E 0.007 0.036 0.001 0.052 0.067 0.126 0.083 0.001 0.001 0.003 0.624 39 G 0.028 0.045 0.002 0.051 0.130 0.160 0.126 0.004 0.001 0.013 0.443 40 S 0.264 0.059 0.012 0.030 0.028 0.045 0.153 0.004 0.001 0.024 0.381 41 L 0.056 0.054 0.009 0.053 0.079 0.073 0.120 0.006 0.001 0.008 0.542 42 G 0.083 0.025 0.009 0.065 0.103 0.113 0.110 0.006 0.001 0.015 0.470 43 V 0.144 0.050 0.076 0.042 0.064 0.139 0.074 0.002 0.001 0.012 0.395 44 I 0.013 0.019 0.003 0.129 0.272 0.304 0.055 0.002 0.001 0.002 0.201 45 P 0.003 0.001 0.001 0.012 0.013 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.941 46 R 0.011 0.003 0.002 0.213 0.190 0.397 0.043 0.001 0.001 0.005 0.135 47 R 0.052 0.006 0.003 0.230 0.144 0.225 0.048 0.001 0.001 0.007 0.284 48 V 0.016 0.007 0.002 0.336 0.229 0.256 0.027 0.001 0.001 0.002 0.124 49 L 0.007 0.005 0.001 0.309 0.196 0.342 0.036 0.001 0.001 0.002 0.102 50 V 0.007 0.007 0.002 0.343 0.184 0.291 0.039 0.001 0.001 0.002 0.125 51 H 0.012 0.008 0.003 0.198 0.135 0.251 0.108 0.002 0.001 0.004 0.277 52 E 0.010 0.004 0.003 0.065 0.036 0.067 0.102 0.001 0.001 0.004 0.708 53 D 0.007 0.002 0.001 0.024 0.014 0.027 0.259 0.001 0.001 0.006 0.659 54 D 0.057 0.006 0.001 0.008 0.007 0.009 0.481 0.001 0.001 0.021 0.409 55 L 0.285 0.081 0.003 0.011 0.008 0.007 0.207 0.002 0.001 0.028 0.368 56 A 0.080 0.209 0.004 0.004 0.004 0.006 0.272 0.001 0.001 0.013 0.407 57 G 0.058 0.257 0.003 0.003 0.006 0.009 0.139 0.003 0.001 0.005 0.517 58 A 0.066 0.710 0.004 0.004 0.007 0.026 0.024 0.003 0.001 0.005 0.151 59 R 0.018 0.799 0.002 0.005 0.018 0.051 0.021 0.011 0.001 0.002 0.073 60 R 0.033 0.845 0.001 0.002 0.006 0.010 0.004 0.007 0.001 0.001 0.092 61 L 0.025 0.933 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.029 62 L 0.027 0.918 0.003 0.004 0.006 0.013 0.003 0.005 0.001 0.001 0.022 63 T 0.015 0.872 0.005 0.010 0.014 0.030 0.006 0.011 0.001 0.001 0.038 64 D 0.078 0.787 0.003 0.006 0.006 0.011 0.006 0.023 0.001 0.001 0.079 65 A 0.126 0.665 0.013 0.007 0.008 0.011 0.026 0.030 0.001 0.002 0.112 66 G 0.230 0.193 0.030 0.014 0.014 0.017 0.125 0.088 0.001 0.016 0.272 67 L 0.117 0.097 0.494 0.013 0.008 0.011 0.066 0.005 0.001 0.004 0.185 68 A 0.015 0.057 0.008 0.028 0.017 0.025 0.058 0.004 0.001 0.002 0.787 69 H 0.072 0.045 0.007 0.024 0.022 0.036 0.059 0.002 0.001 0.005 0.727 70 E 0.145 0.073 0.004 0.017 0.022 0.029 0.069 0.005 0.001 0.004 0.632 71 L 0.197 0.096 0.008 0.034 0.044 0.069 0.091 0.008 0.001 0.009 0.445 72 R 0.138 0.070 0.007 0.039 0.046 0.081 0.099 0.008 0.001 0.008 0.505 73 S 0.157 0.056 0.008 0.033 0.038 0.052 0.139 0.009 0.001 0.010 0.497 74 D 0.119 0.033 0.008 0.017 0.013 0.015 0.134 0.006 0.001 0.009 0.646 75 D 0.068 0.022 0.007 0.010 0.008 0.009 0.266 0.003 0.001 0.013 0.594