# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.059 0.043 0.035 0.079 0.149 0.019 0.488 2 R 0.119 0.089 0.059 0.075 0.091 0.187 0.018 0.361 3 E 0.079 0.149 0.155 0.161 0.163 0.095 0.012 0.186 4 L 0.056 0.141 0.094 0.116 0.223 0.062 0.011 0.298 5 L 0.026 0.108 0.292 0.196 0.214 0.032 0.009 0.122 6 R 0.020 0.145 0.158 0.205 0.177 0.068 0.011 0.215 7 T 0.027 0.113 0.166 0.078 0.149 0.051 0.018 0.398 8 N 0.034 0.071 0.078 0.037 0.057 0.147 0.024 0.552 9 D 0.077 0.021 0.026 0.011 0.014 0.358 0.021 0.473 10 A 0.047 0.040 0.027 0.010 0.012 0.179 0.007 0.678 11 V 0.051 0.218 0.051 0.043 0.049 0.280 0.007 0.302 12 L 0.036 0.401 0.053 0.044 0.074 0.192 0.007 0.192 13 L 0.011 0.836 0.018 0.023 0.045 0.013 0.001 0.053 14 S 0.006 0.891 0.011 0.019 0.027 0.013 0.002 0.032 15 A 0.021 0.884 0.004 0.009 0.014 0.011 0.007 0.050 16 V 0.033 0.892 0.006 0.005 0.015 0.006 0.007 0.036 17 G 0.016 0.920 0.004 0.004 0.008 0.006 0.006 0.037 18 A 0.020 0.934 0.003 0.002 0.003 0.003 0.008 0.029 19 L 0.067 0.858 0.005 0.003 0.005 0.004 0.021 0.038 20 L 0.116 0.775 0.014 0.006 0.008 0.006 0.024 0.053 21 D 0.159 0.554 0.028 0.009 0.013 0.018 0.057 0.162 22 G 0.348 0.183 0.038 0.007 0.008 0.015 0.105 0.295 23 A 0.297 0.121 0.093 0.014 0.011 0.080 0.076 0.307 24 D 0.087 0.033 0.067 0.014 0.013 0.136 0.044 0.607 25 I 0.117 0.036 0.252 0.040 0.050 0.117 0.017 0.370 26 G 0.041 0.028 0.234 0.078 0.097 0.175 0.009 0.337 27 H 0.016 0.017 0.154 0.050 0.070 0.069 0.004 0.619 28 L 0.024 0.029 0.335 0.183 0.201 0.067 0.006 0.155 29 V 0.024 0.024 0.185 0.178 0.218 0.056 0.004 0.312 30 L 0.009 0.025 0.259 0.193 0.285 0.040 0.004 0.186 31 D 0.016 0.051 0.136 0.220 0.304 0.052 0.006 0.215 32 Q 0.046 0.039 0.127 0.083 0.194 0.114 0.015 0.383 33 N 0.061 0.035 0.051 0.046 0.079 0.382 0.023 0.323 34 M 0.338 0.038 0.082 0.047 0.052 0.098 0.050 0.295 35 S 0.094 0.065 0.113 0.067 0.060 0.237 0.022 0.342 36 I 0.055 0.046 0.147 0.062 0.128 0.105 0.021 0.436 37 L 0.083 0.073 0.104 0.077 0.179 0.245 0.011 0.229 38 E 0.062 0.069 0.105 0.090 0.159 0.210 0.020 0.284 39 G 0.077 0.144 0.061 0.064 0.081 0.062 0.026 0.484 40 S 0.230 0.034 0.089 0.038 0.074 0.151 0.031 0.353 41 L 0.042 0.057 0.061 0.108 0.087 0.072 0.012 0.560 42 G 0.174 0.027 0.042 0.098 0.225 0.094 0.040 0.300 43 V 0.057 0.037 0.177 0.110 0.124 0.056 0.025 0.414 44 I 0.058 0.016 0.098 0.267 0.272 0.074 0.011 0.205 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 46 R 0.005 0.003 0.132 0.202 0.412 0.120 0.003 0.124 47 R 0.245 0.011 0.169 0.141 0.181 0.067 0.008 0.177 48 V 0.038 0.012 0.244 0.280 0.299 0.023 0.006 0.099 49 L 0.035 0.005 0.277 0.211 0.277 0.034 0.003 0.159 50 V 0.018 0.006 0.247 0.223 0.270 0.030 0.003 0.202 51 H 0.014 0.010 0.135 0.120 0.344 0.085 0.004 0.288 52 E 0.013 0.006 0.041 0.025 0.107 0.062 0.005 0.741 53 D 0.014 0.004 0.007 0.006 0.015 0.104 0.004 0.846 54 D 0.123 0.009 0.004 0.003 0.005 0.256 0.012 0.588 55 L 0.185 0.088 0.020 0.005 0.012 0.258 0.011 0.422 56 A 0.041 0.181 0.008 0.003 0.011 0.270 0.005 0.482 57 G 0.048 0.329 0.003 0.002 0.004 0.170 0.004 0.442 58 A 0.041 0.791 0.003 0.001 0.003 0.029 0.003 0.128 59 R 0.006 0.954 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.030 60 R 0.004 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 61 L 0.007 0.972 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 62 L 0.011 0.958 0.004 0.002 0.005 0.002 0.003 0.016 63 T 0.011 0.943 0.004 0.002 0.004 0.004 0.005 0.026 64 D 0.026 0.921 0.005 0.001 0.001 0.003 0.011 0.032 65 A 0.103 0.801 0.010 0.003 0.002 0.006 0.047 0.029 66 G 0.668 0.092 0.010 0.003 0.002 0.010 0.133 0.082 67 L 0.233 0.116 0.488 0.016 0.016 0.034 0.021 0.077 68 A 0.023 0.086 0.052 0.019 0.044 0.120 0.009 0.649 69 H 0.062 0.114 0.084 0.025 0.057 0.094 0.014 0.551 70 E 0.103 0.159 0.049 0.020 0.029 0.271 0.017 0.353 71 L 0.295 0.167 0.082 0.023 0.034 0.093 0.022 0.284 72 R 0.214 0.197 0.053 0.043 0.049 0.106 0.028 0.310 73 S 0.133 0.110 0.060 0.031 0.046 0.070 0.030 0.520 74 D 0.079 0.043 0.027 0.014 0.025 0.059 0.016 0.737 75 D 0.046 0.017 0.014 0.008 0.015 0.127 0.010 0.763