# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.003 0.001 0.021 0.004 0.002 0.942 2 R 0.264 0.016 0.015 0.141 0.012 0.011 0.542 3 E 0.560 0.009 0.022 0.256 0.033 0.014 0.106 4 L 0.254 0.012 0.049 0.536 0.024 0.028 0.096 5 L 0.158 0.011 0.032 0.627 0.041 0.046 0.085 6 R 0.126 0.007 0.039 0.390 0.079 0.109 0.249 7 T 0.028 0.008 0.041 0.305 0.126 0.219 0.274 8 N 0.008 0.003 0.020 0.203 0.331 0.199 0.236 9 D 0.007 0.003 0.003 0.201 0.532 0.025 0.229 10 A 0.002 0.001 0.002 0.962 0.012 0.008 0.012 11 V 0.002 0.001 0.001 0.986 0.003 0.003 0.004 12 L 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.002 13 L 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.002 0.002 14 S 0.005 0.001 0.001 0.986 0.001 0.004 0.002 15 A 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.011 0.002 16 V 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.008 0.002 17 G 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.002 18 A 0.002 0.001 0.006 0.972 0.002 0.014 0.004 19 L 0.002 0.002 0.012 0.939 0.003 0.038 0.005 20 L 0.005 0.006 0.040 0.730 0.029 0.161 0.029 21 D 0.002 0.002 0.029 0.379 0.032 0.538 0.019 22 G 0.003 0.001 0.065 0.169 0.092 0.487 0.183 23 A 0.011 0.003 0.062 0.067 0.312 0.222 0.324 24 D 0.055 0.022 0.060 0.033 0.138 0.222 0.470 25 I 0.273 0.021 0.038 0.014 0.123 0.025 0.505 26 G 0.322 0.005 0.025 0.020 0.246 0.052 0.331 27 H 0.856 0.004 0.012 0.023 0.032 0.023 0.050 28 L 0.920 0.005 0.002 0.017 0.004 0.002 0.050 29 V 0.936 0.003 0.002 0.017 0.007 0.003 0.032 30 L 0.818 0.005 0.004 0.019 0.026 0.007 0.123 31 D 0.428 0.008 0.005 0.016 0.067 0.010 0.466 32 Q 0.159 0.005 0.055 0.083 0.178 0.344 0.175 33 N 0.119 0.016 0.069 0.116 0.107 0.406 0.168 34 M 0.217 0.017 0.097 0.152 0.107 0.088 0.323 35 S 0.216 0.016 0.053 0.178 0.172 0.140 0.226 36 I 0.300 0.014 0.084 0.220 0.072 0.224 0.087 37 L 0.400 0.030 0.052 0.230 0.052 0.110 0.127 38 E 0.336 0.013 0.052 0.153 0.079 0.180 0.187 39 G 0.193 0.010 0.059 0.083 0.259 0.205 0.190 40 S 0.190 0.022 0.056 0.052 0.136 0.094 0.450 41 L 0.152 0.028 0.160 0.053 0.112 0.296 0.198 42 G 0.165 0.017 0.102 0.029 0.139 0.365 0.183 43 V 0.283 0.032 0.063 0.020 0.238 0.087 0.277 44 I 0.315 0.026 0.012 0.010 0.211 0.011 0.415 45 P 0.348 0.020 0.019 0.006 0.099 0.032 0.477 46 R 0.573 0.008 0.063 0.023 0.094 0.042 0.197 47 R 0.798 0.005 0.041 0.025 0.049 0.016 0.066 48 V 0.905 0.003 0.019 0.022 0.007 0.011 0.032 49 L 0.898 0.008 0.006 0.022 0.009 0.016 0.042 50 V 0.748 0.033 0.003 0.019 0.046 0.015 0.136 51 H 0.210 0.016 0.002 0.010 0.084 0.019 0.660 52 E 0.004 0.001 0.128 0.566 0.052 0.199 0.051 53 D 0.001 0.001 0.215 0.487 0.027 0.254 0.016 54 D 0.001 0.003 0.219 0.569 0.022 0.145 0.042 55 L 0.001 0.002 0.034 0.892 0.012 0.032 0.027 56 A 0.001 0.001 0.011 0.955 0.002 0.029 0.002 57 G 0.001 0.001 0.006 0.964 0.001 0.026 0.002 58 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.008 0.005 59 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 60 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 62 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.002 63 T 0.001 0.001 0.003 0.969 0.003 0.021 0.003 64 D 0.001 0.001 0.007 0.922 0.010 0.051 0.009 65 A 0.001 0.001 0.007 0.594 0.014 0.376 0.008 66 G 0.001 0.001 0.005 0.088 0.027 0.821 0.057 67 L 0.011 0.009 0.008 0.027 0.086 0.031 0.827 68 A 0.052 0.025 0.031 0.050 0.058 0.029 0.756 69 H 0.059 0.014 0.151 0.186 0.135 0.114 0.341 70 E 0.062 0.014 0.205 0.207 0.091 0.139 0.282 71 L 0.055 0.024 0.146 0.205 0.102 0.140 0.328 72 R 0.044 0.021 0.055 0.140 0.145 0.164 0.432 73 S 0.027 0.011 0.035 0.094 0.245 0.204 0.383 74 D 0.015 0.008 0.026 0.056 0.113 0.178 0.604 75 D 0.005 0.002 0.005 0.008 0.029 0.010 0.941