# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.564 0.095 0.131 0.086 0.047 0.014 0.023 0.024 0.009 0.007 0.001 2 R 0.665 0.112 0.109 0.047 0.026 0.010 0.012 0.004 0.009 0.004 0.001 3 E 0.552 0.193 0.179 0.020 0.014 0.020 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 4 L 0.646 0.061 0.218 0.036 0.002 0.029 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 5 L 0.526 0.222 0.120 0.055 0.023 0.030 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 6 R 0.356 0.191 0.192 0.133 0.042 0.037 0.017 0.004 0.023 0.004 0.001 7 T 0.428 0.153 0.151 0.173 0.052 0.021 0.003 0.002 0.014 0.003 0.001 8 N 0.466 0.019 0.028 0.425 0.010 0.014 0.018 0.012 0.006 0.003 0.001 9 D 0.114 0.200 0.299 0.069 0.076 0.095 0.051 0.003 0.090 0.003 0.001 10 A 0.838 0.028 0.071 0.035 0.005 0.009 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 11 V 0.922 0.041 0.019 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 L 0.942 0.017 0.021 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 L 0.976 0.006 0.005 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.974 0.007 0.004 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.959 0.005 0.004 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.973 0.005 0.004 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 G 0.983 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.943 0.001 0.002 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.731 0.021 0.046 0.176 0.001 0.013 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 21 D 0.272 0.027 0.170 0.432 0.006 0.016 0.055 0.007 0.011 0.003 0.001 22 G 0.131 0.007 0.034 0.042 0.016 0.008 0.315 0.400 0.006 0.042 0.001 23 A 0.253 0.134 0.384 0.091 0.063 0.021 0.016 0.009 0.008 0.020 0.001 24 D 0.157 0.080 0.155 0.254 0.027 0.173 0.088 0.013 0.047 0.004 0.001 25 I 0.124 0.373 0.322 0.078 0.028 0.031 0.010 0.001 0.032 0.001 0.001 26 G 0.448 0.064 0.185 0.134 0.056 0.020 0.033 0.031 0.006 0.021 0.001 27 H 0.112 0.557 0.099 0.061 0.126 0.014 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 28 L 0.067 0.549 0.272 0.010 0.023 0.035 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 29 V 0.122 0.435 0.299 0.014 0.009 0.082 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 30 L 0.181 0.339 0.253 0.050 0.038 0.085 0.012 0.002 0.038 0.002 0.001 31 D 0.148 0.226 0.241 0.086 0.056 0.136 0.018 0.004 0.078 0.005 0.002 32 Q 0.540 0.144 0.099 0.125 0.038 0.015 0.020 0.005 0.010 0.004 0.001 33 N 0.254 0.051 0.076 0.328 0.019 0.085 0.136 0.014 0.034 0.002 0.001 34 M 0.168 0.341 0.209 0.092 0.106 0.021 0.026 0.013 0.019 0.003 0.001 35 S 0.322 0.258 0.212 0.039 0.095 0.028 0.015 0.007 0.013 0.011 0.001 36 I 0.279 0.408 0.144 0.060 0.052 0.028 0.003 0.002 0.020 0.002 0.002 37 L 0.322 0.313 0.165 0.049 0.027 0.050 0.011 0.002 0.058 0.002 0.001 38 E 0.302 0.087 0.432 0.070 0.009 0.053 0.015 0.003 0.023 0.003 0.003 39 G 0.264 0.031 0.066 0.053 0.126 0.007 0.083 0.243 0.004 0.123 0.001 40 S 0.467 0.124 0.127 0.146 0.046 0.041 0.015 0.005 0.021 0.007 0.001 41 L 0.274 0.175 0.163 0.307 0.026 0.014 0.017 0.003 0.017 0.003 0.001 42 G 0.175 0.029 0.097 0.033 0.132 0.020 0.099 0.226 0.008 0.179 0.001 43 V 0.244 0.257 0.188 0.208 0.034 0.036 0.005 0.002 0.021 0.002 0.002 44 I 0.095 0.293 0.319 0.007 0.021 0.061 0.027 0.001 0.174 0.001 0.001 45 P 0.290 0.011 0.643 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 46 R 0.380 0.227 0.165 0.059 0.076 0.042 0.021 0.007 0.019 0.002 0.002 47 R 0.210 0.378 0.199 0.075 0.061 0.025 0.023 0.001 0.025 0.001 0.001 48 V 0.266 0.398 0.198 0.058 0.026 0.031 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 49 L 0.074 0.506 0.272 0.027 0.018 0.072 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 50 V 0.041 0.569 0.222 0.055 0.027 0.050 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 51 H 0.009 0.188 0.611 0.006 0.048 0.081 0.003 0.001 0.046 0.007 0.001 52 E 0.895 0.005 0.013 0.063 0.003 0.004 0.008 0.003 0.003 0.003 0.001 53 D 0.745 0.004 0.015 0.203 0.003 0.009 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 54 D 0.414 0.019 0.053 0.293 0.015 0.086 0.014 0.004 0.100 0.002 0.001 55 L 0.925 0.002 0.008 0.060 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.961 0.001 0.015 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.940 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 58 A 0.984 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.982 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.948 0.009 0.008 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.845 0.009 0.016 0.116 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 65 A 0.357 0.016 0.060 0.531 0.007 0.004 0.013 0.006 0.004 0.003 0.001 66 G 0.063 0.002 0.012 0.033 0.008 0.007 0.509 0.335 0.004 0.027 0.001 67 L 0.143 0.253 0.472 0.037 0.028 0.036 0.005 0.001 0.021 0.003 0.001 68 A 0.294 0.095 0.425 0.063 0.017 0.073 0.010 0.004 0.012 0.005 0.003 69 H 0.398 0.231 0.137 0.108 0.072 0.019 0.013 0.003 0.017 0.002 0.001 70 E 0.371 0.194 0.223 0.089 0.043 0.028 0.017 0.003 0.029 0.002 0.001 71 L 0.317 0.181 0.275 0.141 0.015 0.046 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 72 R 0.175 0.244 0.292 0.110 0.051 0.052 0.022 0.006 0.039 0.009 0.001 73 S 0.194 0.155 0.286 0.147 0.080 0.045 0.026 0.012 0.030 0.023 0.001 74 D 0.322 0.070 0.144 0.259 0.036 0.046 0.065 0.017 0.031 0.008 0.001 75 D 0.388 0.071 0.145 0.247 0.025 0.037 0.050 0.010 0.022 0.004 0.001