# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.034 0.009 0.005 0.051 0.007 0.025 0.528 0.212 0.067 0.018 2 R 0.059 0.060 0.010 0.008 0.108 0.018 0.036 0.486 0.167 0.031 0.019 3 E 0.075 0.121 0.027 0.003 0.237 0.005 0.034 0.383 0.075 0.028 0.010 4 L 0.097 0.063 0.011 0.008 0.204 0.017 0.040 0.403 0.085 0.052 0.020 5 L 0.077 0.160 0.060 0.013 0.123 0.011 0.039 0.362 0.087 0.037 0.031 6 R 0.065 0.054 0.040 0.018 0.060 0.021 0.046 0.143 0.100 0.364 0.088 7 T 0.020 0.430 0.172 0.064 0.158 0.027 0.039 0.057 0.017 0.010 0.006 8 N 0.014 0.014 0.019 0.033 0.009 0.034 0.041 0.134 0.126 0.492 0.082 9 D 0.065 0.203 0.085 0.018 0.218 0.008 0.023 0.222 0.065 0.062 0.030 10 A 0.027 0.038 0.009 0.002 0.059 0.003 0.007 0.639 0.177 0.028 0.012 11 V 0.007 0.011 0.003 0.001 0.016 0.002 0.017 0.874 0.060 0.005 0.003 12 L 0.018 0.008 0.001 0.001 0.020 0.001 0.008 0.874 0.056 0.009 0.005 13 L 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.896 0.066 0.007 0.003 14 S 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.003 0.016 0.927 0.036 0.002 0.001 15 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.940 0.036 0.006 0.002 16 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.880 0.098 0.005 0.001 17 G 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.828 0.146 0.008 0.001 18 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.030 0.848 0.094 0.013 0.001 19 L 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.006 0.075 0.739 0.128 0.037 0.003 20 L 0.016 0.050 0.024 0.014 0.027 0.021 0.097 0.522 0.123 0.090 0.015 21 D 0.009 0.404 0.197 0.050 0.049 0.029 0.046 0.086 0.043 0.075 0.013 22 G 0.044 0.058 0.037 0.027 0.046 0.013 0.021 0.150 0.202 0.289 0.114 23 A 0.033 0.185 0.097 0.022 0.091 0.025 0.063 0.209 0.191 0.061 0.022 24 D 0.091 0.060 0.014 0.006 0.095 0.009 0.036 0.131 0.106 0.374 0.077 25 I 0.270 0.115 0.019 0.006 0.282 0.007 0.008 0.046 0.051 0.073 0.122 26 G 0.007 0.006 0.007 0.075 0.012 0.158 0.212 0.348 0.111 0.054 0.010 27 H 0.157 0.166 0.056 0.008 0.360 0.003 0.007 0.089 0.052 0.075 0.027 28 L 0.205 0.097 0.008 0.003 0.485 0.002 0.007 0.114 0.028 0.015 0.035 29 V 0.242 0.066 0.016 0.004 0.324 0.004 0.018 0.132 0.037 0.057 0.100 30 L 0.083 0.349 0.072 0.019 0.225 0.015 0.031 0.094 0.033 0.042 0.036 31 D 0.117 0.220 0.168 0.042 0.213 0.021 0.019 0.071 0.034 0.051 0.044 32 Q 0.009 0.034 0.024 0.016 0.016 0.038 0.103 0.510 0.226 0.019 0.005 33 N 0.041 0.086 0.031 0.015 0.071 0.014 0.074 0.223 0.113 0.280 0.051 34 M 0.145 0.144 0.020 0.008 0.210 0.010 0.023 0.107 0.099 0.134 0.100 35 S 0.124 0.132 0.029 0.008 0.251 0.016 0.037 0.210 0.101 0.040 0.053 36 I 0.243 0.084 0.024 0.012 0.236 0.015 0.037 0.178 0.069 0.049 0.054 37 L 0.152 0.125 0.074 0.061 0.204 0.033 0.030 0.132 0.062 0.072 0.054 38 E 0.033 0.089 0.046 0.103 0.056 0.124 0.202 0.195 0.083 0.050 0.020 39 G 0.028 0.060 0.121 0.182 0.028 0.060 0.055 0.096 0.093 0.224 0.054 40 S 0.072 0.184 0.081 0.034 0.161 0.027 0.068 0.165 0.087 0.091 0.029 41 L 0.074 0.191 0.054 0.029 0.147 0.036 0.054 0.119 0.164 0.087 0.045 42 G 0.067 0.110 0.109 0.086 0.129 0.039 0.040 0.102 0.105 0.143 0.070 43 V 0.205 0.135 0.049 0.006 0.302 0.006 0.023 0.068 0.063 0.093 0.050 44 I 0.094 0.378 0.166 0.008 0.275 0.003 0.009 0.032 0.014 0.007 0.015 45 P 0.095 0.327 0.079 0.015 0.282 0.020 0.043 0.069 0.031 0.016 0.021 46 R 0.198 0.091 0.018 0.016 0.318 0.026 0.074 0.121 0.056 0.036 0.046 47 R 0.209 0.129 0.015 0.008 0.532 0.009 0.010 0.028 0.016 0.014 0.030 48 V 0.175 0.111 0.008 0.002 0.649 0.003 0.005 0.015 0.006 0.007 0.021 49 L 0.300 0.113 0.021 0.002 0.445 0.001 0.004 0.013 0.005 0.026 0.071 50 V 0.095 0.332 0.125 0.019 0.283 0.010 0.031 0.034 0.012 0.024 0.035 51 H 0.038 0.525 0.226 0.015 0.141 0.003 0.004 0.013 0.007 0.014 0.013 52 E 0.009 0.028 0.013 0.007 0.022 0.015 0.025 0.390 0.452 0.031 0.008 53 D 0.007 0.015 0.012 0.006 0.014 0.011 0.050 0.486 0.252 0.132 0.015 54 D 0.022 0.038 0.015 0.003 0.023 0.003 0.015 0.453 0.143 0.264 0.021 55 L 0.006 0.010 0.003 0.001 0.012 0.001 0.003 0.770 0.160 0.028 0.004 56 A 0.001 0.010 0.005 0.003 0.004 0.013 0.022 0.849 0.081 0.010 0.001 57 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.843 0.064 0.080 0.004 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.062 0.012 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.038 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.022 0.003 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.023 0.003 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.948 0.042 0.004 0.001 63 T 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.846 0.124 0.005 0.001 64 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.058 0.847 0.073 0.011 0.001 65 A 0.001 0.734 0.219 0.004 0.033 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 66 G 0.072 0.004 0.004 0.003 0.008 0.002 0.003 0.019 0.017 0.459 0.410 67 L 0.067 0.370 0.112 0.008 0.185 0.008 0.016 0.088 0.057 0.061 0.028 68 A 0.084 0.145 0.061 0.029 0.183 0.018 0.024 0.211 0.130 0.068 0.047 69 H 0.056 0.129 0.045 0.012 0.114 0.018 0.036 0.304 0.228 0.040 0.020 70 E 0.072 0.061 0.030 0.006 0.116 0.010 0.051 0.345 0.136 0.134 0.038 71 L 0.092 0.104 0.030 0.013 0.123 0.014 0.037 0.265 0.109 0.159 0.055 72 R 0.065 0.127 0.087 0.052 0.113 0.037 0.055 0.151 0.092 0.167 0.055 73 S 0.039 0.145 0.113 0.061 0.090 0.035 0.050 0.160 0.122 0.153 0.033 74 D 0.046 0.089 0.057 0.028 0.071 0.022 0.052 0.209 0.174 0.203 0.051 75 D 0.067 0.155 0.076 0.024 0.126 0.018 0.051 0.189 0.113 0.135 0.045