# TARGET T0349 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.012 0.035 0.181 0.143 0.555 2 R 0.154 0.008 0.050 0.315 0.145 0.329 3 E 0.205 0.010 0.049 0.316 0.169 0.251 4 L 0.346 0.017 0.055 0.313 0.107 0.162 5 L 0.419 0.026 0.017 0.304 0.080 0.155 6 R 0.305 0.014 0.012 0.214 0.301 0.153 7 T 0.079 0.011 0.003 0.156 0.384 0.367 8 N 0.013 0.007 0.001 0.091 0.218 0.671 9 D 0.015 0.006 0.001 0.763 0.086 0.129 10 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 11 V 0.003 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 12 L 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 13 L 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 14 S 0.003 0.001 0.004 0.988 0.003 0.002 15 A 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 16 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.001 17 G 0.001 0.001 0.011 0.984 0.003 0.001 18 A 0.001 0.001 0.018 0.970 0.008 0.004 19 L 0.001 0.001 0.015 0.947 0.017 0.019 20 L 0.003 0.006 0.020 0.820 0.080 0.072 21 D 0.003 0.004 0.026 0.590 0.172 0.207 22 G 0.002 0.005 0.036 0.089 0.630 0.237 23 A 0.002 0.003 0.115 0.057 0.698 0.125 24 D 0.009 0.006 0.090 0.028 0.686 0.181 25 I 0.053 0.019 0.077 0.056 0.636 0.159 26 G 0.141 0.011 0.040 0.061 0.327 0.420 27 H 0.547 0.025 0.042 0.057 0.135 0.195 28 L 0.798 0.018 0.019 0.037 0.053 0.075 29 V 0.824 0.012 0.020 0.033 0.043 0.067 30 L 0.642 0.023 0.029 0.053 0.097 0.156 31 D 0.276 0.021 0.039 0.039 0.508 0.118 32 Q 0.044 0.006 0.117 0.051 0.718 0.064 33 N 0.026 0.005 0.123 0.034 0.731 0.081 34 M 0.097 0.026 0.114 0.038 0.642 0.083 35 S 0.219 0.026 0.083 0.051 0.336 0.285 36 I 0.377 0.091 0.068 0.035 0.220 0.209 37 L 0.407 0.042 0.038 0.038 0.284 0.190 38 E 0.407 0.019 0.023 0.033 0.274 0.245 39 G 0.242 0.018 0.035 0.042 0.347 0.316 40 S 0.237 0.028 0.066 0.045 0.338 0.287 41 L 0.416 0.024 0.112 0.056 0.238 0.155 42 G 0.455 0.018 0.093 0.055 0.226 0.154 43 V 0.542 0.020 0.069 0.069 0.172 0.129 44 I 0.482 0.024 0.032 0.040 0.232 0.190 45 P 0.434 0.015 0.056 0.059 0.267 0.170 46 R 0.396 0.017 0.086 0.088 0.240 0.172 47 R 0.488 0.010 0.141 0.115 0.150 0.097 48 V 0.626 0.013 0.078 0.126 0.088 0.069 49 L 0.587 0.025 0.047 0.126 0.098 0.116 50 V 0.447 0.040 0.022 0.107 0.153 0.232 51 H 0.217 0.013 0.030 0.127 0.299 0.315 52 E 0.010 0.002 0.253 0.445 0.217 0.074 53 D 0.003 0.002 0.312 0.466 0.171 0.046 54 D 0.002 0.003 0.240 0.593 0.115 0.046 55 L 0.001 0.001 0.027 0.929 0.027 0.016 56 A 0.001 0.001 0.013 0.962 0.016 0.009 57 G 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.003 58 A 0.002 0.001 0.009 0.975 0.007 0.006 59 R 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.004 60 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 61 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 62 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 63 T 0.001 0.001 0.006 0.982 0.006 0.005 64 D 0.001 0.001 0.013 0.949 0.024 0.013 65 A 0.001 0.001 0.018 0.917 0.026 0.038 66 G 0.001 0.002 0.013 0.078 0.104 0.803 67 L 0.010 0.017 0.037 0.081 0.232 0.623 68 A 0.033 0.013 0.076 0.101 0.255 0.523 69 H 0.050 0.016 0.211 0.189 0.254 0.280 70 E 0.069 0.026 0.171 0.291 0.238 0.205 71 L 0.067 0.018 0.185 0.269 0.271 0.191 72 R 0.051 0.021 0.066 0.191 0.327 0.344 73 S 0.026 0.013 0.036 0.145 0.315 0.465 74 D 0.014 0.009 0.008 0.045 0.191 0.733 75 D 0.008 0.003 0.001 0.008 0.064 0.917