# TARGET T0349 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.606 0.055 0.120 0.129 0.020 0.019 0.025 0.013 0.009 0.003 0.001 2 R 0.855 0.038 0.052 0.033 0.005 0.005 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 3 E 0.771 0.061 0.122 0.017 0.005 0.012 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 4 L 0.807 0.027 0.104 0.036 0.001 0.019 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 5 L 0.643 0.123 0.102 0.076 0.017 0.022 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 6 R 0.399 0.142 0.130 0.208 0.039 0.032 0.019 0.007 0.018 0.005 0.001 7 T 0.406 0.197 0.145 0.160 0.053 0.016 0.004 0.002 0.013 0.004 0.001 8 N 0.435 0.033 0.046 0.362 0.021 0.028 0.037 0.017 0.014 0.006 0.001 9 D 0.145 0.188 0.301 0.060 0.059 0.093 0.038 0.003 0.108 0.005 0.001 10 A 0.891 0.014 0.044 0.032 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 11 V 0.959 0.021 0.011 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 L 0.977 0.006 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.991 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 G 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.832 0.014 0.025 0.117 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 21 D 0.335 0.015 0.089 0.497 0.005 0.008 0.041 0.003 0.006 0.002 0.001 22 G 0.123 0.004 0.024 0.054 0.010 0.003 0.203 0.544 0.003 0.030 0.001 23 A 0.210 0.121 0.473 0.081 0.063 0.016 0.012 0.007 0.005 0.011 0.001 24 D 0.142 0.097 0.247 0.219 0.057 0.128 0.054 0.015 0.033 0.005 0.002 25 I 0.199 0.311 0.295 0.077 0.034 0.038 0.009 0.001 0.036 0.001 0.001 26 G 0.551 0.048 0.085 0.232 0.031 0.011 0.013 0.015 0.004 0.010 0.001 27 H 0.093 0.541 0.093 0.081 0.145 0.014 0.011 0.002 0.018 0.001 0.001 28 L 0.041 0.627 0.207 0.012 0.036 0.030 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 29 V 0.054 0.665 0.179 0.006 0.016 0.039 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 30 L 0.100 0.328 0.328 0.034 0.029 0.125 0.009 0.001 0.043 0.002 0.002 31 D 0.106 0.250 0.233 0.063 0.059 0.148 0.020 0.003 0.110 0.005 0.002 32 Q 0.610 0.107 0.088 0.096 0.033 0.022 0.026 0.003 0.008 0.004 0.001 33 N 0.316 0.054 0.062 0.332 0.019 0.063 0.107 0.014 0.028 0.002 0.001 34 M 0.186 0.327 0.181 0.121 0.103 0.021 0.027 0.009 0.021 0.002 0.001 35 S 0.268 0.268 0.277 0.036 0.081 0.027 0.013 0.005 0.011 0.013 0.001 36 I 0.268 0.452 0.123 0.052 0.042 0.029 0.003 0.002 0.026 0.002 0.001 37 L 0.248 0.357 0.190 0.050 0.029 0.057 0.013 0.001 0.053 0.002 0.001 38 E 0.188 0.184 0.431 0.074 0.017 0.057 0.017 0.003 0.025 0.002 0.002 39 G 0.206 0.035 0.080 0.042 0.154 0.006 0.107 0.207 0.004 0.159 0.001 40 S 0.363 0.175 0.204 0.094 0.076 0.041 0.015 0.006 0.016 0.008 0.003 41 L 0.206 0.200 0.185 0.323 0.027 0.016 0.020 0.003 0.019 0.001 0.001 42 G 0.102 0.026 0.097 0.037 0.143 0.009 0.083 0.251 0.004 0.247 0.001 43 V 0.169 0.383 0.227 0.120 0.036 0.037 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 44 I 0.041 0.271 0.382 0.006 0.023 0.048 0.026 0.001 0.199 0.002 0.001 45 P 0.160 0.008 0.763 0.010 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 46 R 0.186 0.383 0.233 0.059 0.064 0.030 0.018 0.005 0.021 0.001 0.001 47 R 0.093 0.412 0.338 0.021 0.042 0.039 0.012 0.001 0.040 0.001 0.002 48 V 0.086 0.518 0.278 0.025 0.019 0.040 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 49 L 0.039 0.457 0.337 0.016 0.027 0.094 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 50 V 0.030 0.575 0.234 0.043 0.023 0.056 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 51 H 0.009 0.216 0.566 0.005 0.049 0.095 0.002 0.001 0.052 0.005 0.001 52 E 0.935 0.004 0.009 0.037 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.769 0.002 0.007 0.207 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 54 D 0.428 0.018 0.040 0.347 0.013 0.054 0.012 0.002 0.084 0.001 0.001 55 L 0.896 0.004 0.014 0.076 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.953 0.001 0.019 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 G 0.947 0.001 0.003 0.027 0.002 0.001 0.002 0.015 0.001 0.003 0.001 58 A 0.989 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 T 0.977 0.004 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.912 0.004 0.010 0.066 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.374 0.008 0.038 0.566 0.004 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 66 G 0.062 0.001 0.011 0.029 0.006 0.004 0.372 0.481 0.004 0.030 0.001 67 L 0.105 0.207 0.555 0.039 0.018 0.052 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 68 A 0.299 0.131 0.349 0.098 0.024 0.066 0.015 0.004 0.010 0.003 0.002 69 H 0.396 0.217 0.137 0.123 0.072 0.019 0.012 0.003 0.018 0.002 0.001 70 E 0.403 0.190 0.223 0.062 0.043 0.027 0.013 0.003 0.034 0.001 0.001 71 L 0.355 0.149 0.260 0.156 0.013 0.046 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 72 R 0.210 0.223 0.240 0.190 0.041 0.045 0.012 0.003 0.031 0.003 0.001 73 S 0.151 0.177 0.274 0.157 0.102 0.040 0.025 0.014 0.029 0.030 0.001 74 D 0.320 0.084 0.149 0.256 0.033 0.045 0.058 0.015 0.033 0.008 0.001 75 D 0.411 0.063 0.126 0.278 0.020 0.026 0.044 0.012 0.014 0.004 0.001