# TARGET T0349 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.88375 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.334 0.212 0.158 0.144 0.098 0.045 0.008 2 R 0.209 0.252 0.243 0.169 0.085 0.034 0.007 3 E 0.155 0.240 0.208 0.180 0.118 0.083 0.015 4 L 0.035 0.055 0.095 0.185 0.283 0.275 0.073 5 L 0.046 0.062 0.102 0.176 0.242 0.272 0.101 6 R 0.091 0.153 0.175 0.196 0.167 0.153 0.065 7 T 0.074 0.073 0.101 0.173 0.223 0.242 0.113 8 N 0.100 0.110 0.119 0.149 0.201 0.219 0.103 9 D 0.118 0.157 0.169 0.182 0.162 0.144 0.067 10 A 0.078 0.084 0.116 0.173 0.203 0.219 0.127 11 V 0.034 0.041 0.054 0.094 0.188 0.348 0.241 12 L 0.021 0.025 0.044 0.103 0.174 0.320 0.312 13 L 0.026 0.032 0.040 0.068 0.115 0.290 0.430 14 S 0.021 0.034 0.054 0.104 0.156 0.277 0.355 15 A 0.015 0.025 0.047 0.087 0.136 0.310 0.380 16 V 0.005 0.009 0.013 0.039 0.117 0.404 0.413 17 G 0.011 0.054 0.123 0.266 0.268 0.216 0.062 18 A 0.011 0.049 0.103 0.219 0.290 0.286 0.042 19 L 0.011 0.046 0.087 0.205 0.322 0.299 0.031 20 L 0.017 0.039 0.106 0.288 0.381 0.161 0.007 21 D 0.336 0.426 0.185 0.046 0.006 0.001 0.001 22 G 0.432 0.372 0.145 0.044 0.007 0.001 0.001 23 A 0.185 0.255 0.262 0.201 0.082 0.014 0.001 24 D 0.221 0.388 0.237 0.112 0.035 0.007 0.001 25 I 0.044 0.058 0.137 0.309 0.342 0.104 0.006 26 G 0.124 0.300 0.278 0.183 0.079 0.032 0.004 27 H 0.071 0.105 0.137 0.200 0.229 0.214 0.044 28 L 0.044 0.052 0.076 0.145 0.260 0.306 0.116 29 V 0.055 0.101 0.148 0.207 0.203 0.184 0.102 30 L 0.039 0.054 0.083 0.153 0.200 0.275 0.196 31 D 0.038 0.051 0.069 0.125 0.212 0.324 0.181 32 Q 0.110 0.130 0.144 0.160 0.156 0.176 0.124 33 N 0.105 0.131 0.131 0.163 0.157 0.185 0.128 34 M 0.109 0.086 0.098 0.144 0.190 0.225 0.147 35 S 0.155 0.120 0.115 0.144 0.150 0.201 0.116 36 I 0.174 0.131 0.120 0.139 0.147 0.169 0.120 37 L 0.162 0.110 0.098 0.130 0.157 0.204 0.139 38 E 0.165 0.168 0.148 0.162 0.141 0.131 0.084 39 G 0.142 0.146 0.159 0.177 0.154 0.145 0.076 40 S 0.116 0.108 0.124 0.159 0.187 0.202 0.104 41 L 0.056 0.049 0.070 0.124 0.211 0.308 0.182 42 G 0.096 0.122 0.151 0.207 0.180 0.161 0.084 43 V 0.062 0.073 0.092 0.136 0.192 0.271 0.174 44 I 0.020 0.035 0.059 0.120 0.185 0.323 0.258 45 P 0.020 0.050 0.094 0.175 0.223 0.288 0.151 46 R 0.023 0.073 0.127 0.220 0.255 0.236 0.066 47 R 0.011 0.039 0.103 0.212 0.313 0.278 0.043 48 V 0.010 0.012 0.019 0.060 0.234 0.561 0.105 49 L 0.015 0.057 0.117 0.241 0.306 0.232 0.032 50 V 0.020 0.076 0.169 0.313 0.305 0.110 0.006 51 H 0.095 0.349 0.344 0.162 0.042 0.007 0.001 52 E 0.689 0.230 0.056 0.019 0.005 0.001 0.001 53 D 0.713 0.211 0.055 0.016 0.005 0.001 0.001 54 D 0.401 0.245 0.169 0.128 0.048 0.009 0.001 55 L 0.129 0.216 0.296 0.244 0.094 0.019 0.001 56 A 0.355 0.414 0.160 0.053 0.015 0.003 0.001 57 G 0.046 0.182 0.331 0.288 0.125 0.027 0.002 58 A 0.006 0.008 0.025 0.142 0.443 0.350 0.025 59 R 0.019 0.144 0.332 0.353 0.126 0.024 0.001 60 R 0.099 0.390 0.303 0.154 0.045 0.010 0.001 61 L 0.018 0.033 0.086 0.248 0.389 0.214 0.011 62 L 0.017 0.037 0.083 0.249 0.378 0.220 0.015 63 T 0.132 0.333 0.289 0.173 0.058 0.013 0.001 64 D 0.176 0.335 0.272 0.151 0.052 0.013 0.001 65 A 0.129 0.178 0.243 0.253 0.148 0.046 0.003 66 G 0.296 0.344 0.194 0.105 0.045 0.015 0.001 67 L 0.114 0.089 0.154 0.267 0.279 0.092 0.005 68 A 0.338 0.315 0.199 0.100 0.037 0.011 0.001 69 H 0.322 0.250 0.196 0.153 0.064 0.014 0.001 70 E 0.444 0.288 0.154 0.079 0.029 0.006 0.001 71 L 0.253 0.219 0.232 0.202 0.081 0.012 0.001 72 R 0.487 0.292 0.140 0.062 0.017 0.002 0.001 73 S 0.804 0.148 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 74 D 0.858 0.100 0.028 0.011 0.003 0.001 0.001 75 D 0.832 0.123 0.032 0.011 0.002 0.001 0.001