# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0348/T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.063 0.187 0.161 0.001 0.020 0.007 0.003 0.002 0.003 0.036 0.129 0.300 0.002 0.004 0.026 2 D 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.754 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 0.196 0.001 0.001 0.001 3 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.006 0.118 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.062 0.001 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.001 0.002 9 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.010 0.005 0.023 10 V 0.002 0.018 0.045 0.027 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.722 0.016 0.035 0.117 11 C 0.014 0.004 0.085 0.014 0.003 0.091 0.093 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.596 0.021 0.015 0.056 12 P 0.013 0.046 0.046 0.009 0.002 0.034 0.014 0.010 0.001 0.001 0.480 0.005 0.297 0.009 0.014 0.021 13 L 0.018 0.240 0.028 0.043 0.005 0.014 0.016 0.004 0.023 0.003 0.036 0.355 0.080 0.068 0.010 0.057 14 C 0.023 0.019 0.107 0.023 0.029 0.059 0.369 0.006 0.002 0.002 0.016 0.038 0.205 0.034 0.053 0.016 15 K 0.009 0.260 0.328 0.066 0.001 0.005 0.008 0.052 0.010 0.002 0.016 0.007 0.049 0.002 0.070 0.116 16 G 0.157 0.014 0.097 0.374 0.003 0.056 0.013 0.002 0.079 0.058 0.014 0.032 0.033 0.005 0.003 0.059 17 P 0.150 0.068 0.507 0.207 0.002 0.015 0.005 0.002 0.002 0.001 0.009 0.006 0.018 0.001 0.002 0.006 18 L 0.006 0.018 0.095 0.806 0.003 0.031 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.009 0.008 0.001 0.001 0.005 19 V 0.009 0.035 0.124 0.741 0.026 0.035 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.003 20 F 0.004 0.037 0.039 0.792 0.017 0.060 0.004 0.014 0.001 0.002 0.010 0.003 0.009 0.001 0.001 0.002 21 D 0.004 0.032 0.016 0.120 0.016 0.728 0.002 0.017 0.007 0.008 0.023 0.012 0.011 0.001 0.002 0.003 22 K 0.013 0.144 0.024 0.087 0.019 0.039 0.007 0.017 0.006 0.006 0.580 0.028 0.021 0.003 0.002 0.005 23 S 0.015 0.115 0.046 0.055 0.010 0.161 0.011 0.021 0.010 0.005 0.032 0.449 0.028 0.009 0.026 0.006 24 K 0.013 0.052 0.128 0.043 0.004 0.125 0.018 0.020 0.014 0.006 0.211 0.033 0.194 0.010 0.055 0.075 25 D 0.043 0.398 0.095 0.092 0.001 0.019 0.008 0.004 0.024 0.003 0.021 0.149 0.070 0.003 0.014 0.056 26 E 0.125 0.032 0.384 0.213 0.002 0.018 0.011 0.002 0.008 0.002 0.014 0.019 0.099 0.005 0.007 0.058 27 L 0.016 0.011 0.715 0.119 0.012 0.027 0.020 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.045 0.003 0.001 0.015 28 I 0.007 0.076 0.162 0.659 0.012 0.021 0.005 0.011 0.002 0.002 0.005 0.005 0.023 0.002 0.003 0.007 29 C 0.003 0.008 0.012 0.115 0.275 0.476 0.047 0.004 0.003 0.011 0.008 0.008 0.018 0.007 0.001 0.003 30 K 0.004 0.074 0.012 0.024 0.014 0.048 0.003 0.360 0.002 0.002 0.407 0.008 0.023 0.002 0.013 0.002 31 G 0.006 0.073 0.017 0.038 0.012 0.031 0.013 0.023 0.222 0.075 0.068 0.341 0.022 0.021 0.008 0.029 32 D 0.185 0.042 0.084 0.044 0.002 0.056 0.010 0.033 0.011 0.006 0.057 0.110 0.157 0.002 0.182 0.018 33 R 0.037 0.072 0.190 0.035 0.003 0.045 0.013 0.003 0.036 0.009 0.060 0.067 0.131 0.012 0.007 0.279 34 L 0.162 0.038 0.163 0.142 0.004 0.069 0.014 0.011 0.003 0.001 0.098 0.100 0.169 0.005 0.010 0.011 35 A 0.006 0.161 0.502 0.206 0.001 0.005 0.006 0.004 0.006 0.001 0.002 0.010 0.052 0.002 0.005 0.029 36 F 0.011 0.007 0.140 0.771 0.002 0.013 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.029 0.001 0.002 0.012 37 P 0.013 0.016 0.318 0.409 0.020 0.162 0.006 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.033 0.001 0.001 0.007 38 I 0.005 0.018 0.009 0.083 0.255 0.451 0.006 0.010 0.001 0.003 0.106 0.014 0.035 0.004 0.001 0.001 39 K 0.001 0.037 0.002 0.007 0.301 0.010 0.076 0.014 0.001 0.001 0.072 0.023 0.006 0.448 0.002 0.001 40 D 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.253 0.002 0.002 0.003 0.008 0.006 0.001 0.716 0.001 41 G 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.022 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.739 42 I 0.974 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 43 P 0.004 0.021 0.625 0.027 0.002 0.194 0.010 0.002 0.001 0.001 0.009 0.016 0.085 0.001 0.001 0.002 44 M 0.002 0.139 0.008 0.472 0.001 0.066 0.002 0.002 0.002 0.001 0.139 0.026 0.134 0.001 0.001 0.005 45 M 0.009 0.092 0.104 0.499 0.003 0.019 0.006 0.001 0.007 0.001 0.007 0.127 0.099 0.002 0.001 0.024 46 L 0.010 0.010 0.141 0.112 0.010 0.272 0.021 0.003 0.001 0.002 0.010 0.019 0.380 0.003 0.003 0.005 47 E 0.001 0.015 0.018 0.015 0.006 0.284 0.008 0.012 0.001 0.002 0.310 0.016 0.294 0.010 0.004 0.004 48 S 0.002 0.075 0.004 0.023 0.001 0.018 0.002 0.017 0.004 0.002 0.303 0.279 0.251 0.002 0.013 0.005 49 E 0.008 0.016 0.015 0.011 0.001 0.016 0.007 0.001 0.009 0.001 0.015 0.227 0.595 0.012 0.008 0.059 50 A 0.008 0.004 0.097 0.008 0.001 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.789 0.004 0.012 0.011 51 R 0.003 0.014 0.049 0.017 0.001 0.013 0.014 0.002 0.001 0.001 0.028 0.036 0.793 0.006 0.007 0.018 52 E 0.019 0.035 0.045 0.090 0.002 0.017 0.028 0.003 0.006 0.001 0.016 0.022 0.518 0.053 0.012 0.132 53 L 0.011 0.067 0.471 0.152 0.001 0.005 0.023 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.142 0.005 0.040 0.068 54 A 0.011 0.010 0.202 0.042 0.011 0.439 0.050 0.002 0.001 0.006 0.005 0.007 0.180 0.004 0.004 0.025 55 P 0.009 0.033 0.014 0.013 0.002 0.185 0.002 0.018 0.001 0.001 0.624 0.009 0.081 0.003 0.003 0.003 56 E 0.004 0.212 0.008 0.023 0.001 0.017 0.003 0.004 0.013 0.002 0.115 0.528 0.053 0.006 0.005 0.007 57 E 0.026 0.030 0.123 0.046 0.001 0.021 0.017 0.004 0.005 0.001 0.034 0.156 0.465 0.004 0.032 0.034 58 E 0.014 0.031 0.464 0.053 0.003 0.022 0.027 0.003 0.004 0.001 0.020 0.022 0.261 0.008 0.006 0.060 59 V 0.026 0.056 0.237 0.243 0.004 0.051 0.017 0.011 0.002 0.001 0.026 0.030 0.264 0.003 0.012 0.016 60 K 0.011 0.058 0.155 0.314 0.009 0.119 0.012 0.006 0.008 0.005 0.021 0.025 0.220 0.005 0.004 0.029 61 L 0.020 0.030 0.064 0.283 0.027 0.132 0.016 0.010 0.003 0.003 0.111 0.028 0.250 0.008 0.005 0.011 62 E 0.010 0.148 0.102 0.241 0.030 0.069 0.020 0.024 0.006 0.003 0.053 0.083 0.162 0.020 0.013 0.016 63 H 0.015 0.047 0.075 0.266 0.027 0.089 0.027 0.034 0.015 0.008 0.038 0.044 0.225 0.020 0.034 0.036 64 H 0.026 0.066 0.156 0.148 0.030 0.075 0.043 0.027 0.016 0.011 0.065 0.036 0.206 0.018 0.025 0.050 65 H 0.054 0.064 0.107 0.158 0.027 0.083 0.033 0.042 0.018 0.012 0.072 0.066 0.178 0.018 0.026 0.043 66 H 0.043 0.080 0.135 0.152 0.040 0.075 0.042 0.029 0.023 0.014 0.066 0.067 0.139 0.027 0.022 0.047 67 H 0.039 0.076 0.127 0.135 0.050 0.092 0.060 0.038 0.016 0.012 0.056 0.066 0.136 0.027 0.033 0.036 68 H 0.030 0.084 0.119 0.102 0.028 0.120 0.041 0.057 0.020 0.018 0.087 0.072 0.130 0.016 0.039 0.038