# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.179 0.085 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.017 0.091 0.559 2 D 0.139 0.130 0.010 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.012 0.103 0.518 3 A 0.015 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.046 0.903 4 K 0.012 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.510 0.416 5 F 0.161 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.506 0.251 6 L 0.125 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.007 0.136 7 E 0.036 0.695 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.036 0.167 8 I 0.165 0.594 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.028 0.008 0.170 9 L 0.150 0.579 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.069 0.039 0.007 0.116 10 V 0.043 0.363 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.007 0.181 0.035 0.016 0.284 11 C 0.054 0.157 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.007 0.002 0.011 0.002 0.001 0.256 0.026 0.036 0.369 12 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.981 13 L 0.043 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.017 0.108 0.693 14 C 0.278 0.037 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.017 0.093 0.483 15 K 0.150 0.053 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.026 0.103 0.556 16 G 0.041 0.009 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.007 0.202 0.631 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.022 0.002 0.001 0.002 0.013 0.059 0.248 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.061 0.057 0.135 0.004 0.064 0.308 19 V 0.017 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.048 0.616 0.046 0.070 0.002 0.033 0.132 20 F 0.018 0.014 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.002 0.004 0.006 0.035 0.010 0.037 0.003 0.001 0.277 0.006 0.077 0.500 21 D 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.077 0.692 0.017 0.057 0.004 0.002 0.001 0.050 0.001 0.017 0.067 22 K 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.009 0.111 0.645 23 S 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.014 0.553 0.278 24 K 0.209 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.079 0.305 0.349 25 D 0.041 0.095 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.048 0.295 0.477 26 E 0.197 0.009 0.218 0.003 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.027 0.215 0.253 27 L 0.034 0.025 0.002 0.005 0.016 0.122 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.092 0.027 0.372 0.004 0.051 0.234 28 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.030 0.833 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.040 0.001 0.006 0.027 29 C 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.008 0.014 0.318 0.011 0.019 0.005 0.003 0.003 0.318 0.002 0.039 0.219 30 K 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.365 0.010 0.110 0.456 31 G 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.015 0.403 0.436 32 D 0.204 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.031 0.213 0.455 33 R 0.212 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.045 0.158 0.407 34 L 0.128 0.058 0.106 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.015 0.255 0.295 35 A 0.093 0.062 0.015 0.005 0.019 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.265 0.015 0.086 0.406 36 F 0.050 0.048 0.004 0.001 0.027 0.093 0.300 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.207 0.005 0.032 0.199 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 38 I 0.016 0.023 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.040 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.575 0.004 0.035 0.283 39 K 0.015 0.080 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.209 0.002 0.111 0.494 40 D 0.026 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.007 0.060 0.672 41 G 0.137 0.065 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.029 0.062 0.526 42 I 0.425 0.028 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.012 0.056 0.345 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 M 0.015 0.016 0.002 0.004 0.122 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.180 0.005 0.081 0.536 45 M 0.101 0.158 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.006 0.088 0.501 46 L 0.131 0.210 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.012 0.061 0.415 47 E 0.090 0.207 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.008 0.056 0.439 48 S 0.015 0.130 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.153 0.672 49 E 0.091 0.240 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.186 0.456 50 A 0.070 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.162 51 R 0.115 0.696 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.013 0.145 52 E 0.136 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.005 0.166 53 L 0.295 0.490 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 0.003 0.121 54 A 0.125 0.337 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.038 0.068 0.398 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.083 0.884 57 E 0.286 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.101 0.535 58 E 0.069 0.241 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.049 0.598 59 V 0.061 0.334 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.007 0.039 0.455 60 K 0.051 0.343 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.008 0.040 0.473 61 L 0.041 0.404 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.014 0.032 0.391 62 E 0.049 0.293 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.023 0.061 0.486 63 H 0.184 0.208 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.033 0.047 0.459 64 H 0.195 0.284 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.021 0.038 0.393 65 H 0.116 0.222 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 0.020 0.061 0.482 66 H 0.126 0.128 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.073 0.021 0.065 0.545 67 H 0.131 0.088 0.015 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.074 0.018 0.086 0.568 68 H 0.111 0.073 0.012 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.077 0.016 0.086 0.601