# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.306 0.131 0.037 0.007 0.004 0.006 0.068 0.005 0.001 0.004 0.432 2 D 0.096 0.056 0.013 0.007 0.003 0.006 0.162 0.011 0.001 0.004 0.641 3 A 0.050 0.040 0.012 0.007 0.002 0.002 0.045 0.001 0.001 0.004 0.836 4 K 0.008 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.370 0.001 0.001 0.002 0.576 5 F 0.074 0.309 0.002 0.010 0.005 0.006 0.171 0.005 0.001 0.005 0.415 6 L 0.029 0.852 0.001 0.006 0.003 0.010 0.018 0.003 0.001 0.002 0.076 7 E 0.034 0.843 0.001 0.004 0.003 0.030 0.024 0.013 0.001 0.002 0.047 8 I 0.110 0.811 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.051 9 L 0.067 0.860 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.017 10 V 0.127 0.592 0.026 0.008 0.009 0.016 0.004 0.116 0.001 0.001 0.101 11 C 0.135 0.153 0.104 0.052 0.050 0.090 0.045 0.044 0.001 0.001 0.326 12 P 0.003 0.002 0.005 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.974 13 L 0.017 0.003 0.003 0.075 0.023 0.052 0.165 0.001 0.001 0.003 0.660 14 C 0.207 0.009 0.005 0.051 0.012 0.033 0.085 0.001 0.001 0.011 0.587 15 K 0.101 0.022 0.002 0.075 0.017 0.040 0.065 0.002 0.001 0.005 0.672 16 G 0.119 0.006 0.004 0.061 0.030 0.052 0.099 0.001 0.001 0.007 0.621 17 P 0.012 0.002 0.001 0.015 0.007 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.940 18 L 0.025 0.008 0.002 0.041 0.092 0.166 0.093 0.001 0.001 0.003 0.569 19 V 0.116 0.021 0.002 0.046 0.138 0.215 0.056 0.001 0.001 0.006 0.398 20 F 0.083 0.059 0.002 0.064 0.164 0.234 0.056 0.003 0.001 0.003 0.332 21 D 0.084 0.034 0.004 0.048 0.154 0.236 0.104 0.004 0.001 0.006 0.327 22 K 0.045 0.019 0.005 0.038 0.050 0.077 0.114 0.003 0.001 0.008 0.641 23 S 0.053 0.010 0.004 0.017 0.034 0.043 0.414 0.004 0.001 0.023 0.400 24 K 0.215 0.013 0.016 0.016 0.012 0.015 0.203 0.002 0.001 0.046 0.463 25 D 0.092 0.027 0.009 0.027 0.024 0.027 0.339 0.002 0.001 0.025 0.428 26 E 0.127 0.026 0.009 0.031 0.054 0.073 0.292 0.001 0.001 0.025 0.362 27 L 0.074 0.054 0.005 0.057 0.141 0.211 0.125 0.002 0.001 0.006 0.324 28 I 0.033 0.042 0.003 0.056 0.207 0.365 0.065 0.002 0.001 0.004 0.223 29 C 0.032 0.034 0.003 0.031 0.178 0.339 0.063 0.002 0.001 0.003 0.315 30 K 0.018 0.012 0.002 0.029 0.113 0.150 0.034 0.002 0.001 0.002 0.636 31 G 0.023 0.009 0.002 0.022 0.056 0.094 0.192 0.002 0.001 0.009 0.592 32 D 0.152 0.013 0.004 0.033 0.030 0.041 0.222 0.003 0.001 0.023 0.478 33 R 0.217 0.037 0.009 0.049 0.037 0.055 0.198 0.005 0.001 0.030 0.363 34 L 0.184 0.039 0.010 0.072 0.092 0.117 0.173 0.004 0.001 0.020 0.290 35 A 0.085 0.035 0.017 0.083 0.069 0.166 0.097 0.003 0.001 0.009 0.436 36 F 0.027 0.009 0.004 0.080 0.340 0.296 0.048 0.001 0.001 0.002 0.191 37 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.962 38 I 0.004 0.001 0.001 0.103 0.201 0.403 0.087 0.001 0.001 0.002 0.199 39 K 0.086 0.007 0.001 0.048 0.052 0.117 0.162 0.001 0.001 0.012 0.515 40 D 0.093 0.026 0.001 0.028 0.021 0.042 0.197 0.002 0.001 0.011 0.581 41 G 0.459 0.011 0.006 0.039 0.016 0.024 0.145 0.004 0.001 0.061 0.234 42 I 0.341 0.013 0.052 0.046 0.027 0.022 0.223 0.001 0.001 0.019 0.254 43 P 0.002 0.001 0.005 0.010 0.008 0.016 0.030 0.001 0.001 0.001 0.926 44 M 0.024 0.004 0.002 0.110 0.121 0.269 0.098 0.001 0.001 0.003 0.369 45 M 0.114 0.018 0.002 0.122 0.095 0.145 0.075 0.001 0.001 0.005 0.423 46 L 0.031 0.026 0.001 0.095 0.156 0.290 0.095 0.001 0.001 0.002 0.302 47 E 0.009 0.010 0.001 0.102 0.031 0.097 0.045 0.001 0.001 0.001 0.704 48 S 0.010 0.020 0.001 0.052 0.016 0.039 0.173 0.001 0.001 0.003 0.686 49 E 0.095 0.048 0.001 0.024 0.025 0.031 0.315 0.005 0.001 0.016 0.440 50 A 0.176 0.333 0.005 0.042 0.026 0.044 0.109 0.005 0.001 0.009 0.252 51 R 0.126 0.375 0.004 0.020 0.018 0.041 0.084 0.007 0.001 0.006 0.319 52 E 0.245 0.337 0.004 0.005 0.005 0.011 0.021 0.011 0.001 0.002 0.359 53 L 0.361 0.367 0.007 0.012 0.011 0.013 0.011 0.032 0.001 0.001 0.186 54 A 0.216 0.143 0.034 0.013 0.018 0.021 0.083 0.015 0.001 0.002 0.455 55 P 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 56 E 0.012 0.004 0.001 0.011 0.005 0.021 0.237 0.001 0.001 0.002 0.705 57 E 0.531 0.021 0.002 0.005 0.002 0.004 0.067 0.001 0.001 0.009 0.358 58 E 0.206 0.337 0.002 0.016 0.007 0.009 0.059 0.004 0.001 0.003 0.357 59 V 0.203 0.249 0.006 0.023 0.020 0.030 0.061 0.003 0.001 0.006 0.399 60 K 0.157 0.261 0.003 0.024 0.025 0.043 0.062 0.006 0.001 0.004 0.415 61 L 0.122 0.273 0.012 0.018 0.033 0.061 0.035 0.008 0.001 0.003 0.435 62 E 0.080 0.200 0.007 0.021 0.047 0.055 0.056 0.011 0.001 0.003 0.519 63 H 0.153 0.140 0.008 0.023 0.044 0.063 0.112 0.013 0.001 0.009 0.435 64 H 0.186 0.131 0.017 0.030 0.036 0.055 0.104 0.012 0.001 0.008 0.422 65 H 0.126 0.104 0.013 0.029 0.030 0.043 0.125 0.007 0.001 0.007 0.516 66 H 0.115 0.062 0.011 0.023 0.025 0.043 0.118 0.005 0.001 0.008 0.589 67 H 0.124 0.046 0.010 0.021 0.027 0.040 0.111 0.004 0.001 0.007 0.609 68 H 0.077 0.030 0.007 0.016 0.017 0.026 0.098 0.002 0.001 0.006 0.720