# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.241 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.385 0.126 0.180 0.173 0.052 0.038 0.021 0.004 0.016 0.005 0.001 2 D 0.307 0.051 0.338 0.021 0.016 0.185 0.008 0.001 0.069 0.004 0.001 3 A 0.975 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.964 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.855 0.001 0.004 0.135 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.891 0.014 0.034 0.032 0.003 0.006 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 7 E 0.932 0.019 0.017 0.021 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.871 0.052 0.032 0.034 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 L 0.775 0.071 0.059 0.072 0.004 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 10 V 0.309 0.235 0.092 0.275 0.032 0.022 0.008 0.002 0.022 0.003 0.001 11 C 0.052 0.143 0.310 0.004 0.039 0.026 0.024 0.001 0.392 0.008 0.001 12 P 0.711 0.002 0.193 0.018 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 13 L 0.497 0.060 0.133 0.231 0.014 0.033 0.009 0.004 0.017 0.001 0.001 14 C 0.191 0.194 0.214 0.255 0.069 0.033 0.016 0.006 0.015 0.005 0.002 15 K 0.133 0.075 0.145 0.249 0.030 0.049 0.232 0.023 0.057 0.006 0.001 16 G 0.039 0.106 0.330 0.005 0.273 0.002 0.012 0.026 0.012 0.195 0.001 17 P 0.083 0.020 0.633 0.019 0.001 0.057 0.001 0.001 0.002 0.001 0.183 18 L 0.030 0.426 0.413 0.021 0.037 0.048 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 19 V 0.024 0.805 0.073 0.016 0.025 0.023 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 20 F 0.036 0.422 0.422 0.018 0.021 0.058 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 21 D 0.034 0.292 0.243 0.030 0.064 0.190 0.024 0.002 0.119 0.001 0.001 22 K 0.524 0.110 0.118 0.145 0.036 0.019 0.022 0.007 0.014 0.006 0.001 23 S 0.376 0.099 0.204 0.203 0.028 0.023 0.023 0.015 0.020 0.008 0.001 24 K 0.513 0.062 0.110 0.177 0.027 0.012 0.062 0.015 0.008 0.014 0.001 25 D 0.240 0.041 0.087 0.172 0.017 0.042 0.355 0.021 0.022 0.003 0.001 26 E 0.290 0.341 0.202 0.080 0.030 0.021 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 27 L 0.175 0.244 0.440 0.043 0.015 0.062 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 28 I 0.112 0.514 0.162 0.089 0.050 0.040 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 29 C 0.039 0.319 0.361 0.021 0.147 0.048 0.005 0.001 0.055 0.005 0.001 30 K 0.681 0.033 0.096 0.143 0.010 0.013 0.009 0.005 0.006 0.003 0.001 31 G 0.529 0.018 0.058 0.079 0.035 0.003 0.052 0.117 0.004 0.105 0.001 32 D 0.442 0.037 0.117 0.310 0.015 0.022 0.036 0.008 0.009 0.002 0.002 33 R 0.333 0.139 0.154 0.135 0.049 0.022 0.114 0.026 0.022 0.006 0.001 34 L 0.221 0.293 0.320 0.092 0.038 0.021 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 35 A 0.172 0.380 0.193 0.134 0.059 0.022 0.014 0.004 0.017 0.004 0.001 36 F 0.007 0.607 0.180 0.001 0.076 0.011 0.004 0.001 0.112 0.001 0.001 37 P 0.025 0.033 0.872 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 38 I 0.106 0.304 0.472 0.018 0.015 0.066 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 39 K 0.525 0.270 0.073 0.065 0.014 0.020 0.004 0.001 0.025 0.002 0.001 40 D 0.078 0.057 0.192 0.339 0.039 0.015 0.253 0.003 0.021 0.003 0.001 41 G 0.003 0.001 0.009 0.004 0.011 0.001 0.032 0.872 0.001 0.069 0.001 42 I 0.012 0.361 0.545 0.003 0.013 0.020 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 43 P 0.033 0.023 0.897 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 44 M 0.095 0.569 0.179 0.025 0.050 0.047 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 45 M 0.043 0.305 0.449 0.022 0.032 0.102 0.009 0.001 0.037 0.001 0.001 46 L 0.023 0.134 0.549 0.011 0.028 0.183 0.002 0.001 0.065 0.002 0.001 47 E 0.739 0.023 0.185 0.021 0.008 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 48 S 0.967 0.001 0.007 0.020 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 49 E 0.929 0.001 0.003 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.888 0.008 0.048 0.044 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 51 R 0.903 0.022 0.032 0.029 0.004 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 52 E 0.864 0.018 0.066 0.042 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.520 0.061 0.123 0.268 0.003 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 54 A 0.055 0.081 0.669 0.003 0.017 0.024 0.008 0.001 0.137 0.007 0.001 55 P 0.867 0.001 0.110 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 56 E 0.760 0.005 0.033 0.166 0.004 0.004 0.007 0.019 0.002 0.001 0.001 57 E 0.657 0.037 0.161 0.105 0.012 0.010 0.005 0.003 0.007 0.002 0.001 58 E 0.674 0.053 0.137 0.073 0.010 0.021 0.016 0.004 0.007 0.002 0.001 59 V 0.544 0.164 0.141 0.083 0.027 0.020 0.005 0.002 0.013 0.002 0.001 60 K 0.466 0.137 0.201 0.066 0.032 0.044 0.022 0.004 0.024 0.003 0.002 61 L 0.548 0.126 0.194 0.046 0.026 0.026 0.008 0.002 0.019 0.003 0.001 62 E 0.669 0.071 0.142 0.064 0.017 0.015 0.007 0.004 0.006 0.002 0.001 63 H 0.399 0.128 0.113 0.230 0.034 0.028 0.028 0.006 0.030 0.003 0.001 64 H 0.316 0.171 0.142 0.192 0.035 0.045 0.052 0.007 0.035 0.005 0.001 65 H 0.336 0.155 0.128 0.182 0.036 0.059 0.055 0.007 0.035 0.006 0.001 66 H 0.272 0.169 0.157 0.221 0.036 0.054 0.042 0.008 0.035 0.004 0.001 67 H 0.203 0.151 0.189 0.227 0.034 0.068 0.067 0.012 0.043 0.005 0.002 68 H 0.184 0.189 0.246 0.130 0.074 0.043 0.063 0.022 0.028 0.020 0.001