# TARGET T0348 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 159 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.643 0.212 0.090 0.043 0.010 0.001 0.001 2 D 0.556 0.235 0.116 0.065 0.023 0.004 0.001 3 A 0.701 0.206 0.067 0.019 0.006 0.001 0.001 4 K 0.490 0.323 0.116 0.047 0.018 0.005 0.001 5 F 0.137 0.124 0.173 0.283 0.192 0.084 0.008 6 L 0.170 0.225 0.221 0.209 0.129 0.042 0.004 7 E 0.248 0.372 0.212 0.117 0.042 0.008 0.001 8 I 0.131 0.129 0.164 0.243 0.234 0.093 0.007 9 L 0.108 0.114 0.112 0.192 0.211 0.231 0.031 10 V 0.093 0.174 0.212 0.237 0.175 0.095 0.014 11 C 0.166 0.173 0.180 0.185 0.170 0.114 0.013 12 P 0.194 0.210 0.198 0.204 0.137 0.051 0.004 13 L 0.251 0.296 0.234 0.157 0.050 0.012 0.001 14 C 0.291 0.290 0.215 0.152 0.045 0.006 0.001 15 K 0.365 0.373 0.175 0.072 0.014 0.001 0.001 16 G 0.219 0.240 0.222 0.196 0.102 0.019 0.001 17 P 0.194 0.392 0.283 0.104 0.024 0.003 0.001 18 L 0.026 0.066 0.141 0.350 0.340 0.075 0.002 19 V 0.070 0.353 0.391 0.149 0.033 0.004 0.001 20 F 0.043 0.105 0.214 0.395 0.212 0.030 0.001 21 D 0.541 0.344 0.090 0.022 0.003 0.001 0.001 22 K 0.772 0.178 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 23 S 0.879 0.104 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 24 K 0.638 0.287 0.060 0.014 0.002 0.001 0.001 25 D 0.431 0.371 0.137 0.049 0.011 0.001 0.001 26 E 0.109 0.368 0.319 0.163 0.036 0.004 0.001 27 L 0.020 0.064 0.130 0.275 0.340 0.165 0.006 28 I 0.021 0.101 0.234 0.354 0.237 0.052 0.002 29 C 0.083 0.169 0.185 0.250 0.228 0.080 0.005 30 K 0.154 0.304 0.281 0.196 0.054 0.010 0.001 31 G 0.357 0.339 0.157 0.097 0.038 0.011 0.001 32 D 0.116 0.175 0.220 0.261 0.167 0.055 0.005 33 R 0.280 0.267 0.191 0.152 0.080 0.029 0.003 34 L 0.174 0.151 0.163 0.185 0.170 0.133 0.024 35 A 0.121 0.139 0.140 0.197 0.198 0.169 0.035 36 F 0.110 0.102 0.126 0.188 0.231 0.198 0.045 37 P 0.169 0.164 0.159 0.195 0.173 0.113 0.027 38 I 0.148 0.154 0.160 0.203 0.201 0.115 0.018 39 K 0.228 0.244 0.223 0.194 0.084 0.025 0.003 40 D 0.477 0.279 0.138 0.070 0.029 0.006 0.001 41 G 0.465 0.298 0.135 0.071 0.025 0.007 0.001 42 I 0.201 0.143 0.140 0.221 0.183 0.102 0.011 43 P 0.291 0.252 0.186 0.146 0.085 0.036 0.004 44 M 0.296 0.250 0.187 0.136 0.091 0.036 0.004 45 M 0.200 0.179 0.170 0.190 0.164 0.087 0.011 46 L 0.095 0.130 0.183 0.269 0.228 0.088 0.006 47 E 0.206 0.297 0.267 0.169 0.050 0.010 0.001 48 S 0.430 0.353 0.145 0.054 0.015 0.003 0.001 49 E 0.269 0.265 0.242 0.158 0.056 0.009 0.001 50 A 0.144 0.164 0.213 0.291 0.165 0.024 0.001 51 R 0.471 0.364 0.125 0.034 0.006 0.001 0.001 52 E 0.620 0.298 0.067 0.013 0.002 0.001 0.001 53 L 0.264 0.224 0.251 0.204 0.054 0.004 0.001 54 A 0.721 0.213 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 55 P 0.831 0.137 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 56 E 0.871 0.105 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 57 E 0.820 0.137 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 58 E 0.850 0.128 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 59 V 0.831 0.136 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 60 K 0.765 0.179 0.043 0.011 0.002 0.001 0.001 61 L 0.536 0.252 0.124 0.068 0.018 0.002 0.001 62 E 0.526 0.267 0.117 0.065 0.022 0.002 0.001 63 H 0.466 0.281 0.150 0.074 0.024 0.004 0.001 64 H 0.458 0.279 0.147 0.076 0.031 0.009 0.001 65 H 0.528 0.263 0.128 0.060 0.018 0.003 0.001 66 H 0.591 0.245 0.106 0.044 0.011 0.002 0.001 67 H 0.711 0.204 0.059 0.021 0.005 0.001 0.001 68 H 0.638 0.224 0.082 0.045 0.009 0.001 0.001