# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.225 0.269 0.156 0.010 0.054 0.137 0.056 0.002 0.002 0.002 0.006 0.002 0.007 0.001 0.007 0.002 0.001 0.016 0.006 0.013 0.005 2 D 0.013 0.237 0.081 0.319 0.019 0.195 0.015 0.096 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.002 3 A 0.002 0.004 0.114 0.007 0.001 0.791 0.003 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.002 0.014 0.004 0.001 0.010 0.049 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.001 0.007 0.019 0.011 0.001 0.051 0.039 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.008 0.077 0.008 0.001 0.016 0.041 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 7 E 0.002 0.004 0.089 0.008 0.001 0.003 0.096 0.758 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.004 0.007 0.001 0.004 0.003 0.007 0.002 8 I 0.009 0.011 0.170 0.010 0.001 0.009 0.131 0.565 0.007 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.002 0.008 0.014 0.002 0.006 0.004 0.010 0.025 9 L 0.027 0.038 0.366 0.013 0.002 0.011 0.102 0.170 0.012 0.007 0.011 0.028 0.010 0.020 0.002 0.036 0.026 0.011 0.021 0.026 0.051 0.011 10 V 0.054 0.065 0.411 0.046 0.003 0.015 0.087 0.052 0.015 0.009 0.012 0.009 0.007 0.021 0.015 0.024 0.015 0.010 0.021 0.010 0.019 0.079 11 C 0.020 0.208 0.195 0.141 0.016 0.027 0.023 0.038 0.019 0.012 0.020 0.027 0.012 0.033 0.004 0.042 0.016 0.046 0.030 0.025 0.036 0.009 12 P 0.012 0.071 0.183 0.535 0.018 0.020 0.026 0.024 0.009 0.004 0.006 0.004 0.007 0.007 0.009 0.008 0.006 0.013 0.003 0.002 0.006 0.028 13 L 0.040 0.124 0.282 0.099 0.014 0.014 0.178 0.030 0.017 0.008 0.011 0.019 0.008 0.016 0.004 0.022 0.020 0.030 0.005 0.014 0.029 0.016 14 C 0.050 0.275 0.139 0.180 0.014 0.014 0.161 0.010 0.008 0.005 0.006 0.007 0.005 0.006 0.007 0.021 0.015 0.024 0.012 0.005 0.017 0.020 15 K 0.024 0.219 0.263 0.203 0.023 0.034 0.073 0.003 0.008 0.006 0.007 0.007 0.005 0.008 0.004 0.027 0.023 0.005 0.013 0.008 0.020 0.018 16 G 0.011 0.140 0.046 0.577 0.054 0.009 0.029 0.004 0.007 0.005 0.006 0.005 0.004 0.005 0.003 0.013 0.027 0.006 0.028 0.004 0.011 0.005 17 P 0.033 0.088 0.071 0.427 0.024 0.020 0.049 0.011 0.010 0.006 0.011 0.008 0.013 0.008 0.029 0.016 0.096 0.002 0.011 0.005 0.010 0.051 18 L 0.009 0.313 0.040 0.086 0.002 0.007 0.057 0.008 0.012 0.017 0.020 0.027 0.017 0.016 0.038 0.063 0.047 0.013 0.035 0.045 0.070 0.056 19 V 0.015 0.177 0.034 0.088 0.008 0.010 0.023 0.008 0.013 0.013 0.048 0.033 0.026 0.020 0.039 0.072 0.085 0.061 0.044 0.037 0.056 0.091 20 F 0.007 0.172 0.054 0.101 0.005 0.008 0.021 0.005 0.019 0.017 0.020 0.053 0.017 0.021 0.032 0.074 0.020 0.051 0.023 0.044 0.078 0.161 21 D 0.005 0.204 0.017 0.115 0.019 0.009 0.011 0.006 0.007 0.006 0.007 0.015 0.011 0.006 0.012 0.022 0.007 0.445 0.005 0.019 0.029 0.023 22 K 0.008 0.038 0.469 0.065 0.012 0.134 0.012 0.013 0.009 0.002 0.005 0.014 0.008 0.008 0.004 0.027 0.013 0.013 0.003 0.060 0.024 0.060 23 S 0.013 0.204 0.144 0.150 0.012 0.011 0.144 0.096 0.003 0.004 0.005 0.013 0.005 0.004 0.004 0.014 0.014 0.089 0.003 0.029 0.025 0.011 24 K 0.065 0.051 0.301 0.121 0.012 0.203 0.118 0.031 0.003 0.002 0.005 0.005 0.003 0.003 0.001 0.011 0.010 0.003 0.005 0.015 0.018 0.012 25 D 0.179 0.059 0.093 0.030 0.036 0.026 0.389 0.064 0.002 0.002 0.006 0.004 0.002 0.006 0.002 0.013 0.019 0.004 0.027 0.009 0.021 0.008 26 E 0.021 0.096 0.079 0.072 0.004 0.035 0.075 0.073 0.007 0.002 0.005 0.008 0.006 0.006 0.006 0.021 0.019 0.004 0.392 0.012 0.017 0.041 27 L 0.024 0.214 0.099 0.063 0.005 0.020 0.081 0.071 0.009 0.005 0.013 0.014 0.013 0.013 0.010 0.043 0.039 0.026 0.048 0.016 0.035 0.141 28 I 0.015 0.136 0.098 0.062 0.004 0.014 0.032 0.023 0.008 0.003 0.006 0.018 0.008 0.016 0.009 0.040 0.019 0.018 0.323 0.024 0.036 0.088 29 C 0.013 0.255 0.066 0.169 0.024 0.021 0.031 0.023 0.007 0.008 0.008 0.016 0.009 0.008 0.007 0.028 0.014 0.110 0.063 0.027 0.049 0.043 30 K 0.023 0.074 0.324 0.140 0.031 0.126 0.036 0.036 0.007 0.003 0.004 0.013 0.008 0.008 0.005 0.021 0.012 0.014 0.014 0.046 0.019 0.035 31 G 0.028 0.099 0.229 0.112 0.020 0.036 0.220 0.115 0.004 0.002 0.004 0.008 0.005 0.006 0.003 0.013 0.005 0.015 0.007 0.034 0.021 0.013 32 D 0.033 0.087 0.181 0.155 0.009 0.072 0.233 0.093 0.004 0.002 0.004 0.008 0.005 0.006 0.002 0.016 0.011 0.002 0.011 0.024 0.030 0.012 33 R 0.110 0.081 0.177 0.035 0.017 0.045 0.278 0.111 0.005 0.003 0.004 0.007 0.005 0.009 0.003 0.015 0.009 0.003 0.024 0.016 0.026 0.017 34 L 0.021 0.131 0.177 0.071 0.005 0.039 0.103 0.116 0.008 0.004 0.006 0.010 0.009 0.017 0.007 0.033 0.020 0.002 0.164 0.012 0.028 0.017 35 A 0.024 0.130 0.178 0.072 0.012 0.050 0.171 0.063 0.009 0.007 0.007 0.025 0.014 0.020 0.009 0.026 0.019 0.003 0.050 0.015 0.034 0.062 36 F 0.009 0.194 0.056 0.100 0.005 0.049 0.014 0.072 0.010 0.006 0.007 0.010 0.006 0.011 0.004 0.035 0.021 0.106 0.206 0.028 0.032 0.018 37 P 0.008 0.053 0.063 0.391 0.011 0.030 0.019 0.201 0.007 0.002 0.003 0.006 0.016 0.008 0.006 0.009 0.008 0.028 0.010 0.013 0.009 0.099 38 I 0.005 0.056 0.126 0.031 0.003 0.080 0.066 0.317 0.007 0.003 0.006 0.012 0.006 0.013 0.004 0.020 0.034 0.047 0.004 0.047 0.050 0.063 39 K 0.002 0.023 0.512 0.009 0.002 0.004 0.153 0.175 0.002 0.001 0.001 0.024 0.004 0.002 0.001 0.008 0.001 0.040 0.001 0.016 0.015 0.005 40 D 0.017 0.003 0.041 0.008 0.001 0.001 0.912 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 41 G 0.726 0.006 0.005 0.001 0.070 0.001 0.173 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 42 I 0.001 0.162 0.004 0.196 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.616 0.001 0.002 0.001 43 P 0.005 0.066 0.106 0.291 0.030 0.008 0.009 0.006 0.016 0.014 0.012 0.074 0.138 0.044 0.004 0.024 0.024 0.001 0.004 0.009 0.024 0.090 44 M 0.003 0.176 0.030 0.055 0.001 0.011 0.055 0.008 0.028 0.041 0.066 0.032 0.023 0.071 0.106 0.032 0.014 0.006 0.189 0.005 0.031 0.013 45 M 0.004 0.093 0.037 0.033 0.003 0.014 0.018 0.008 0.066 0.059 0.052 0.208 0.150 0.072 0.015 0.045 0.020 0.009 0.030 0.009 0.036 0.021 46 L 0.003 0.159 0.041 0.078 0.004 0.015 0.013 0.011 0.059 0.039 0.096 0.069 0.057 0.062 0.149 0.039 0.018 0.018 0.003 0.026 0.018 0.022 47 E 0.012 0.070 0.088 0.153 0.022 0.066 0.017 0.032 0.060 0.038 0.037 0.090 0.126 0.061 0.031 0.031 0.017 0.008 0.002 0.006 0.019 0.015 48 S 0.015 0.115 0.167 0.131 0.021 0.073 0.098 0.130 0.018 0.015 0.030 0.025 0.024 0.023 0.012 0.022 0.019 0.010 0.003 0.010 0.023 0.013 49 E 0.018 0.117 0.195 0.086 0.007 0.067 0.150 0.218 0.010 0.007 0.007 0.011 0.016 0.011 0.004 0.019 0.018 0.003 0.005 0.006 0.011 0.014 50 A 0.018 0.127 0.191 0.073 0.003 0.052 0.189 0.224 0.004 0.003 0.006 0.004 0.005 0.006 0.005 0.011 0.034 0.004 0.005 0.004 0.014 0.016 51 R 0.017 0.105 0.245 0.070 0.005 0.034 0.176 0.217 0.004 0.002 0.004 0.008 0.005 0.006 0.002 0.018 0.010 0.006 0.020 0.009 0.022 0.015 52 E 0.021 0.137 0.176 0.104 0.006 0.022 0.276 0.142 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.005 0.013 0.007 0.017 0.016 0.006 0.009 0.026 53 L 0.016 0.297 0.226 0.180 0.004 0.030 0.106 0.021 0.003 0.002 0.002 0.008 0.002 0.006 0.002 0.012 0.006 0.003 0.019 0.013 0.022 0.018 54 A 0.007 0.358 0.043 0.503 0.014 0.018 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.006 0.002 0.004 0.002 55 P 0.006 0.018 0.384 0.096 0.009 0.427 0.008 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 56 E 0.004 0.034 0.096 0.034 0.002 0.052 0.325 0.435 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 57 E 0.010 0.062 0.059 0.079 0.001 0.088 0.093 0.573 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.008 0.001 0.004 0.002 0.003 0.004 58 E 0.012 0.082 0.081 0.074 0.001 0.053 0.073 0.554 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.011 0.003 0.006 0.003 0.006 0.020 59 V 0.008 0.110 0.107 0.097 0.001 0.035 0.065 0.422 0.004 0.001 0.003 0.005 0.003 0.005 0.002 0.011 0.020 0.009 0.039 0.009 0.020 0.024 60 K 0.019 0.095 0.100 0.109 0.005 0.032 0.067 0.399 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.003 0.012 0.022 0.012 0.027 0.008 0.017 0.054 61 L 0.015 0.103 0.192 0.104 0.003 0.065 0.054 0.292 0.004 0.002 0.003 0.005 0.004 0.004 0.004 0.011 0.019 0.014 0.024 0.015 0.019 0.044 62 E 0.017 0.066 0.237 0.097 0.005 0.034 0.077 0.328 0.003 0.001 0.002 0.007 0.004 0.004 0.002 0.011 0.018 0.014 0.011 0.019 0.015 0.028 63 H 0.029 0.062 0.226 0.065 0.006 0.035 0.171 0.258 0.003 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.002 0.012 0.014 0.013 0.011 0.025 0.017 0.036 64 H 0.039 0.092 0.234 0.061 0.006 0.032 0.214 0.173 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.005 0.002 0.013 0.015 0.012 0.016 0.019 0.020 0.029 65 H 0.040 0.143 0.261 0.098 0.008 0.027 0.136 0.102 0.003 0.002 0.004 0.007 0.004 0.006 0.003 0.016 0.012 0.013 0.032 0.024 0.023 0.037 66 H 0.044 0.176 0.248 0.140 0.011 0.026 0.125 0.056 0.004 0.002 0.005 0.008 0.005 0.006 0.004 0.018 0.011 0.015 0.034 0.015 0.022 0.029 67 H 0.052 0.177 0.216 0.157 0.019 0.033 0.144 0.029 0.004 0.002 0.004 0.009 0.004 0.008 0.004 0.015 0.008 0.007 0.046 0.013 0.021 0.025 68 H 0.029 0.253 0.158 0.226 0.023 0.045 0.070 0.029 0.005 0.003 0.004 0.009 0.005 0.007 0.004 0.015 0.009 0.010 0.047 0.012 0.019 0.016