# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.945 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.027 0.007 0.002 0.003 2 D 0.001 0.002 0.967 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 3 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.021 0.933 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.045 0.880 0.001 0.001 0.001 0.007 0.058 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.071 0.892 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 6 L 0.001 0.002 0.040 0.001 0.034 0.895 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.002 0.006 7 E 0.004 0.001 0.021 0.003 0.039 0.875 0.001 0.001 0.010 0.011 0.017 0.006 0.011 8 I 0.005 0.001 0.011 0.001 0.036 0.868 0.002 0.002 0.006 0.015 0.039 0.002 0.012 9 L 0.013 0.005 0.026 0.001 0.017 0.795 0.007 0.008 0.015 0.014 0.076 0.007 0.015 10 V 0.010 0.027 0.106 0.002 0.009 0.607 0.010 0.006 0.020 0.050 0.121 0.015 0.018 11 C 0.001 0.008 0.549 0.001 0.004 0.140 0.001 0.001 0.009 0.223 0.035 0.012 0.016 12 P 0.001 0.003 0.252 0.001 0.051 0.117 0.001 0.001 0.001 0.095 0.465 0.002 0.010 13 L 0.002 0.007 0.124 0.001 0.069 0.052 0.001 0.001 0.002 0.166 0.559 0.006 0.012 14 C 0.003 0.020 0.246 0.005 0.070 0.040 0.001 0.001 0.004 0.222 0.346 0.023 0.021 15 K 0.002 0.015 0.404 0.003 0.025 0.018 0.001 0.001 0.001 0.308 0.179 0.007 0.037 16 G 0.002 0.013 0.387 0.006 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.437 0.057 0.061 0.017 17 P 0.003 0.020 0.581 0.010 0.017 0.012 0.001 0.001 0.002 0.096 0.069 0.007 0.182 18 L 0.038 0.019 0.506 0.065 0.021 0.014 0.005 0.001 0.006 0.069 0.066 0.054 0.139 19 V 0.122 0.016 0.071 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.004 0.009 0.005 0.679 0.081 20 F 0.130 0.011 0.068 0.004 0.002 0.004 0.006 0.001 0.003 0.010 0.003 0.018 0.741 21 D 0.117 0.004 0.184 0.047 0.005 0.008 0.004 0.001 0.003 0.021 0.011 0.509 0.088 22 K 0.111 0.006 0.061 0.005 0.032 0.024 0.007 0.001 0.001 0.072 0.140 0.030 0.511 23 S 0.080 0.007 0.081 0.011 0.035 0.021 0.005 0.001 0.001 0.063 0.156 0.466 0.074 24 K 0.009 0.003 0.122 0.059 0.035 0.015 0.001 0.001 0.001 0.126 0.554 0.025 0.049 25 D 0.015 0.001 0.147 0.021 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.213 0.523 0.022 0.033 26 E 0.208 0.014 0.181 0.009 0.005 0.006 0.015 0.001 0.004 0.049 0.025 0.119 0.364 27 L 0.320 0.023 0.049 0.001 0.002 0.003 0.028 0.001 0.005 0.011 0.004 0.232 0.321 28 I 0.302 0.023 0.119 0.011 0.002 0.004 0.033 0.001 0.005 0.018 0.004 0.196 0.282 29 C 0.039 0.016 0.492 0.006 0.002 0.007 0.004 0.001 0.004 0.051 0.007 0.108 0.264 30 K 0.005 0.002 0.086 0.007 0.086 0.126 0.001 0.001 0.001 0.110 0.547 0.014 0.017 31 G 0.005 0.002 0.055 0.003 0.103 0.050 0.001 0.001 0.001 0.100 0.656 0.009 0.016 32 D 0.013 0.010 0.190 0.023 0.211 0.070 0.001 0.001 0.001 0.180 0.237 0.028 0.037 33 R 0.027 0.019 0.257 0.015 0.138 0.054 0.003 0.001 0.005 0.122 0.217 0.032 0.111 34 L 0.071 0.023 0.204 0.017 0.081 0.063 0.012 0.003 0.017 0.090 0.121 0.106 0.192 35 A 0.114 0.036 0.172 0.036 0.031 0.042 0.018 0.003 0.024 0.081 0.058 0.043 0.342 36 F 0.046 0.011 0.187 0.017 0.008 0.030 0.007 0.001 0.025 0.154 0.013 0.443 0.058 37 P 0.024 0.031 0.368 0.005 0.009 0.035 0.004 0.002 0.029 0.029 0.023 0.020 0.422 38 I 0.062 0.023 0.255 0.010 0.078 0.220 0.010 0.010 0.031 0.038 0.115 0.051 0.097 39 K 0.080 0.014 0.105 0.009 0.106 0.217 0.012 0.010 0.022 0.071 0.180 0.098 0.075 40 D 0.009 0.005 0.088 0.028 0.066 0.089 0.003 0.004 0.008 0.125 0.536 0.016 0.024 41 G 0.006 0.008 0.193 0.021 0.027 0.029 0.001 0.001 0.006 0.225 0.448 0.010 0.025 42 I 0.007 0.037 0.526 0.006 0.011 0.033 0.004 0.001 0.029 0.177 0.026 0.080 0.064 43 P 0.015 0.074 0.327 0.018 0.049 0.052 0.008 0.002 0.065 0.074 0.052 0.032 0.231 44 M 0.033 0.041 0.317 0.058 0.082 0.072 0.017 0.008 0.046 0.070 0.087 0.073 0.096 45 M 0.031 0.075 0.273 0.006 0.057 0.063 0.019 0.006 0.039 0.155 0.099 0.062 0.114 46 L 0.004 0.029 0.563 0.004 0.013 0.035 0.001 0.001 0.019 0.204 0.014 0.028 0.085 47 E 0.002 0.006 0.064 0.004 0.137 0.590 0.001 0.001 0.001 0.065 0.112 0.004 0.014 48 S 0.001 0.001 0.025 0.002 0.229 0.584 0.001 0.001 0.001 0.024 0.127 0.002 0.004 49 E 0.002 0.004 0.049 0.003 0.213 0.580 0.001 0.001 0.002 0.029 0.107 0.004 0.007 50 A 0.002 0.017 0.160 0.003 0.129 0.525 0.001 0.001 0.003 0.041 0.089 0.003 0.027 51 R 0.005 0.011 0.215 0.004 0.074 0.384 0.001 0.001 0.010 0.138 0.088 0.051 0.018 52 E 0.003 0.028 0.370 0.003 0.028 0.264 0.001 0.001 0.010 0.086 0.116 0.007 0.083 53 L 0.001 0.032 0.643 0.001 0.006 0.100 0.001 0.001 0.003 0.145 0.041 0.014 0.015 54 A 0.001 0.011 0.894 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.056 0.007 0.001 0.006 55 P 0.001 0.002 0.096 0.001 0.102 0.578 0.001 0.001 0.001 0.036 0.183 0.001 0.002 56 E 0.001 0.001 0.041 0.001 0.164 0.581 0.001 0.001 0.001 0.029 0.178 0.002 0.001 57 E 0.001 0.001 0.074 0.002 0.185 0.626 0.001 0.001 0.001 0.048 0.054 0.003 0.004 58 E 0.002 0.008 0.143 0.003 0.042 0.691 0.001 0.001 0.011 0.028 0.035 0.004 0.032 59 V 0.008 0.012 0.168 0.008 0.019 0.571 0.004 0.002 0.028 0.050 0.043 0.057 0.029 60 K 0.013 0.016 0.221 0.002 0.020 0.494 0.004 0.002 0.029 0.041 0.037 0.019 0.103 61 L 0.016 0.017 0.253 0.008 0.033 0.447 0.005 0.001 0.019 0.049 0.044 0.042 0.065 62 E 0.008 0.016 0.313 0.008 0.059 0.349 0.002 0.001 0.009 0.061 0.090 0.041 0.044 63 H 0.009 0.007 0.214 0.004 0.099 0.270 0.002 0.001 0.007 0.094 0.207 0.029 0.057 64 H 0.012 0.009 0.232 0.003 0.085 0.209 0.002 0.001 0.003 0.130 0.242 0.027 0.044 65 H 0.008 0.015 0.396 0.003 0.045 0.121 0.002 0.001 0.004 0.194 0.150 0.020 0.042 66 H 0.003 0.013 0.460 0.001 0.023 0.081 0.001 0.001 0.003 0.187 0.171 0.023 0.033 67 H 0.001 0.010 0.773 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.002 0.078 0.069 0.006 0.021 68 H 0.001 0.002 0.976 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.003