# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.027 0.068 0.725 2 D 0.035 0.821 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.006 0.059 3 A 0.020 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.005 0.056 4 K 0.009 0.823 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.014 0.109 5 F 0.052 0.722 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.077 0.018 0.100 6 L 0.114 0.527 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.114 0.028 0.148 7 E 0.240 0.256 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.049 0.053 0.381 8 I 0.211 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.061 0.111 0.541 9 L 0.006 0.069 0.012 0.004 0.002 0.002 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.053 0.229 0.557 10 V 0.043 0.047 0.003 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.037 0.111 0.695 11 C 0.189 0.038 0.039 0.001 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.160 0.079 0.444 12 P 0.124 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.046 0.133 0.609 13 L 0.089 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.031 0.109 0.686 14 C 0.007 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.049 0.137 0.710 15 K 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.022 0.104 0.807 16 G 0.051 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.014 0.088 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.127 0.062 0.103 0.461 17 P 0.037 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.041 0.102 0.609 18 L 0.014 0.026 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.004 0.001 0.002 0.002 0.030 0.014 0.039 0.002 0.222 0.027 0.069 0.526 19 V 0.006 0.004 0.001 0.001 0.008 0.028 0.753 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.053 0.022 0.010 0.068 20 F 0.007 0.008 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.028 0.045 0.727 21 D 0.181 0.032 0.022 0.002 0.126 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.227 0.030 0.338 22 K 0.067 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.009 0.062 0.804 23 S 0.093 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.015 0.064 0.772 24 K 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.054 0.148 0.710 25 D 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.435 0.059 0.072 0.368 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.885 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.035 0.009 0.004 0.033 27 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.044 0.081 0.689 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.063 0.010 0.015 0.069 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.736 0.001 0.148 0.003 0.007 0.068 29 C 0.315 0.126 0.065 0.002 0.013 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.030 0.027 0.189 0.022 0.190 30 K 0.174 0.038 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.031 0.066 0.632 31 G 0.039 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.014 0.064 0.828 32 D 0.097 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.069 0.091 0.576 33 R 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.178 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.047 0.069 0.521 34 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.748 0.001 0.029 0.001 0.004 0.001 0.070 0.013 0.017 0.100 35 A 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.003 0.033 0.001 0.003 0.114 0.024 0.111 0.650 36 F 0.008 0.011 0.001 0.008 0.001 0.087 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.020 0.008 0.401 0.007 0.139 0.039 0.051 0.207 37 P 0.076 0.036 0.032 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.258 0.071 0.448 38 I 0.267 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.053 0.081 0.510 39 K 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.035 0.109 0.650 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.012 0.119 0.803 41 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.018 0.130 0.802 42 I 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.195 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.091 0.053 0.107 0.423 43 P 0.142 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.059 0.105 0.536 44 M 0.050 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.047 0.007 0.001 0.161 0.100 0.105 0.496 45 M 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.227 0.071 0.128 0.521 46 L 0.128 0.259 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.076 0.065 0.080 0.386 47 E 0.147 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.069 0.049 0.270 48 S 0.162 0.329 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.095 0.060 0.335 49 E 0.234 0.243 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.051 0.059 0.390 50 A 0.203 0.188 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.100 0.058 0.435 51 R 0.174 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.026 0.081 0.693 52 E 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.063 0.889 53 L 0.022 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.088 0.794 54 A 0.294 0.324 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.080 0.036 0.258 55 P 0.079 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.030 0.413 56 E 0.029 0.485 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.032 0.411 57 E 0.033 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.036 0.027 0.247 58 E 0.034 0.474 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.043 0.035 0.387 59 V 0.032 0.401 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.061 0.079 0.051 0.359 60 K 0.070 0.289 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.117 0.057 0.407 61 L 0.125 0.222 0.011 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.103 0.067 0.430 62 E 0.133 0.142 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.083 0.061 0.536 63 H 0.093 0.046 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.071 0.066 0.694 64 H 0.074 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.043 0.066 0.776 65 H 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.064 0.840 66 H 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.071 0.887 67 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.078 0.890 68 H 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.018 0.103 0.844