# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.387 0.212 0.081 0.105 0.064 0.050 0.044 0.021 0.017 0.011 0.008 2 D 0.171 0.249 0.066 0.173 0.130 0.088 0.070 0.026 0.015 0.007 0.003 3 A 0.484 0.185 0.074 0.107 0.067 0.044 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 4 K 0.187 0.176 0.130 0.245 0.136 0.072 0.039 0.009 0.004 0.001 0.001 5 F 0.014 0.020 0.043 0.060 0.042 0.054 0.165 0.172 0.199 0.143 0.087 6 L 0.008 0.019 0.043 0.102 0.118 0.164 0.218 0.131 0.108 0.061 0.026 7 E 0.033 0.096 0.353 0.238 0.128 0.074 0.044 0.016 0.010 0.005 0.002 8 I 0.004 0.012 0.039 0.057 0.067 0.105 0.261 0.186 0.152 0.086 0.032 9 L 0.008 0.009 0.018 0.016 0.012 0.020 0.080 0.128 0.234 0.253 0.221 10 V 0.006 0.025 0.040 0.064 0.087 0.122 0.207 0.136 0.142 0.107 0.063 11 C 0.008 0.037 0.072 0.103 0.096 0.111 0.174 0.140 0.137 0.081 0.041 12 P 0.068 0.057 0.039 0.099 0.105 0.130 0.192 0.117 0.096 0.061 0.036 13 L 0.059 0.061 0.031 0.112 0.133 0.137 0.170 0.109 0.090 0.063 0.034 14 C 0.030 0.038 0.020 0.074 0.084 0.093 0.138 0.128 0.159 0.128 0.108 15 K 0.134 0.155 0.071 0.233 0.162 0.106 0.072 0.030 0.020 0.010 0.006 16 G 0.093 0.078 0.031 0.128 0.141 0.160 0.182 0.093 0.057 0.027 0.010 17 P 0.203 0.225 0.096 0.243 0.124 0.056 0.030 0.010 0.007 0.003 0.002 18 L 0.009 0.006 0.004 0.011 0.016 0.031 0.100 0.136 0.234 0.241 0.211 19 V 0.043 0.226 0.116 0.348 0.158 0.060 0.031 0.009 0.005 0.002 0.001 20 F 0.014 0.018 0.011 0.036 0.051 0.076 0.165 0.170 0.208 0.156 0.096 21 D 0.087 0.186 0.095 0.269 0.164 0.097 0.061 0.021 0.013 0.005 0.003 22 K 0.259 0.169 0.070 0.166 0.118 0.087 0.074 0.028 0.017 0.008 0.003 23 S 0.442 0.200 0.064 0.119 0.065 0.042 0.033 0.014 0.010 0.006 0.004 24 K 0.203 0.219 0.094 0.232 0.128 0.064 0.038 0.012 0.006 0.003 0.001 25 D 0.251 0.161 0.071 0.161 0.119 0.095 0.077 0.031 0.020 0.010 0.005 26 E 0.012 0.065 0.065 0.288 0.242 0.163 0.104 0.034 0.017 0.007 0.003 27 L 0.005 0.005 0.007 0.014 0.021 0.038 0.113 0.163 0.238 0.228 0.168 28 I 0.012 0.047 0.060 0.220 0.226 0.173 0.140 0.059 0.037 0.017 0.009 29 C 0.007 0.014 0.015 0.027 0.036 0.057 0.149 0.172 0.227 0.184 0.112 30 K 0.249 0.167 0.089 0.258 0.122 0.059 0.035 0.011 0.006 0.003 0.001 31 G 0.286 0.162 0.063 0.128 0.097 0.083 0.084 0.044 0.031 0.016 0.008 32 D 0.090 0.082 0.044 0.120 0.100 0.100 0.125 0.092 0.103 0.081 0.064 33 R 0.069 0.135 0.081 0.238 0.180 0.131 0.092 0.035 0.022 0.011 0.006 34 L 0.040 0.051 0.047 0.099 0.106 0.123 0.169 0.124 0.114 0.079 0.047 35 A 0.075 0.074 0.054 0.151 0.142 0.129 0.138 0.082 0.070 0.047 0.038 36 F 0.018 0.018 0.014 0.041 0.052 0.079 0.177 0.159 0.185 0.151 0.107 37 P 0.088 0.155 0.087 0.248 0.172 0.098 0.070 0.032 0.025 0.015 0.010 38 I 0.009 0.008 0.005 0.013 0.015 0.022 0.062 0.099 0.199 0.248 0.320 39 K 0.192 0.176 0.106 0.212 0.133 0.080 0.054 0.020 0.014 0.007 0.006 40 D 0.107 0.128 0.071 0.176 0.136 0.118 0.131 0.064 0.040 0.020 0.009 41 G 0.176 0.114 0.066 0.146 0.117 0.100 0.099 0.058 0.054 0.039 0.030 42 I 0.020 0.033 0.016 0.050 0.055 0.071 0.144 0.130 0.172 0.155 0.154 43 P 0.030 0.037 0.027 0.071 0.075 0.098 0.182 0.134 0.146 0.111 0.089 44 M 0.045 0.054 0.045 0.095 0.098 0.105 0.172 0.121 0.113 0.084 0.068 45 M 0.035 0.046 0.044 0.092 0.093 0.096 0.147 0.115 0.131 0.112 0.088 46 L 0.013 0.049 0.031 0.061 0.058 0.070 0.138 0.125 0.168 0.157 0.130 47 E 0.147 0.171 0.107 0.222 0.169 0.094 0.056 0.018 0.010 0.004 0.002 48 S 0.514 0.147 0.126 0.118 0.049 0.023 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 49 E 0.163 0.089 0.123 0.155 0.115 0.112 0.125 0.055 0.037 0.018 0.010 50 A 0.014 0.011 0.024 0.027 0.036 0.085 0.204 0.165 0.184 0.141 0.109 51 R 0.027 0.067 0.249 0.188 0.167 0.130 0.106 0.033 0.019 0.009 0.003 52 E 0.201 0.133 0.447 0.131 0.049 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 53 L 0.014 0.014 0.017 0.031 0.049 0.088 0.210 0.159 0.163 0.145 0.111 54 A 0.122 0.394 0.099 0.113 0.066 0.056 0.059 0.034 0.030 0.017 0.009 55 P 0.523 0.163 0.107 0.100 0.054 0.028 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 56 E 0.681 0.152 0.069 0.053 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 57 E 0.136 0.138 0.103 0.183 0.123 0.113 0.104 0.049 0.031 0.014 0.006 58 E 0.199 0.130 0.103 0.182 0.129 0.107 0.087 0.034 0.019 0.008 0.003 59 V 0.081 0.089 0.327 0.110 0.093 0.102 0.104 0.046 0.030 0.013 0.005 60 K 0.065 0.154 0.347 0.231 0.101 0.054 0.030 0.008 0.005 0.002 0.001 61 L 0.084 0.064 0.081 0.092 0.083 0.106 0.162 0.108 0.109 0.074 0.038 62 E 0.229 0.162 0.163 0.161 0.111 0.073 0.060 0.021 0.013 0.005 0.002 63 H 0.201 0.156 0.176 0.151 0.099 0.076 0.069 0.032 0.024 0.012 0.005 64 H 0.182 0.125 0.099 0.136 0.114 0.107 0.108 0.054 0.041 0.023 0.011 65 H 0.184 0.160 0.118 0.132 0.105 0.093 0.091 0.050 0.038 0.020 0.009 66 H 0.293 0.164 0.112 0.129 0.089 0.069 0.065 0.033 0.026 0.014 0.006 67 H 0.365 0.164 0.071 0.116 0.085 0.066 0.058 0.031 0.025 0.014 0.007 68 H 0.417 0.166 0.051 0.099 0.068 0.054 0.054 0.034 0.030 0.018 0.009