# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.172 0.039 0.022 0.010 0.005 0.007 0.056 0.005 0.001 0.003 0.681 2 D 0.096 0.013 0.010 0.008 0.003 0.005 0.129 0.005 0.001 0.004 0.728 3 A 0.043 0.009 0.011 0.008 0.002 0.002 0.051 0.001 0.001 0.004 0.870 4 K 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.396 0.001 0.001 0.001 0.579 5 F 0.084 0.135 0.001 0.013 0.004 0.006 0.175 0.002 0.001 0.006 0.572 6 L 0.036 0.660 0.001 0.016 0.008 0.028 0.073 0.002 0.001 0.006 0.170 7 E 0.053 0.637 0.001 0.012 0.008 0.081 0.091 0.015 0.001 0.006 0.096 8 I 0.149 0.751 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 0.067 9 L 0.065 0.859 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 0.024 10 V 0.130 0.551 0.021 0.011 0.015 0.028 0.005 0.110 0.001 0.001 0.127 11 C 0.140 0.141 0.086 0.061 0.061 0.110 0.048 0.044 0.001 0.001 0.309 12 P 0.003 0.002 0.005 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.973 13 L 0.016 0.002 0.003 0.078 0.025 0.060 0.173 0.001 0.001 0.003 0.640 14 C 0.198 0.007 0.005 0.050 0.012 0.033 0.085 0.001 0.001 0.011 0.597 15 K 0.090 0.018 0.002 0.070 0.016 0.037 0.062 0.002 0.001 0.005 0.699 16 G 0.111 0.006 0.003 0.057 0.028 0.048 0.103 0.001 0.001 0.006 0.638 17 P 0.012 0.002 0.001 0.014 0.006 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.945 18 L 0.026 0.010 0.002 0.039 0.085 0.164 0.098 0.001 0.001 0.003 0.574 19 V 0.123 0.024 0.002 0.038 0.119 0.193 0.061 0.002 0.001 0.006 0.432 20 F 0.097 0.066 0.002 0.053 0.148 0.199 0.051 0.003 0.001 0.003 0.376 21 D 0.099 0.039 0.004 0.037 0.145 0.216 0.108 0.004 0.001 0.006 0.342 22 K 0.047 0.023 0.005 0.033 0.054 0.076 0.106 0.003 0.001 0.007 0.646 23 S 0.051 0.016 0.004 0.019 0.044 0.056 0.364 0.004 0.001 0.021 0.421 24 K 0.228 0.017 0.012 0.016 0.016 0.021 0.220 0.003 0.001 0.052 0.414 25 D 0.148 0.034 0.012 0.031 0.029 0.031 0.297 0.003 0.001 0.030 0.384 26 E 0.146 0.028 0.015 0.037 0.059 0.072 0.267 0.002 0.001 0.025 0.349 27 L 0.061 0.038 0.007 0.065 0.155 0.219 0.131 0.002 0.001 0.006 0.317 28 I 0.022 0.025 0.003 0.067 0.220 0.392 0.062 0.001 0.001 0.003 0.204 29 C 0.024 0.021 0.002 0.037 0.189 0.351 0.065 0.001 0.001 0.003 0.306 30 K 0.012 0.008 0.001 0.029 0.108 0.149 0.035 0.001 0.001 0.002 0.655 31 G 0.016 0.006 0.001 0.022 0.059 0.108 0.193 0.001 0.001 0.009 0.585 32 D 0.156 0.011 0.003 0.036 0.034 0.047 0.236 0.002 0.001 0.027 0.447 33 R 0.230 0.038 0.008 0.052 0.041 0.060 0.183 0.004 0.001 0.031 0.352 34 L 0.170 0.041 0.011 0.072 0.103 0.130 0.162 0.003 0.001 0.018 0.290 35 A 0.074 0.034 0.016 0.081 0.077 0.186 0.092 0.003 0.001 0.009 0.428 36 F 0.024 0.008 0.004 0.072 0.355 0.311 0.043 0.001 0.001 0.001 0.180 37 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.950 38 I 0.003 0.001 0.001 0.098 0.214 0.422 0.080 0.001 0.001 0.002 0.179 39 K 0.083 0.008 0.001 0.051 0.059 0.130 0.164 0.001 0.001 0.012 0.491 40 D 0.092 0.025 0.001 0.029 0.022 0.044 0.204 0.003 0.001 0.012 0.569 41 G 0.459 0.011 0.006 0.041 0.017 0.026 0.151 0.005 0.001 0.066 0.218 42 I 0.343 0.011 0.057 0.045 0.026 0.021 0.219 0.001 0.001 0.020 0.257 43 P 0.002 0.001 0.006 0.009 0.008 0.015 0.026 0.001 0.001 0.001 0.934 44 M 0.019 0.003 0.001 0.095 0.118 0.265 0.099 0.001 0.001 0.003 0.396 45 M 0.113 0.014 0.002 0.099 0.083 0.139 0.074 0.001 0.001 0.006 0.471 46 L 0.029 0.022 0.001 0.090 0.148 0.285 0.099 0.001 0.001 0.002 0.322 47 E 0.011 0.008 0.001 0.083 0.030 0.091 0.058 0.001 0.001 0.002 0.716 48 S 0.015 0.022 0.001 0.062 0.017 0.042 0.204 0.001 0.001 0.004 0.633 49 E 0.082 0.046 0.001 0.017 0.017 0.021 0.299 0.003 0.001 0.014 0.499 50 A 0.170 0.307 0.005 0.030 0.024 0.035 0.152 0.004 0.001 0.009 0.263 51 R 0.150 0.351 0.004 0.017 0.017 0.037 0.101 0.008 0.001 0.008 0.309 52 E 0.253 0.335 0.007 0.004 0.004 0.009 0.019 0.008 0.001 0.002 0.358 53 L 0.311 0.346 0.010 0.010 0.010 0.014 0.013 0.026 0.001 0.001 0.259 54 A 0.207 0.112 0.020 0.009 0.013 0.015 0.067 0.016 0.001 0.002 0.539 55 P 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 56 E 0.011 0.006 0.001 0.010 0.004 0.015 0.251 0.001 0.001 0.002 0.698 57 E 0.464 0.029 0.001 0.005 0.002 0.004 0.100 0.001 0.001 0.009 0.384 58 E 0.177 0.433 0.001 0.013 0.006 0.007 0.042 0.003 0.001 0.002 0.315 59 V 0.165 0.396 0.004 0.016 0.013 0.022 0.053 0.003 0.001 0.005 0.322 60 K 0.160 0.386 0.003 0.014 0.015 0.026 0.048 0.008 0.001 0.003 0.337 61 L 0.137 0.425 0.012 0.012 0.019 0.033 0.024 0.011 0.001 0.002 0.326 62 E 0.087 0.331 0.009 0.016 0.029 0.035 0.051 0.014 0.001 0.003 0.425 63 H 0.129 0.194 0.008 0.013 0.022 0.034 0.084 0.013 0.001 0.006 0.497 64 H 0.205 0.216 0.013 0.020 0.023 0.033 0.084 0.017 0.001 0.006 0.384 65 H 0.207 0.198 0.013 0.019 0.020 0.029 0.097 0.011 0.001 0.008 0.398 66 H 0.140 0.133 0.016 0.019 0.024 0.039 0.093 0.009 0.001 0.006 0.520 67 H 0.112 0.062 0.011 0.016 0.020 0.030 0.067 0.006 0.001 0.005 0.672 68 H 0.099 0.036 0.009 0.014 0.016 0.023 0.078 0.004 0.001 0.005 0.715