# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 D 0.004 0.006 0.001 0.017 0.002 0.004 0.966 3 A 0.001 0.001 0.045 0.728 0.040 0.143 0.041 4 K 0.001 0.001 0.039 0.765 0.017 0.142 0.036 5 F 0.001 0.001 0.040 0.866 0.010 0.051 0.030 6 L 0.002 0.001 0.019 0.913 0.015 0.018 0.032 7 E 0.006 0.001 0.034 0.899 0.024 0.019 0.017 8 I 0.014 0.002 0.057 0.865 0.008 0.045 0.008 9 L 0.088 0.021 0.040 0.664 0.020 0.136 0.032 10 V 0.177 0.032 0.023 0.400 0.049 0.204 0.114 11 C 0.133 0.010 0.010 0.051 0.195 0.034 0.567 12 P 0.085 0.015 0.076 0.081 0.123 0.248 0.372 13 L 0.057 0.017 0.102 0.031 0.208 0.322 0.263 14 C 0.080 0.028 0.062 0.010 0.245 0.219 0.356 15 K 0.048 0.007 0.027 0.008 0.444 0.139 0.326 16 G 0.107 0.007 0.014 0.013 0.503 0.069 0.287 17 P 0.313 0.012 0.021 0.027 0.111 0.092 0.426 18 L 0.714 0.017 0.008 0.019 0.028 0.015 0.200 19 V 0.880 0.010 0.002 0.014 0.009 0.005 0.080 20 F 0.885 0.018 0.002 0.009 0.015 0.005 0.066 21 D 0.572 0.013 0.007 0.015 0.046 0.015 0.333 22 K 0.105 0.003 0.131 0.116 0.096 0.494 0.056 23 S 0.080 0.008 0.134 0.051 0.073 0.589 0.064 24 K 0.061 0.010 0.195 0.032 0.120 0.481 0.101 25 D 0.121 0.006 0.072 0.026 0.247 0.390 0.138 26 E 0.583 0.024 0.045 0.035 0.119 0.066 0.128 27 L 0.736 0.043 0.018 0.030 0.046 0.026 0.102 28 I 0.700 0.051 0.010 0.029 0.048 0.025 0.137 29 C 0.382 0.021 0.011 0.012 0.070 0.022 0.482 30 K 0.036 0.004 0.109 0.050 0.097 0.623 0.081 31 G 0.013 0.003 0.132 0.025 0.091 0.675 0.060 32 D 0.034 0.010 0.236 0.026 0.152 0.388 0.154 33 R 0.069 0.018 0.175 0.028 0.120 0.464 0.127 34 L 0.304 0.038 0.080 0.018 0.126 0.140 0.294 35 A 0.482 0.065 0.052 0.019 0.102 0.066 0.215 36 F 0.478 0.016 0.009 0.014 0.203 0.011 0.270 37 P 0.399 0.033 0.009 0.008 0.041 0.019 0.491 38 I 0.196 0.034 0.032 0.025 0.079 0.085 0.548 39 K 0.162 0.021 0.042 0.032 0.143 0.156 0.444 40 D 0.028 0.004 0.045 0.042 0.191 0.623 0.067 41 G 0.035 0.003 0.027 0.030 0.175 0.615 0.115 42 I 0.186 0.019 0.013 0.030 0.109 0.014 0.628 43 P 0.505 0.081 0.014 0.027 0.028 0.012 0.332 44 M 0.567 0.033 0.036 0.051 0.058 0.039 0.215 45 M 0.434 0.050 0.042 0.039 0.065 0.038 0.333 46 L 0.233 0.022 0.056 0.049 0.062 0.031 0.547 47 E 0.083 0.007 0.231 0.196 0.065 0.111 0.307 48 S 0.044 0.003 0.332 0.360 0.071 0.122 0.068 49 E 0.032 0.007 0.350 0.376 0.027 0.145 0.062 50 A 0.050 0.017 0.268 0.372 0.042 0.130 0.121 51 R 0.084 0.015 0.148 0.373 0.080 0.144 0.157 52 E 0.088 0.018 0.083 0.314 0.091 0.165 0.240 53 L 0.037 0.018 0.012 0.136 0.175 0.046 0.577 54 A 0.006 0.003 0.001 0.010 0.043 0.004 0.933 55 P 0.003 0.002 0.063 0.492 0.059 0.264 0.117 56 E 0.006 0.002 0.098 0.470 0.076 0.292 0.057 57 E 0.025 0.005 0.102 0.560 0.075 0.073 0.160 58 E 0.064 0.017 0.029 0.623 0.032 0.040 0.196 59 V 0.121 0.022 0.027 0.570 0.059 0.042 0.160 60 K 0.107 0.014 0.031 0.517 0.043 0.079 0.210 61 L 0.070 0.011 0.048 0.455 0.056 0.077 0.282 62 E 0.067 0.009 0.078 0.326 0.074 0.102 0.344 63 H 0.046 0.006 0.122 0.285 0.087 0.195 0.258 64 H 0.036 0.009 0.086 0.248 0.116 0.184 0.323 65 H 0.032 0.013 0.077 0.171 0.193 0.158 0.355 66 H 0.033 0.013 0.045 0.095 0.191 0.248 0.375 67 H 0.017 0.008 0.012 0.021 0.029 0.072 0.840 68 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994