# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.317 0.189 0.027 0.131 0.023 0.031 0.052 0.045 0.104 0.036 2 D 0.104 0.348 0.127 0.003 0.365 0.001 0.001 0.009 0.004 0.010 0.027 3 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.487 0.490 0.009 0.001 4 K 0.001 0.006 0.006 0.001 0.003 0.002 0.024 0.697 0.165 0.091 0.002 5 F 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.758 0.165 0.063 0.001 6 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.843 0.142 0.003 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.882 0.084 0.003 0.001 8 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.025 0.776 0.131 0.049 0.001 9 L 0.034 0.010 0.001 0.001 0.039 0.003 0.032 0.693 0.101 0.067 0.018 10 V 0.033 0.070 0.018 0.006 0.087 0.007 0.046 0.183 0.084 0.423 0.042 11 C 0.050 0.392 0.105 0.005 0.327 0.003 0.012 0.042 0.017 0.028 0.020 12 P 0.049 0.190 0.098 0.008 0.096 0.010 0.049 0.276 0.180 0.028 0.018 13 L 0.049 0.050 0.026 0.016 0.060 0.054 0.255 0.258 0.123 0.080 0.029 14 C 0.063 0.309 0.123 0.065 0.206 0.036 0.051 0.040 0.019 0.053 0.035 15 K 0.026 0.026 0.052 0.103 0.017 0.066 0.066 0.073 0.105 0.387 0.078 16 G 0.005 0.159 0.489 0.203 0.025 0.035 0.017 0.035 0.015 0.012 0.003 17 P 0.131 0.233 0.067 0.011 0.289 0.009 0.024 0.086 0.064 0.048 0.038 18 L 0.274 0.125 0.019 0.003 0.438 0.005 0.008 0.020 0.017 0.022 0.069 19 V 0.172 0.178 0.039 0.003 0.508 0.003 0.008 0.029 0.012 0.024 0.025 20 F 0.178 0.241 0.067 0.015 0.330 0.015 0.015 0.032 0.014 0.034 0.059 21 D 0.153 0.195 0.066 0.005 0.508 0.002 0.005 0.013 0.007 0.018 0.027 22 K 0.038 0.049 0.042 0.010 0.031 0.009 0.027 0.353 0.335 0.074 0.033 23 S 0.015 0.073 0.072 0.039 0.030 0.044 0.128 0.308 0.172 0.104 0.015 24 K 0.022 0.507 0.104 0.053 0.131 0.021 0.026 0.054 0.036 0.032 0.014 25 D 0.040 0.011 0.006 0.008 0.021 0.011 0.019 0.087 0.144 0.501 0.152 26 E 0.049 0.366 0.141 0.008 0.263 0.005 0.016 0.071 0.044 0.027 0.010 27 L 0.346 0.115 0.019 0.002 0.390 0.002 0.004 0.019 0.010 0.021 0.072 28 I 0.160 0.186 0.095 0.032 0.269 0.024 0.029 0.021 0.017 0.059 0.108 29 C 0.085 0.318 0.255 0.022 0.263 0.002 0.001 0.007 0.004 0.015 0.027 30 K 0.012 0.039 0.060 0.035 0.017 0.062 0.134 0.403 0.207 0.025 0.007 31 G 0.019 0.030 0.036 0.034 0.018 0.029 0.097 0.276 0.155 0.258 0.049 32 D 0.051 0.231 0.049 0.028 0.161 0.024 0.041 0.122 0.100 0.159 0.035 33 R 0.081 0.055 0.025 0.013 0.075 0.032 0.048 0.185 0.176 0.218 0.092 34 L 0.104 0.154 0.039 0.010 0.270 0.008 0.024 0.140 0.100 0.098 0.052 35 A 0.138 0.105 0.041 0.013 0.230 0.014 0.036 0.077 0.099 0.198 0.051 36 F 0.052 0.426 0.237 0.008 0.217 0.002 0.005 0.029 0.009 0.004 0.012 37 P 0.114 0.375 0.073 0.005 0.308 0.004 0.014 0.049 0.018 0.012 0.028 38 I 0.245 0.097 0.043 0.027 0.207 0.037 0.045 0.107 0.055 0.048 0.087 39 K 0.022 0.058 0.088 0.167 0.041 0.213 0.106 0.189 0.071 0.035 0.009 40 D 0.012 0.098 0.135 0.227 0.028 0.068 0.147 0.136 0.057 0.073 0.020 41 G 0.016 0.023 0.059 0.121 0.014 0.022 0.014 0.027 0.045 0.595 0.064 42 I 0.019 0.538 0.200 0.009 0.144 0.004 0.008 0.047 0.021 0.006 0.004 43 P 0.156 0.249 0.040 0.005 0.402 0.006 0.017 0.053 0.021 0.012 0.039 44 M 0.154 0.144 0.046 0.011 0.329 0.017 0.075 0.104 0.052 0.028 0.039 45 M 0.120 0.225 0.101 0.015 0.232 0.011 0.037 0.108 0.049 0.058 0.044 46 L 0.050 0.423 0.214 0.015 0.154 0.004 0.008 0.054 0.027 0.030 0.021 47 E 0.022 0.221 0.093 0.019 0.074 0.022 0.045 0.265 0.187 0.043 0.009 48 S 0.021 0.064 0.043 0.008 0.044 0.011 0.044 0.479 0.230 0.041 0.014 49 E 0.014 0.012 0.008 0.005 0.014 0.008 0.033 0.445 0.251 0.188 0.022 50 A 0.038 0.107 0.034 0.009 0.068 0.010 0.030 0.347 0.219 0.119 0.021 51 R 0.018 0.211 0.091 0.016 0.093 0.019 0.046 0.325 0.132 0.040 0.009 52 E 0.095 0.161 0.059 0.003 0.178 0.005 0.047 0.160 0.097 0.151 0.043 53 L 0.069 0.443 0.160 0.007 0.223 0.003 0.013 0.026 0.012 0.018 0.025 54 A 0.015 0.530 0.311 0.015 0.089 0.003 0.004 0.018 0.005 0.005 0.004 55 P 0.008 0.025 0.010 0.003 0.019 0.007 0.022 0.512 0.362 0.026 0.005 56 E 0.013 0.023 0.014 0.004 0.020 0.006 0.024 0.528 0.234 0.117 0.017 57 E 0.020 0.062 0.015 0.003 0.048 0.003 0.016 0.570 0.157 0.098 0.009 58 E 0.055 0.033 0.009 0.003 0.072 0.005 0.022 0.614 0.111 0.055 0.020 59 V 0.049 0.157 0.029 0.006 0.137 0.010 0.022 0.431 0.091 0.049 0.019 60 K 0.110 0.114 0.035 0.004 0.186 0.005 0.020 0.360 0.057 0.072 0.036 61 L 0.069 0.111 0.043 0.010 0.100 0.007 0.019 0.462 0.104 0.050 0.024 62 E 0.030 0.086 0.037 0.020 0.064 0.023 0.056 0.505 0.131 0.036 0.012 63 H 0.052 0.052 0.020 0.011 0.062 0.017 0.062 0.436 0.175 0.085 0.028 64 H 0.054 0.070 0.029 0.014 0.089 0.020 0.068 0.329 0.167 0.129 0.032 65 H 0.098 0.109 0.039 0.018 0.133 0.024 0.055 0.202 0.126 0.145 0.051 66 H 0.095 0.142 0.061 0.025 0.158 0.021 0.047 0.171 0.107 0.124 0.048 67 H 0.077 0.116 0.058 0.029 0.121 0.032 0.068 0.178 0.125 0.140 0.055 68 H 0.085 0.198 0.109 0.031 0.166 0.019 0.039 0.139 0.077 0.089 0.047