# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29.7212 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.799 0.128 0.044 0.021 0.006 0.001 0.001 2 D 0.728 0.150 0.070 0.032 0.014 0.005 0.001 3 A 0.689 0.187 0.084 0.031 0.008 0.002 0.001 4 K 0.575 0.248 0.112 0.045 0.016 0.004 0.001 5 F 0.339 0.149 0.141 0.160 0.140 0.067 0.004 6 L 0.334 0.142 0.140 0.156 0.136 0.083 0.008 7 E 0.465 0.268 0.153 0.075 0.026 0.011 0.001 8 I 0.508 0.101 0.093 0.128 0.103 0.060 0.008 9 L 0.346 0.125 0.081 0.096 0.145 0.167 0.040 10 V 0.215 0.108 0.112 0.167 0.182 0.177 0.039 11 C 0.166 0.194 0.238 0.229 0.110 0.051 0.012 12 P 0.248 0.173 0.125 0.144 0.140 0.137 0.034 13 L 0.232 0.172 0.173 0.199 0.137 0.073 0.014 14 C 0.134 0.123 0.160 0.219 0.213 0.134 0.017 15 K 0.248 0.309 0.221 0.136 0.060 0.021 0.004 16 G 0.288 0.249 0.156 0.152 0.104 0.045 0.006 17 P 0.170 0.324 0.302 0.150 0.043 0.010 0.001 18 L 0.062 0.058 0.112 0.260 0.338 0.162 0.009 19 V 0.192 0.340 0.263 0.142 0.049 0.014 0.001 20 F 0.133 0.201 0.248 0.270 0.126 0.021 0.001 21 D 0.430 0.378 0.146 0.040 0.005 0.001 0.001 22 K 0.627 0.261 0.080 0.026 0.005 0.001 0.001 23 S 0.811 0.144 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 24 K 0.565 0.286 0.107 0.036 0.006 0.001 0.001 25 D 0.376 0.345 0.191 0.072 0.015 0.002 0.001 26 E 0.110 0.296 0.315 0.204 0.066 0.009 0.001 27 L 0.044 0.077 0.134 0.240 0.313 0.180 0.013 28 I 0.062 0.156 0.248 0.288 0.175 0.066 0.005 29 C 0.077 0.127 0.190 0.276 0.231 0.090 0.008 30 K 0.354 0.331 0.182 0.094 0.030 0.007 0.001 31 G 0.351 0.308 0.174 0.107 0.043 0.015 0.002 32 D 0.127 0.186 0.240 0.252 0.143 0.050 0.004 33 R 0.328 0.329 0.182 0.109 0.040 0.011 0.001 34 L 0.068 0.121 0.189 0.269 0.224 0.117 0.012 35 A 0.095 0.192 0.227 0.227 0.157 0.090 0.012 36 F 0.069 0.101 0.147 0.235 0.247 0.169 0.033 37 P 0.110 0.219 0.245 0.225 0.131 0.060 0.009 38 I 0.064 0.070 0.100 0.216 0.297 0.214 0.040 39 K 0.231 0.311 0.226 0.145 0.059 0.023 0.005 40 D 0.288 0.263 0.197 0.142 0.071 0.033 0.006 41 G 0.181 0.187 0.192 0.196 0.143 0.085 0.016 42 I 0.083 0.090 0.116 0.188 0.247 0.229 0.047 43 P 0.101 0.154 0.165 0.187 0.175 0.163 0.055 44 M 0.121 0.149 0.147 0.176 0.181 0.173 0.053 45 M 0.073 0.097 0.146 0.219 0.227 0.192 0.046 46 L 0.069 0.093 0.158 0.257 0.266 0.146 0.011 47 E 0.184 0.361 0.288 0.128 0.032 0.006 0.001 48 S 0.530 0.330 0.096 0.033 0.009 0.002 0.001 49 E 0.257 0.272 0.220 0.172 0.064 0.015 0.001 50 A 0.085 0.101 0.182 0.328 0.246 0.056 0.001 51 R 0.323 0.325 0.225 0.101 0.022 0.003 0.001 52 E 0.567 0.322 0.085 0.022 0.004 0.001 0.001 53 L 0.191 0.193 0.278 0.231 0.087 0.019 0.001 54 A 0.615 0.223 0.098 0.045 0.015 0.004 0.001 55 P 0.737 0.191 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 56 E 0.836 0.124 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 57 E 0.710 0.206 0.063 0.018 0.003 0.001 0.001 58 E 0.605 0.242 0.110 0.037 0.005 0.001 0.001 59 V 0.544 0.238 0.146 0.060 0.011 0.001 0.001 60 K 0.711 0.216 0.058 0.013 0.002 0.001 0.001 61 L 0.513 0.214 0.156 0.089 0.025 0.003 0.001 62 E 0.760 0.154 0.053 0.024 0.007 0.001 0.001 63 H 0.693 0.188 0.076 0.033 0.009 0.001 0.001 64 H 0.677 0.189 0.085 0.038 0.009 0.001 0.001 65 H 0.733 0.182 0.060 0.020 0.004 0.001 0.001 66 H 0.792 0.144 0.045 0.015 0.003 0.001 0.001 67 H 0.835 0.116 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 68 H 0.824 0.124 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001