# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.023 0.019 0.023 0.002 0.055 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.017 0.205 0.082 0.109 0.382 0.001 2 D 0.001 0.001 0.009 0.009 0.028 0.002 0.022 0.078 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.084 0.038 0.199 0.492 0.001 3 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.006 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.863 0.011 0.008 0.006 0.001 4 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.108 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.003 0.001 0.002 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.033 0.005 0.002 0.003 0.001 6 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.081 0.003 0.001 0.002 0.001 7 E 0.002 0.005 0.002 0.004 0.005 0.013 0.076 0.827 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.029 0.003 0.002 0.003 0.001 8 I 0.010 0.007 0.009 0.010 0.008 0.011 0.122 0.569 0.050 0.004 0.001 0.002 0.004 0.020 0.013 0.004 0.136 0.006 0.004 0.005 0.001 9 L 0.023 0.017 0.038 0.029 0.024 0.022 0.151 0.292 0.030 0.006 0.004 0.005 0.007 0.038 0.038 0.016 0.105 0.053 0.057 0.040 0.004 10 V 0.024 0.027 0.015 0.049 0.069 0.008 0.135 0.041 0.024 0.010 0.004 0.010 0.034 0.081 0.035 0.035 0.143 0.087 0.091 0.072 0.005 11 C 0.010 0.012 0.049 0.052 0.053 0.004 0.034 0.035 0.022 0.005 0.008 0.006 0.007 0.021 0.050 0.021 0.082 0.064 0.208 0.251 0.005 12 P 0.002 0.003 0.018 0.010 0.115 0.005 0.025 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.036 0.421 0.105 0.048 0.139 0.001 13 L 0.004 0.007 0.043 0.041 0.047 0.046 0.252 0.046 0.009 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.061 0.022 0.190 0.056 0.053 0.106 0.001 14 C 0.006 0.006 0.045 0.049 0.075 0.007 0.139 0.012 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.029 0.023 0.151 0.062 0.166 0.210 0.001 15 K 0.004 0.007 0.033 0.045 0.094 0.003 0.079 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.034 0.030 0.146 0.119 0.117 0.263 0.002 16 G 0.007 0.015 0.058 0.061 0.109 0.003 0.038 0.008 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.005 0.055 0.029 0.073 0.033 0.104 0.389 0.002 17 P 0.019 0.040 0.053 0.081 0.217 0.004 0.053 0.026 0.001 0.001 0.007 0.004 0.010 0.007 0.049 0.045 0.118 0.090 0.097 0.073 0.006 18 L 0.085 0.102 0.094 0.072 0.234 0.005 0.052 0.041 0.001 0.001 0.016 0.014 0.037 0.012 0.043 0.036 0.031 0.021 0.053 0.038 0.011 19 V 0.111 0.084 0.193 0.142 0.108 0.002 0.016 0.030 0.001 0.001 0.017 0.018 0.031 0.011 0.064 0.016 0.019 0.019 0.061 0.036 0.023 20 F 0.061 0.070 0.017 0.038 0.590 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.005 0.004 0.020 0.006 0.034 0.045 0.034 0.015 0.019 0.014 0.006 21 D 0.064 0.056 0.140 0.351 0.051 0.001 0.016 0.010 0.002 0.001 0.010 0.012 0.021 0.009 0.077 0.007 0.010 0.013 0.089 0.051 0.010 22 K 0.017 0.008 0.016 0.015 0.491 0.001 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.368 0.013 0.009 0.021 0.001 23 S 0.008 0.012 0.041 0.033 0.063 0.006 0.581 0.033 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 0.009 0.050 0.039 0.020 0.058 0.001 24 K 0.008 0.011 0.053 0.035 0.107 0.002 0.152 0.028 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.039 0.020 0.159 0.134 0.067 0.170 0.002 25 D 0.019 0.033 0.102 0.065 0.151 0.013 0.164 0.084 0.004 0.001 0.004 0.004 0.012 0.008 0.030 0.022 0.086 0.088 0.054 0.054 0.004 26 E 0.088 0.090 0.114 0.080 0.223 0.009 0.060 0.066 0.004 0.001 0.010 0.010 0.021 0.015 0.027 0.030 0.053 0.022 0.042 0.029 0.008 27 L 0.115 0.108 0.093 0.111 0.170 0.003 0.028 0.052 0.002 0.001 0.013 0.018 0.057 0.031 0.058 0.015 0.033 0.016 0.040 0.020 0.017 28 I 0.087 0.115 0.077 0.110 0.136 0.003 0.022 0.034 0.003 0.001 0.021 0.020 0.054 0.053 0.084 0.037 0.042 0.023 0.031 0.029 0.019 29 C 0.064 0.082 0.064 0.132 0.154 0.002 0.018 0.033 0.005 0.001 0.021 0.021 0.053 0.059 0.059 0.039 0.027 0.016 0.074 0.061 0.015 30 K 0.028 0.027 0.090 0.048 0.203 0.003 0.017 0.045 0.007 0.001 0.007 0.004 0.009 0.011 0.080 0.035 0.279 0.031 0.027 0.045 0.003 31 G 0.014 0.027 0.044 0.047 0.097 0.016 0.240 0.083 0.008 0.007 0.002 0.002 0.006 0.010 0.076 0.027 0.147 0.034 0.029 0.081 0.002 32 D 0.009 0.017 0.033 0.048 0.089 0.013 0.255 0.070 0.007 0.005 0.003 0.002 0.004 0.008 0.039 0.030 0.134 0.084 0.051 0.098 0.002 33 R 0.014 0.017 0.060 0.034 0.092 0.017 0.201 0.079 0.009 0.003 0.004 0.003 0.006 0.007 0.033 0.028 0.183 0.090 0.045 0.075 0.002 34 L 0.026 0.031 0.089 0.108 0.080 0.017 0.137 0.062 0.005 0.001 0.006 0.006 0.012 0.011 0.035 0.019 0.138 0.035 0.077 0.100 0.004 35 A 0.028 0.036 0.035 0.035 0.276 0.005 0.101 0.038 0.004 0.001 0.007 0.007 0.016 0.011 0.026 0.039 0.090 0.091 0.090 0.060 0.005 36 F 0.030 0.040 0.190 0.214 0.074 0.002 0.017 0.025 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.004 0.042 0.010 0.044 0.023 0.103 0.159 0.005 37 P 0.014 0.022 0.024 0.031 0.440 0.003 0.019 0.053 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.013 0.043 0.094 0.049 0.104 0.068 0.006 38 I 0.019 0.027 0.196 0.090 0.074 0.013 0.052 0.132 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.091 0.009 0.163 0.021 0.051 0.042 0.002 39 K 0.016 0.015 0.055 0.062 0.078 0.010 0.117 0.032 0.089 0.103 0.002 0.002 0.004 0.003 0.031 0.021 0.245 0.035 0.026 0.055 0.001 40 D 0.003 0.005 0.009 0.026 0.064 0.003 0.474 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.027 0.089 0.006 0.042 0.220 0.001 41 G 0.005 0.010 0.019 0.010 0.070 0.001 0.262 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.010 0.011 0.018 0.534 0.016 0.017 0.003 42 I 0.037 0.050 0.279 0.085 0.085 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.012 0.007 0.014 0.014 0.063 0.105 0.029 0.021 0.063 0.108 0.015 43 P 0.053 0.094 0.055 0.025 0.427 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.020 0.014 0.059 0.026 0.090 0.024 0.014 0.009 0.035 0.017 0.026 44 M 0.087 0.120 0.126 0.101 0.062 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.056 0.033 0.058 0.051 0.154 0.054 0.009 0.008 0.018 0.011 0.036 45 M 0.107 0.123 0.031 0.059 0.116 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.064 0.042 0.170 0.091 0.053 0.048 0.012 0.008 0.016 0.011 0.030 46 L 0.061 0.074 0.078 0.101 0.064 0.001 0.016 0.024 0.001 0.001 0.043 0.039 0.062 0.106 0.122 0.084 0.018 0.012 0.045 0.029 0.018 47 E 0.060 0.056 0.033 0.066 0.195 0.003 0.027 0.043 0.007 0.001 0.006 0.006 0.023 0.021 0.122 0.057 0.178 0.023 0.029 0.041 0.004 48 S 0.021 0.022 0.097 0.045 0.043 0.009 0.154 0.194 0.006 0.001 0.005 0.005 0.010 0.011 0.052 0.015 0.153 0.027 0.067 0.059 0.003 49 E 0.003 0.005 0.018 0.017 0.040 0.018 0.131 0.289 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.017 0.271 0.087 0.030 0.046 0.001 50 A 0.002 0.005 0.012 0.015 0.034 0.021 0.301 0.225 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.017 0.167 0.051 0.036 0.055 0.001 51 R 0.003 0.003 0.053 0.047 0.014 0.072 0.125 0.204 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.277 0.028 0.039 0.098 0.001 52 E 0.002 0.002 0.005 0.014 0.107 0.034 0.304 0.084 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.157 0.102 0.082 0.065 0.001 53 L 0.001 0.001 0.035 0.055 0.013 0.002 0.063 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.007 0.085 0.044 0.162 0.454 0.001 54 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.271 0.675 0.001 55 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.813 0.030 0.042 0.078 0.001 56 E 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.026 0.619 0.192 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.062 0.022 0.020 0.032 0.001 57 E 0.001 0.001 0.018 0.031 0.016 0.015 0.135 0.362 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.058 0.052 0.182 0.101 0.001 58 E 0.002 0.003 0.011 0.019 0.108 0.006 0.051 0.354 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.045 0.112 0.069 0.123 0.065 0.001 59 V 0.004 0.006 0.056 0.073 0.039 0.007 0.084 0.328 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.073 0.018 0.109 0.022 0.067 0.105 0.001 60 K 0.003 0.004 0.019 0.050 0.120 0.006 0.075 0.301 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.027 0.086 0.040 0.104 0.124 0.001 61 L 0.004 0.003 0.034 0.047 0.086 0.004 0.050 0.212 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 0.019 0.237 0.041 0.101 0.089 0.001 62 E 0.003 0.003 0.031 0.038 0.061 0.009 0.128 0.313 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.012 0.163 0.033 0.079 0.086 0.001 63 H 0.002 0.003 0.017 0.031 0.078 0.012 0.165 0.219 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.018 0.188 0.077 0.080 0.081 0.001 64 H 0.002 0.003 0.030 0.031 0.048 0.012 0.178 0.201 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.012 0.177 0.089 0.089 0.090 0.001 65 H 0.003 0.003 0.031 0.039 0.059 0.013 0.165 0.134 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.187 0.079 0.106 0.128 0.001 66 H 0.002 0.003 0.033 0.043 0.069 0.013 0.181 0.078 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.021 0.168 0.085 0.109 0.152 0.001 67 H 0.003 0.004 0.035 0.040 0.077 0.008 0.162 0.044 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.024 0.149 0.095 0.120 0.197 0.001 68 H 0.003 0.005 0.053 0.046 0.090 0.005 0.092 0.041 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.035 0.029 0.105 0.100 0.161 0.221 0.002