# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0348/T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.082 0.222 0.215 0.005 0.033 0.011 0.005 0.003 0.011 0.052 0.078 0.112 0.003 0.003 0.028 2 D 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.050 0.001 0.001 0.001 3 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.007 0.039 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.001 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.011 0.006 0.023 10 V 0.002 0.018 0.051 0.033 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.693 0.020 0.039 0.124 11 C 0.015 0.004 0.095 0.016 0.003 0.097 0.089 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.576 0.019 0.016 0.060 12 P 0.014 0.048 0.048 0.010 0.003 0.036 0.015 0.010 0.001 0.001 0.479 0.005 0.286 0.009 0.012 0.023 13 L 0.020 0.253 0.030 0.048 0.005 0.017 0.016 0.005 0.021 0.003 0.037 0.354 0.078 0.058 0.010 0.048 14 C 0.023 0.023 0.107 0.027 0.030 0.067 0.347 0.006 0.003 0.002 0.019 0.042 0.205 0.034 0.050 0.017 15 K 0.010 0.262 0.331 0.078 0.001 0.005 0.008 0.047 0.011 0.002 0.016 0.007 0.048 0.002 0.065 0.108 16 G 0.155 0.013 0.104 0.385 0.003 0.055 0.015 0.002 0.070 0.056 0.014 0.032 0.032 0.005 0.003 0.056 17 P 0.130 0.066 0.508 0.235 0.002 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.007 0.005 0.016 0.001 0.002 0.006 18 L 0.005 0.015 0.083 0.837 0.003 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.006 0.006 0.001 0.001 0.004 19 V 0.010 0.032 0.115 0.739 0.031 0.044 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 20 F 0.004 0.041 0.032 0.777 0.021 0.070 0.004 0.017 0.001 0.003 0.014 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 21 D 0.003 0.034 0.013 0.109 0.015 0.730 0.002 0.021 0.008 0.009 0.026 0.016 0.010 0.001 0.002 0.002 22 K 0.011 0.105 0.019 0.055 0.023 0.039 0.008 0.015 0.007 0.006 0.648 0.029 0.023 0.004 0.002 0.005 23 S 0.016 0.123 0.049 0.047 0.011 0.108 0.017 0.025 0.010 0.004 0.040 0.458 0.027 0.017 0.041 0.007 24 K 0.014 0.061 0.156 0.047 0.003 0.087 0.019 0.024 0.019 0.007 0.120 0.034 0.171 0.009 0.120 0.110 25 D 0.073 0.332 0.132 0.096 0.001 0.017 0.009 0.003 0.040 0.004 0.016 0.079 0.059 0.003 0.011 0.124 26 E 0.184 0.027 0.436 0.203 0.002 0.015 0.009 0.002 0.005 0.001 0.010 0.012 0.053 0.003 0.004 0.033 27 L 0.013 0.011 0.717 0.147 0.012 0.030 0.015 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.027 0.002 0.001 0.012 28 I 0.005 0.061 0.102 0.768 0.010 0.016 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.012 0.001 0.001 0.004 29 C 0.002 0.007 0.008 0.106 0.226 0.578 0.029 0.004 0.002 0.008 0.006 0.007 0.011 0.004 0.001 0.002 30 K 0.003 0.066 0.009 0.020 0.015 0.047 0.002 0.290 0.002 0.002 0.510 0.007 0.017 0.001 0.007 0.002 31 G 0.005 0.082 0.014 0.034 0.011 0.024 0.012 0.023 0.201 0.057 0.061 0.405 0.016 0.023 0.009 0.021 32 D 0.149 0.033 0.086 0.039 0.002 0.055 0.010 0.036 0.011 0.007 0.051 0.095 0.156 0.002 0.249 0.019 33 R 0.038 0.066 0.164 0.027 0.003 0.041 0.011 0.003 0.041 0.010 0.064 0.059 0.123 0.011 0.006 0.333 34 L 0.196 0.036 0.133 0.119 0.003 0.068 0.014 0.010 0.003 0.001 0.103 0.119 0.170 0.005 0.009 0.010 35 A 0.005 0.170 0.530 0.177 0.001 0.005 0.006 0.004 0.005 0.001 0.002 0.010 0.051 0.002 0.005 0.027 36 F 0.011 0.007 0.137 0.772 0.002 0.013 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.032 0.001 0.002 0.013 37 P 0.012 0.015 0.342 0.372 0.018 0.176 0.006 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.034 0.001 0.001 0.007 38 I 0.005 0.018 0.009 0.079 0.261 0.433 0.006 0.010 0.001 0.003 0.119 0.015 0.036 0.004 0.001 0.001 39 K 0.001 0.035 0.002 0.007 0.279 0.009 0.075 0.013 0.001 0.001 0.062 0.023 0.006 0.485 0.002 0.001 40 D 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.236 0.002 0.001 0.002 0.007 0.005 0.001 0.737 0.001 41 G 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.020 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.741 42 I 0.979 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 43 P 0.004 0.016 0.673 0.033 0.003 0.184 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.056 0.001 0.001 0.002 44 M 0.002 0.137 0.009 0.537 0.002 0.067 0.002 0.003 0.002 0.001 0.127 0.017 0.090 0.001 0.001 0.004 45 M 0.008 0.103 0.088 0.566 0.003 0.020 0.006 0.001 0.009 0.001 0.007 0.103 0.062 0.002 0.001 0.021 46 L 0.013 0.015 0.197 0.170 0.015 0.267 0.031 0.003 0.001 0.002 0.010 0.017 0.245 0.003 0.004 0.007 47 E 0.003 0.035 0.042 0.038 0.010 0.322 0.011 0.024 0.001 0.003 0.269 0.018 0.202 0.011 0.006 0.006 48 S 0.004 0.093 0.008 0.043 0.002 0.050 0.004 0.021 0.008 0.004 0.331 0.230 0.177 0.005 0.014 0.007 49 E 0.015 0.044 0.034 0.024 0.001 0.025 0.015 0.003 0.013 0.002 0.047 0.260 0.419 0.017 0.016 0.064 50 A 0.019 0.022 0.234 0.029 0.001 0.015 0.036 0.002 0.002 0.001 0.023 0.050 0.492 0.011 0.029 0.035 51 R 0.014 0.028 0.195 0.052 0.002 0.034 0.035 0.005 0.002 0.001 0.033 0.038 0.490 0.008 0.017 0.047 52 E 0.040 0.077 0.137 0.149 0.004 0.048 0.031 0.005 0.009 0.002 0.031 0.022 0.274 0.022 0.011 0.137 53 L 0.020 0.131 0.399 0.294 0.001 0.007 0.011 0.003 0.002 0.001 0.006 0.011 0.057 0.002 0.014 0.040 54 A 0.008 0.009 0.102 0.044 0.008 0.707 0.015 0.002 0.001 0.005 0.004 0.010 0.075 0.001 0.002 0.008 55 P 0.003 0.018 0.008 0.008 0.001 0.144 0.001 0.008 0.001 0.001 0.760 0.005 0.041 0.001 0.001 0.001 56 E 0.002 0.191 0.005 0.019 0.001 0.008 0.001 0.003 0.006 0.001 0.056 0.675 0.025 0.002 0.003 0.002 57 E 0.017 0.016 0.097 0.047 0.001 0.028 0.015 0.003 0.005 0.001 0.023 0.119 0.568 0.004 0.022 0.035 58 E 0.011 0.022 0.415 0.038 0.003 0.022 0.029 0.003 0.002 0.001 0.032 0.018 0.345 0.010 0.006 0.044 59 V 0.019 0.057 0.169 0.202 0.003 0.038 0.015 0.015 0.003 0.001 0.030 0.043 0.364 0.005 0.017 0.019 60 K 0.013 0.035 0.134 0.245 0.010 0.099 0.018 0.006 0.009 0.006 0.020 0.023 0.317 0.010 0.006 0.049 61 L 0.025 0.042 0.103 0.218 0.023 0.103 0.027 0.012 0.003 0.003 0.077 0.027 0.293 0.015 0.010 0.020 62 E 0.010 0.105 0.112 0.174 0.019 0.120 0.022 0.031 0.006 0.004 0.062 0.073 0.199 0.020 0.021 0.021 63 H 0.018 0.061 0.073 0.174 0.009 0.101 0.016 0.030 0.015 0.009 0.083 0.058 0.272 0.011 0.029 0.040 64 H 0.035 0.092 0.122 0.122 0.012 0.064 0.027 0.013 0.016 0.007 0.086 0.074 0.245 0.015 0.016 0.054 65 H 0.046 0.068 0.190 0.130 0.018 0.062 0.047 0.017 0.008 0.004 0.053 0.068 0.207 0.022 0.023 0.037 66 H 0.022 0.076 0.234 0.141 0.026 0.080 0.043 0.023 0.010 0.006 0.043 0.045 0.164 0.018 0.027 0.041 67 H 0.030 0.068 0.126 0.125 0.067 0.102 0.076 0.027 0.015 0.013 0.067 0.045 0.144 0.035 0.019 0.042 68 H 0.037 0.108 0.107 0.116 0.032 0.088 0.044 0.068 0.016 0.011 0.091 0.071 0.114 0.020 0.045 0.030