# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.223 0.164 0.073 0.108 0.081 0.088 0.087 0.058 0.049 0.040 0.028 2 D 0.172 0.273 0.086 0.188 0.124 0.067 0.051 0.020 0.011 0.006 0.003 3 A 0.473 0.176 0.095 0.125 0.068 0.033 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 4 K 0.256 0.192 0.113 0.219 0.121 0.059 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 5 F 0.006 0.007 0.018 0.035 0.044 0.069 0.190 0.191 0.195 0.151 0.093 6 L 0.005 0.007 0.024 0.053 0.097 0.167 0.280 0.170 0.115 0.056 0.025 7 E 0.017 0.047 0.374 0.235 0.121 0.087 0.064 0.030 0.015 0.007 0.003 8 I 0.003 0.010 0.033 0.048 0.072 0.123 0.244 0.195 0.139 0.095 0.039 9 L 0.007 0.005 0.015 0.012 0.011 0.015 0.062 0.111 0.217 0.281 0.264 10 V 0.004 0.016 0.033 0.060 0.083 0.108 0.203 0.154 0.153 0.113 0.074 11 C 0.008 0.035 0.087 0.074 0.069 0.079 0.160 0.157 0.159 0.113 0.059 12 P 0.116 0.083 0.064 0.131 0.129 0.111 0.138 0.092 0.068 0.044 0.024 13 L 0.061 0.065 0.031 0.107 0.132 0.133 0.193 0.116 0.089 0.050 0.023 14 C 0.035 0.028 0.014 0.058 0.077 0.084 0.144 0.150 0.173 0.132 0.106 15 K 0.153 0.158 0.074 0.225 0.155 0.099 0.072 0.032 0.018 0.009 0.005 16 G 0.124 0.077 0.024 0.107 0.116 0.147 0.186 0.109 0.065 0.035 0.012 17 P 0.212 0.211 0.074 0.243 0.129 0.069 0.036 0.014 0.007 0.004 0.002 18 L 0.006 0.005 0.003 0.010 0.015 0.025 0.088 0.129 0.240 0.273 0.206 19 V 0.035 0.166 0.110 0.331 0.196 0.085 0.049 0.016 0.008 0.003 0.002 20 F 0.010 0.016 0.009 0.033 0.049 0.069 0.164 0.177 0.207 0.170 0.097 21 D 0.060 0.131 0.067 0.223 0.186 0.134 0.109 0.044 0.026 0.011 0.007 22 K 0.361 0.246 0.074 0.152 0.082 0.041 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 23 S 0.492 0.211 0.048 0.101 0.057 0.035 0.028 0.012 0.007 0.005 0.003 24 K 0.288 0.209 0.076 0.194 0.119 0.058 0.034 0.012 0.006 0.003 0.001 25 D 0.211 0.144 0.062 0.157 0.124 0.112 0.101 0.044 0.026 0.012 0.006 26 E 0.015 0.070 0.060 0.248 0.219 0.164 0.125 0.055 0.027 0.012 0.005 27 L 0.006 0.004 0.004 0.009 0.015 0.032 0.103 0.173 0.226 0.258 0.171 28 I 0.007 0.026 0.034 0.156 0.186 0.174 0.183 0.102 0.073 0.036 0.022 29 C 0.004 0.009 0.014 0.021 0.028 0.048 0.127 0.166 0.230 0.198 0.154 30 K 0.188 0.152 0.089 0.276 0.148 0.074 0.043 0.016 0.008 0.004 0.002 31 G 0.373 0.167 0.065 0.115 0.082 0.062 0.065 0.032 0.022 0.012 0.006 32 D 0.069 0.057 0.038 0.115 0.101 0.109 0.154 0.113 0.100 0.078 0.066 33 R 0.058 0.145 0.104 0.247 0.177 0.130 0.086 0.028 0.015 0.007 0.004 34 L 0.018 0.029 0.032 0.073 0.084 0.097 0.152 0.149 0.148 0.122 0.097 35 A 0.062 0.070 0.047 0.151 0.158 0.144 0.150 0.091 0.063 0.036 0.027 36 F 0.006 0.008 0.007 0.025 0.046 0.077 0.173 0.170 0.206 0.162 0.120 37 P 0.077 0.173 0.080 0.236 0.168 0.104 0.078 0.034 0.024 0.015 0.011 38 I 0.003 0.002 0.002 0.006 0.009 0.015 0.051 0.102 0.200 0.260 0.351 39 K 0.183 0.203 0.118 0.221 0.137 0.067 0.043 0.014 0.008 0.003 0.003 40 D 0.105 0.105 0.055 0.162 0.124 0.125 0.164 0.079 0.046 0.024 0.011 41 G 0.300 0.129 0.054 0.125 0.102 0.084 0.074 0.047 0.035 0.028 0.022 42 I 0.009 0.025 0.013 0.045 0.059 0.078 0.155 0.148 0.181 0.160 0.128 43 P 0.025 0.035 0.026 0.081 0.088 0.114 0.178 0.131 0.133 0.104 0.084 44 M 0.028 0.027 0.023 0.055 0.070 0.099 0.217 0.156 0.148 0.100 0.077 45 M 0.017 0.034 0.024 0.072 0.086 0.096 0.160 0.148 0.130 0.125 0.106 46 L 0.006 0.022 0.013 0.032 0.046 0.066 0.111 0.126 0.185 0.201 0.191 47 E 0.097 0.150 0.120 0.253 0.200 0.097 0.057 0.015 0.007 0.002 0.001 48 S 0.525 0.142 0.173 0.110 0.032 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.082 0.058 0.125 0.146 0.121 0.128 0.169 0.071 0.052 0.027 0.019 50 A 0.006 0.005 0.023 0.022 0.033 0.078 0.223 0.181 0.191 0.146 0.091 51 R 0.014 0.038 0.368 0.203 0.151 0.107 0.081 0.024 0.010 0.004 0.001 52 E 0.128 0.085 0.578 0.115 0.051 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 53 L 0.007 0.010 0.015 0.020 0.038 0.085 0.248 0.192 0.159 0.145 0.080 54 A 0.151 0.390 0.118 0.092 0.065 0.050 0.057 0.028 0.024 0.017 0.009 55 P 0.512 0.170 0.157 0.089 0.041 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 56 E 0.745 0.119 0.073 0.039 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.164 0.106 0.179 0.178 0.108 0.093 0.094 0.038 0.024 0.009 0.005 58 E 0.132 0.091 0.135 0.179 0.138 0.132 0.111 0.047 0.023 0.009 0.003 59 V 0.041 0.058 0.426 0.107 0.086 0.102 0.095 0.045 0.025 0.011 0.004 60 K 0.071 0.138 0.422 0.201 0.088 0.042 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 61 L 0.058 0.050 0.115 0.085 0.088 0.114 0.179 0.112 0.098 0.066 0.033 62 E 0.209 0.159 0.236 0.154 0.096 0.058 0.050 0.019 0.012 0.005 0.002 63 H 0.183 0.138 0.253 0.147 0.093 0.063 0.064 0.028 0.018 0.009 0.003 64 H 0.145 0.128 0.141 0.144 0.114 0.097 0.106 0.057 0.039 0.022 0.009 65 H 0.175 0.140 0.167 0.143 0.105 0.084 0.085 0.046 0.031 0.017 0.007 66 H 0.270 0.143 0.155 0.137 0.092 0.066 0.066 0.033 0.022 0.012 0.005 67 H 0.298 0.172 0.116 0.133 0.091 0.063 0.055 0.031 0.023 0.013 0.006 68 H 0.366 0.181 0.059 0.104 0.079 0.055 0.056 0.039 0.031 0.020 0.010