# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.169 0.038 0.022 0.009 0.005 0.007 0.055 0.005 0.001 0.002 0.687 2 D 0.095 0.013 0.010 0.007 0.003 0.005 0.129 0.005 0.001 0.004 0.729 3 A 0.044 0.009 0.011 0.008 0.002 0.002 0.051 0.001 0.001 0.004 0.868 4 K 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.393 0.001 0.001 0.001 0.582 5 F 0.082 0.136 0.001 0.013 0.004 0.006 0.175 0.002 0.001 0.006 0.575 6 L 0.035 0.660 0.001 0.016 0.007 0.027 0.074 0.002 0.001 0.006 0.171 7 E 0.053 0.640 0.001 0.012 0.008 0.079 0.092 0.015 0.001 0.006 0.095 8 I 0.147 0.758 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.065 9 L 0.063 0.863 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 0.023 10 V 0.132 0.555 0.020 0.010 0.014 0.026 0.005 0.112 0.001 0.001 0.124 11 C 0.144 0.143 0.089 0.058 0.058 0.105 0.047 0.045 0.001 0.001 0.311 12 P 0.003 0.002 0.006 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.973 13 L 0.016 0.002 0.003 0.077 0.025 0.059 0.172 0.001 0.001 0.003 0.641 14 C 0.199 0.007 0.005 0.051 0.012 0.033 0.085 0.001 0.001 0.011 0.594 15 K 0.091 0.018 0.002 0.072 0.016 0.038 0.061 0.002 0.001 0.005 0.696 16 G 0.112 0.005 0.003 0.063 0.032 0.054 0.100 0.001 0.001 0.007 0.623 17 P 0.012 0.002 0.001 0.016 0.007 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.939 18 L 0.025 0.008 0.001 0.043 0.101 0.184 0.091 0.001 0.001 0.003 0.543 19 V 0.113 0.017 0.001 0.043 0.143 0.222 0.055 0.002 0.001 0.006 0.398 20 F 0.088 0.047 0.002 0.062 0.169 0.237 0.054 0.003 0.001 0.003 0.334 21 D 0.076 0.024 0.003 0.046 0.180 0.250 0.117 0.003 0.001 0.006 0.294 22 K 0.029 0.010 0.004 0.028 0.038 0.053 0.102 0.002 0.001 0.006 0.729 23 S 0.039 0.006 0.002 0.014 0.027 0.036 0.451 0.002 0.001 0.023 0.400 24 K 0.319 0.010 0.011 0.013 0.010 0.012 0.228 0.002 0.001 0.069 0.326 25 D 0.138 0.030 0.011 0.028 0.023 0.024 0.346 0.002 0.001 0.031 0.366 26 E 0.104 0.023 0.011 0.036 0.062 0.081 0.294 0.001 0.001 0.021 0.366 27 L 0.057 0.033 0.004 0.061 0.155 0.243 0.122 0.001 0.001 0.006 0.316 28 I 0.022 0.024 0.002 0.052 0.225 0.402 0.061 0.001 0.001 0.003 0.207 29 C 0.023 0.019 0.002 0.029 0.195 0.367 0.062 0.001 0.001 0.003 0.300 30 K 0.013 0.008 0.001 0.028 0.108 0.151 0.035 0.001 0.001 0.002 0.653 31 G 0.018 0.006 0.001 0.022 0.056 0.100 0.194 0.001 0.001 0.009 0.593 32 D 0.162 0.011 0.003 0.036 0.032 0.044 0.231 0.002 0.001 0.027 0.452 33 R 0.229 0.037 0.009 0.052 0.040 0.058 0.186 0.004 0.001 0.031 0.355 34 L 0.170 0.039 0.010 0.074 0.102 0.128 0.163 0.003 0.001 0.018 0.291 35 A 0.074 0.033 0.016 0.083 0.077 0.184 0.093 0.003 0.001 0.009 0.430 36 F 0.024 0.008 0.004 0.074 0.353 0.310 0.044 0.001 0.001 0.001 0.181 37 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.950 38 I 0.003 0.001 0.001 0.100 0.214 0.421 0.080 0.001 0.001 0.002 0.178 39 K 0.082 0.008 0.001 0.051 0.059 0.131 0.166 0.001 0.001 0.012 0.490 40 D 0.093 0.025 0.001 0.029 0.022 0.044 0.204 0.003 0.001 0.012 0.569 41 G 0.462 0.011 0.006 0.040 0.017 0.026 0.150 0.005 0.001 0.066 0.217 42 I 0.344 0.011 0.058 0.044 0.026 0.021 0.219 0.001 0.001 0.020 0.255 43 P 0.002 0.001 0.006 0.009 0.008 0.015 0.026 0.001 0.001 0.001 0.933 44 M 0.019 0.003 0.001 0.095 0.121 0.269 0.098 0.001 0.001 0.003 0.391 45 M 0.111 0.013 0.002 0.099 0.086 0.142 0.073 0.001 0.001 0.006 0.468 46 L 0.029 0.020 0.001 0.090 0.155 0.290 0.097 0.001 0.001 0.002 0.315 47 E 0.010 0.008 0.001 0.085 0.031 0.095 0.056 0.001 0.001 0.002 0.712 48 S 0.015 0.019 0.001 0.065 0.019 0.046 0.203 0.001 0.001 0.004 0.627 49 E 0.087 0.041 0.001 0.019 0.019 0.023 0.292 0.004 0.001 0.015 0.500 50 A 0.179 0.273 0.005 0.035 0.026 0.039 0.154 0.004 0.001 0.010 0.275 51 R 0.147 0.305 0.004 0.020 0.021 0.042 0.111 0.008 0.001 0.008 0.335 52 E 0.246 0.289 0.007 0.005 0.005 0.011 0.022 0.008 0.001 0.002 0.406 53 L 0.310 0.315 0.010 0.012 0.013 0.018 0.016 0.025 0.001 0.002 0.280 54 A 0.203 0.101 0.019 0.010 0.015 0.017 0.075 0.014 0.001 0.002 0.543 55 P 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 56 E 0.011 0.005 0.001 0.010 0.005 0.017 0.259 0.001 0.001 0.002 0.689 57 E 0.462 0.027 0.001 0.006 0.002 0.004 0.100 0.001 0.001 0.009 0.387 58 E 0.185 0.415 0.001 0.013 0.006 0.008 0.045 0.003 0.001 0.002 0.321 59 V 0.167 0.375 0.005 0.017 0.014 0.023 0.056 0.003 0.001 0.005 0.335 60 K 0.159 0.367 0.003 0.014 0.015 0.026 0.051 0.007 0.001 0.003 0.354 61 L 0.135 0.406 0.012 0.012 0.019 0.034 0.025 0.010 0.001 0.002 0.344 62 E 0.086 0.319 0.009 0.016 0.030 0.037 0.054 0.014 0.001 0.003 0.434 63 H 0.129 0.188 0.008 0.012 0.021 0.032 0.085 0.012 0.001 0.006 0.505 64 H 0.194 0.223 0.013 0.019 0.023 0.033 0.084 0.016 0.001 0.006 0.391 65 H 0.195 0.209 0.012 0.018 0.020 0.029 0.100 0.011 0.001 0.008 0.397 66 H 0.142 0.149 0.015 0.017 0.022 0.036 0.096 0.009 0.001 0.007 0.507 67 H 0.139 0.083 0.011 0.016 0.021 0.031 0.074 0.008 0.001 0.006 0.613 68 H 0.119 0.048 0.011 0.014 0.016 0.023 0.082 0.005 0.001 0.006 0.676