# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.122 0.235 0.345 0.102 0.100 0.047 0.021 0.004 0.019 0.005 0.001 2 D 0.054 0.054 0.573 0.007 0.016 0.213 0.003 0.001 0.075 0.003 0.001 3 A 0.973 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.965 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.819 0.001 0.005 0.169 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.873 0.014 0.043 0.035 0.003 0.006 0.020 0.003 0.002 0.001 0.001 7 E 0.911 0.019 0.031 0.025 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.831 0.064 0.045 0.046 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 L 0.688 0.104 0.090 0.084 0.007 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 10 V 0.261 0.296 0.105 0.234 0.039 0.024 0.009 0.003 0.025 0.004 0.001 11 C 0.041 0.155 0.307 0.004 0.043 0.025 0.019 0.001 0.397 0.007 0.001 12 P 0.712 0.002 0.186 0.018 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 13 L 0.479 0.066 0.123 0.252 0.014 0.032 0.009 0.004 0.019 0.001 0.001 14 C 0.176 0.198 0.221 0.253 0.074 0.032 0.016 0.006 0.016 0.006 0.001 15 K 0.127 0.063 0.140 0.261 0.027 0.047 0.243 0.025 0.058 0.006 0.002 16 G 0.031 0.126 0.382 0.004 0.266 0.002 0.012 0.020 0.014 0.141 0.001 17 P 0.062 0.021 0.675 0.014 0.001 0.057 0.001 0.001 0.002 0.001 0.167 18 L 0.025 0.445 0.396 0.018 0.040 0.048 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 19 V 0.018 0.820 0.071 0.011 0.025 0.023 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 20 F 0.034 0.399 0.438 0.020 0.015 0.071 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 21 D 0.030 0.291 0.231 0.028 0.071 0.185 0.022 0.002 0.138 0.002 0.001 22 K 0.586 0.067 0.093 0.145 0.032 0.017 0.029 0.011 0.011 0.009 0.001 23 S 0.459 0.069 0.143 0.242 0.018 0.015 0.019 0.014 0.014 0.006 0.001 24 K 0.445 0.060 0.116 0.213 0.028 0.011 0.082 0.019 0.008 0.017 0.001 25 D 0.141 0.033 0.078 0.134 0.016 0.041 0.507 0.025 0.021 0.003 0.001 26 E 0.226 0.406 0.219 0.064 0.031 0.021 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 27 L 0.137 0.261 0.467 0.035 0.013 0.065 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 28 I 0.078 0.548 0.171 0.078 0.054 0.041 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 29 C 0.027 0.308 0.376 0.013 0.157 0.048 0.003 0.001 0.062 0.005 0.001 30 K 0.774 0.016 0.061 0.117 0.006 0.010 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 31 G 0.654 0.015 0.047 0.083 0.023 0.003 0.037 0.073 0.004 0.062 0.001 32 D 0.482 0.027 0.095 0.315 0.011 0.015 0.035 0.009 0.007 0.002 0.002 33 R 0.367 0.099 0.135 0.129 0.043 0.019 0.144 0.038 0.017 0.008 0.001 34 L 0.232 0.293 0.318 0.088 0.036 0.020 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 35 A 0.183 0.375 0.190 0.142 0.051 0.020 0.014 0.003 0.017 0.003 0.001 36 F 0.007 0.593 0.188 0.001 0.073 0.010 0.005 0.001 0.123 0.001 0.001 37 P 0.025 0.030 0.878 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 38 I 0.094 0.305 0.482 0.017 0.015 0.068 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 39 K 0.489 0.296 0.072 0.070 0.015 0.022 0.004 0.001 0.029 0.002 0.001 40 D 0.059 0.060 0.184 0.339 0.040 0.016 0.272 0.003 0.024 0.003 0.001 41 G 0.002 0.001 0.009 0.003 0.013 0.001 0.030 0.875 0.001 0.067 0.001 42 I 0.006 0.409 0.506 0.003 0.014 0.017 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 43 P 0.014 0.026 0.919 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 44 M 0.045 0.667 0.165 0.014 0.034 0.043 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 45 M 0.019 0.336 0.474 0.012 0.021 0.093 0.006 0.001 0.037 0.001 0.001 46 L 0.010 0.151 0.610 0.006 0.025 0.135 0.002 0.001 0.059 0.001 0.002 47 E 0.487 0.034 0.409 0.020 0.010 0.028 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 48 S 0.928 0.003 0.019 0.033 0.003 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 49 E 0.920 0.003 0.008 0.063 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.825 0.010 0.056 0.089 0.004 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 51 R 0.808 0.046 0.081 0.036 0.009 0.006 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 52 E 0.735 0.020 0.171 0.056 0.003 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 53 L 0.358 0.091 0.332 0.172 0.005 0.028 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 54 A 0.035 0.086 0.730 0.003 0.018 0.029 0.005 0.001 0.087 0.005 0.001 55 P 0.910 0.001 0.071 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 56 E 0.872 0.003 0.020 0.087 0.002 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 57 E 0.771 0.017 0.094 0.091 0.008 0.005 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 58 E 0.770 0.032 0.097 0.063 0.006 0.014 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 59 V 0.615 0.147 0.108 0.079 0.021 0.013 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 60 K 0.504 0.155 0.194 0.055 0.028 0.028 0.012 0.002 0.019 0.001 0.001 61 L 0.526 0.126 0.219 0.059 0.011 0.029 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 62 E 0.582 0.105 0.188 0.057 0.017 0.019 0.009 0.003 0.016 0.003 0.001 63 H 0.561 0.062 0.151 0.133 0.022 0.025 0.021 0.006 0.013 0.005 0.001 64 H 0.428 0.107 0.141 0.213 0.033 0.025 0.025 0.008 0.015 0.004 0.001 65 H 0.392 0.175 0.170 0.169 0.028 0.026 0.013 0.003 0.020 0.003 0.001 66 H 0.248 0.216 0.222 0.154 0.040 0.042 0.031 0.006 0.036 0.004 0.001 67 H 0.177 0.165 0.261 0.203 0.034 0.054 0.052 0.010 0.037 0.005 0.001 68 H 0.156 0.191 0.269 0.110 0.101 0.028 0.055 0.034 0.022 0.033 0.001