# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.2264 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.607 0.227 0.095 0.051 0.016 0.004 0.001 2 D 0.526 0.220 0.133 0.083 0.032 0.006 0.001 3 A 0.567 0.287 0.107 0.032 0.006 0.001 0.001 4 K 0.380 0.345 0.180 0.073 0.019 0.003 0.001 5 F 0.052 0.074 0.136 0.258 0.317 0.154 0.009 6 L 0.025 0.076 0.171 0.303 0.294 0.120 0.010 7 E 0.139 0.327 0.274 0.174 0.063 0.020 0.002 8 I 0.085 0.051 0.098 0.217 0.315 0.206 0.027 9 L 0.077 0.059 0.047 0.061 0.147 0.399 0.209 10 V 0.052 0.050 0.061 0.125 0.182 0.335 0.194 11 C 0.041 0.088 0.160 0.241 0.225 0.164 0.081 12 P 0.037 0.056 0.071 0.143 0.246 0.335 0.112 13 L 0.062 0.114 0.151 0.230 0.223 0.178 0.042 14 C 0.059 0.125 0.167 0.245 0.245 0.139 0.019 15 K 0.279 0.325 0.212 0.121 0.047 0.012 0.003 16 G 0.280 0.277 0.197 0.141 0.071 0.030 0.004 17 P 0.169 0.355 0.297 0.135 0.036 0.007 0.001 18 L 0.049 0.046 0.102 0.278 0.392 0.126 0.007 19 V 0.121 0.346 0.302 0.162 0.054 0.014 0.001 20 F 0.100 0.212 0.270 0.263 0.134 0.021 0.001 21 D 0.428 0.336 0.166 0.057 0.011 0.001 0.001 22 K 0.768 0.188 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 23 S 0.807 0.142 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 24 K 0.619 0.265 0.092 0.021 0.003 0.001 0.001 25 D 0.601 0.285 0.087 0.023 0.005 0.001 0.001 26 E 0.102 0.273 0.344 0.214 0.058 0.009 0.001 27 L 0.026 0.050 0.097 0.241 0.395 0.183 0.008 28 I 0.063 0.193 0.268 0.287 0.142 0.044 0.004 29 C 0.052 0.118 0.193 0.300 0.248 0.084 0.005 30 K 0.396 0.334 0.180 0.067 0.019 0.004 0.001 31 G 0.470 0.286 0.143 0.074 0.023 0.004 0.001 32 D 0.242 0.269 0.262 0.155 0.058 0.014 0.001 33 R 0.353 0.381 0.175 0.067 0.020 0.004 0.001 34 L 0.053 0.087 0.159 0.272 0.275 0.142 0.013 35 A 0.038 0.125 0.195 0.246 0.231 0.145 0.019 36 F 0.026 0.057 0.107 0.223 0.311 0.239 0.037 37 P 0.068 0.190 0.279 0.263 0.142 0.051 0.007 38 I 0.029 0.055 0.108 0.239 0.335 0.213 0.022 39 K 0.223 0.333 0.245 0.132 0.049 0.015 0.002 40 D 0.365 0.277 0.171 0.116 0.053 0.016 0.001 41 G 0.215 0.208 0.216 0.194 0.113 0.050 0.005 42 I 0.076 0.092 0.124 0.204 0.250 0.218 0.036 43 P 0.134 0.196 0.188 0.174 0.143 0.123 0.042 44 M 0.162 0.199 0.170 0.178 0.154 0.107 0.030 45 M 0.120 0.130 0.163 0.230 0.216 0.119 0.021 46 L 0.106 0.114 0.183 0.257 0.243 0.091 0.005 47 E 0.331 0.362 0.216 0.073 0.016 0.002 0.001 48 S 0.684 0.257 0.047 0.010 0.002 0.001 0.001 49 E 0.329 0.220 0.229 0.168 0.048 0.006 0.001 50 A 0.302 0.158 0.154 0.223 0.134 0.029 0.001 51 R 0.546 0.253 0.135 0.052 0.013 0.001 0.001 52 E 0.621 0.283 0.074 0.019 0.003 0.001 0.001 53 L 0.308 0.260 0.236 0.145 0.044 0.007 0.001 54 A 0.684 0.210 0.069 0.027 0.009 0.001 0.001 55 P 0.823 0.132 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 56 E 0.879 0.097 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 57 E 0.797 0.154 0.037 0.010 0.001 0.001 0.001 58 E 0.682 0.223 0.068 0.023 0.004 0.001 0.001 59 V 0.513 0.236 0.157 0.077 0.016 0.001 0.001 60 K 0.709 0.215 0.058 0.015 0.002 0.001 0.001 61 L 0.509 0.228 0.157 0.086 0.018 0.001 0.001 62 E 0.738 0.189 0.051 0.017 0.004 0.001 0.001 63 H 0.687 0.190 0.077 0.036 0.008 0.001 0.001 64 H 0.683 0.190 0.079 0.037 0.010 0.001 0.001 65 H 0.775 0.155 0.047 0.018 0.004 0.001 0.001 66 H 0.810 0.136 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 67 H 0.825 0.123 0.037 0.012 0.002 0.001 0.001 68 H 0.802 0.142 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001