PFRMAT RR
TARGET T0348
AUTHOR SAM-T07
REMARK From group SAM-TO6 under the direction of
REMARK Kevin Karplus.
REMARK Residue-residue contact predictions
REMARK  by George Shackelford and Kevin Karplus
REMARK The value given is an approximation of the probability
REMARK as provided by the neural network.
REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which
REMARK is an approximation of the probability.
REMARK
METHOD The predictor is an artificial neural network.
METHOD NN: con.aa5str2_5near5nsep5.entmi_epplcc.th62.41.net
METHOD Inputs may include separation and sequence length,
METHOD e-value statistic based on mutual information values,
METHOD a statistic based on propensity of residues in contact.
METHOD Other inputs are distributions from alignments and
METHOD secondary predictions from SAM-t04 and/or SAM-t06 of
METHOD the University of California, Santa Cruz
MODEL 1
MDAKFLEILVCPLCKGPLVFDKSKDELICKGDRLAFPIKDGIPMMLESEA
RELAPEEEVKLEHHHHHH
3 12 0 8 0.0525459
3 13 0 8 0.0652791
3 14 0 8 0.0647423
3 15 0 8 0.0544075
3 17 0 8 0.0639855
3 20 0 8 0.0553214
3 31 0 8 0.0600889
3 32 0 8 0.0991194
3 33 0 8 0.0513828
3 35 0 8 0.0666025
3 39 0 8 0.0499733
3 40 0 8 0.101036
3 43 0 8 0.0686472
3 44 0 8 0.111974
3 53 0 8 0.0650431
4 13 0 8 0.112068
4 14 0 8 0.0727128
4 15 0 8 0.0554603
4 16 0 8 0.0567413
4 20 0 8 0.0681943
4 21 0 8 0.0524644
4 32 0 8 0.11258
4 35 0 8 0.110172
4 40 0 8 0.083627
4 41 0 8 0.04952
4 43 0 8 0.0959861
4 44 0 8 0.149039
4 45 0 8 0.0520617
4 46 0 8 0.0800785
4 47 0 8 0.0591858
4 49 0 8 0.086469
4 50 0 8 0.0555182
4 53 0 8 0.0677171
5 14 0 8 0.0833995
5 15 0 8 0.0516633
5 18 0 8 0.24592
5 20 0 8 0.193136
5 25 0 8 0.0506004
5 27 0 8 0.234935
5 28 0 8 0.0724757
5 29 0 8 0.0622466
5 32 0 8 0.0575063
5 34 0 8 0.0579352
5 35 0 8 0.0765032
5 36 0 8 0.204206
5 37 0 8 0.0691679
5 38 0 8 0.168691
5 39 0 8 0.0498416
5 40 0 8 0.0881617
5 41 0 8 0.05976
5 42 0 8 0.194788
5 43 0 8 0.197761
5 44 0 8 0.22832
5 45 0 8 0.115252
5 46 0 8 0.224391
5 49 0 8 0.0597314
5 50 0 8 0.119826
5 53 0 8 0.0885311
5 61 0 8 0.078432
6 15 0 8 0.0591722
6 16 0 8 0.0540338
6 18 0 8 0.407724
6 20 0 8 0.273985
6 22 0 8 0.0606951
6 25 0 8 0.0558505
6 26 0 8 0.0653152
6 27 0 8 0.29464
6 28 0 8 0.112659
6 29 0 8 0.0771112
6 30 0 8 0.0521445
6 32 0 8 0.0855448
6 33 0 8 0.0600619
6 34 0 8 0.0720295
6 35 0 8 0.182255
6 36 0 8 0.258513
6 37 0 8 0.0903034
6 38 0 8 0.238645
6 40 0 8 0.0792678
6 41 0 8 0.0537995
6 42 0 8 0.162383
6 43 0 8 0.191006
6 44 0 8 0.35836
6 45 0 8 0.141405
6 46 0 8 0.208303
6 49 0 8 0.103689
6 50 0 8 0.168428
6 53 0 8 0.111664
6 61 0 8 0.049727
7 35 0 8 0.0502983
7 40 0 8 0.0548471
7 42 0 8 0.0514329
7 43 0 8 0.103562
7 50 0 8 0.0594242
7 53 0 8 0.0639262
8 18 0 8 0.271851
8 20 0 8 0.164216
8 22 0 8 0.0488253
8 25 0 8 0.0565994
8 27 0 8 0.249421
8 28 0 8 0.0977175
8 29 0 8 0.064841
8 32 0 8 0.0777271
8 34 0 8 0.0769164
8 35 0 8 0.0809193
8 36 0 8 0.127977
8 37 0 8 0.0638731
8 38 0 8 0.170533
8 40 0 8 0.0841002
8 42 0 8 0.298443
8 43 0 8 0.212683
8 44 0 8 0.36895
8 45 0 8 0.1716
8 46 0 8 0.239944
8 49 0 8 0.0769583
8 50 0 8 0.170522
8 53 0 8 0.130183
8 58 0 8 0.0507428
8 61 0 8 0.0579017
9 18 0 8 0.855505
9 19 0 8 0.135521
9 20 0 8 0.425713
9 22 0 8 0.0657692
9 25 0 8 0.0613569
9 26 0 8 0.0777207
9 27 0 8 0.599788
9 28 0 8 0.178978
9 29 0 8 0.128965
9 30 0 8 0.0753508
9 31 0 8 0.0590078
9 32 0 8 0.111846
9 33 0 8 0.0895836
9 34 0 8 0.111418
9 35 0 8 0.154393
9 36 0 8 0.335728
9 37 0 8 0.253329
9 38 0 8 0.563237
9 39 0 8 0.0546858
9 40 0 8 0.102834
9 41 0 8 0.0727541
9 42 0 8 0.395343
9 43 0 8 0.352219
9 44 0 8 0.247345
9 45 0 8 0.457885
9 46 0 8 0.292727
9 47 0 8 0.0711388
9 49 0 8 0.064244
9 50 0 8 0.194507
9 53 0 8 0.215958
9 61 0 8 0.143038
10 19 0 8 0.111378
10 20 0 8 0.288904
10 21 0 8 0.0815789
10 22 0 8 0.0721112
10 24 0 8 0.0834237
10 25 0 8 0.105798
10 26 0 8 0.132295
10 27 0 8 0.492001
10 28 0 8 0.181086
10 29 0 8 0.164294
10 30 0 8 0.092827
10 31 0 8 0.102567
10 32 0 8 0.138475
10 33 0 8 0.113192
10 34 0 8 0.199504
10 35 0 8 0.383623
10 36 0 8 0.320213
10 37 0 8 0.133056
10 38 0 8 0.238391
10 39 0 8 0.0990325
10 40 0 8 0.160609
10 41 0 8 0.107372
10 42 0 8 0.272465
10 43 0 8 0.437757
10 44 0 8 0.381474
10 45 0 8 0.332767
10 46 0 8 0.277762
10 47 0 8 0.0779409
10 49 0 8 0.283742
10 50 0 8 0.376924
10 51 0 8 0.106208
10 53 0 8 0.254612
10 57 0 8 0.102693
10 58 0 8 0.0823239
10 59 0 8 0.0708869
10 61 0 8 0.07146
10 62 0 8 0.0547345
10 64 0 8 0.0542423
10 65 0 8 0.0538825
11 20 0 8 0.199722
11 21 0 8 0.0487347
11 24 0 8 0.0585222
11 25 0 8 0.068924
11 26 0 8 0.0772494
11 27 0 8 0.328706
11 28 0 8 0.0623316
11 29 0 8 0.119633
11 30 0 8 0.0524647
11 32 0 8 0.170665
11 33 0 8 0.0951105
11 34 0 8 0.167727
11 35 0 8 0.137684
11 36 0 8 0.170244
11 37 0 8 0.10251
11 38 0 8 0.13818
11 39 0 8 0.0716973
11 40 0 8 0.133189
11 41 0 8 0.107534
11 42 0 8 0.204671
11 43 0 8 0.345335
11 44 0 8 0.13511
11 45 0 8 0.172586
11 46 0 8 0.118556
11 47 0 8 0.0592784
11 49 0 8 0.0791938
11 50 0 8 0.145364
11 53 0 8 0.0926226
12 21 0 8 0.0516151
12 22 0 8 0.064596
12 23 0 8 0.0547096
12 24 0 8 0.0793119
12 25 0 8 0.0781977
12 26 0 8 0.0660834
12 27 0 8 0.260772
12 28 0 8 0.0789384
12 29 0 8 0.132192
12 30 0 8 0.0936469
12 31 0 8 0.0679481
12 32 0 8 0.111485
12 33 0 8 0.102948
12 34 0 8 0.107154
12 35 0 8 0.131301
12 36 0 8 0.156577
12 37 0 8 0.121217
12 38 0 8 0.136823
12 39 0 8 0.0802033
12 40 0 8 0.14056
12 41 0 8 0.112032
12 42 0 8 0.170195
12 43 0 8 0.314196
12 44 0 8 0.12883
12 45 0 8 0.172217
12 46 0 8 0.12016
12 47 0 8 0.0560247
12 49 0 8 0.0944023
12 50 0 8 0.126566
12 53 0 8 0.0727601
13 22 0 8 0.0791023
13 23 0 8 0.0960665
13 24 0 8 0.125031
13 25 0 8 0.0906816
13 26 0 8 0.0933833
13 27 0 8 0.123978
13 28 0 8 0.111385
13 29 0 8 0.115557
13 30 0 8 0.204963
13 31 0 8 0.0953483
13 32 0 8 0.196425
13 33 0 8 0.132118
13 34 0 8 0.193906
13 35 0 8 0.20343
13 36 0 8 0.0982518
13 37 0 8 0.107892
13 38 0 8 0.116977
13 39 0 8 0.120445
13 40 0 8 0.16443
13 41 0 8 0.0847037
13 42 0 8 0.0916367
13 43 0 8 0.181032
13 44 0 8 0.194397
13 45 0 8 0.168637
13 46 0 8 0.138125
13 47 0 8 0.13133
13 49 0 8 0.116624
13 50 0 8 0.227052
13 51 0 8 0.0791366
13 52 0 8 0.0612219
13 53 0 8 0.105396
13 57 0 8 0.0515362
13 58 0 8 0.137673
13 60 0 8 0.0564419
13 61 0 8 0.0589007
13 66 0 8 0.0498743
14 23 0 8 0.0578675
14 24 0 8 0.0906605
14 25 0 8 0.0643733
14 26 0 8 0.0906205
14 27 0 8 0.203752
14 28 0 8 0.097707
14 29 0 8 0.409572
14 30 0 8 0.104986
14 31 0 8 0.134043
14 32 0 8 0.348974
14 33 0 8 0.120032
14 34 0 8 0.143018
14 35 0 8 0.154656
14 36 0 8 0.122497
14 37 0 8 0.107804
14 38 0 8 0.10215
14 39 0 8 0.0969532
14 40 0 8 0.139525
14 41 0 8 0.0804658
14 42 0 8 0.0941889
14 43 0 8 0.15054
14 44 0 8 0.208528
14 45 0 8 0.15293
14 46 0 8 0.174513
14 47 0 8 0.0568482
14 49 0 8 0.115167
14 50 0 8 0.118504
14 53 0 8 0.079962
15 24 0 8 0.135333
15 25 0 8 0.10322
15 27 0 8 0.104931
15 28 0 8 0.0688686
15 29 0 8 0.113495
15 30 0 8 0.217858
15 31 0 8 0.108405
15 32 0 8 0.101207
15 33 0 8 0.10574
15 34 0 8 0.103326
15 35 0 8 0.109166
15 36 0 8 0.0658481
15 37 0 8 0.0767451
15 38 0 8 0.0516963
15 39 0 8 0.0783266
15 40 0 8 0.170629
15 41 0 8 0.0796496
15 42 0 8 0.0671357
15 43 0 8 0.186028
15 44 0 8 0.108124
15 45 0 8 0.127437
15 46 0 8 0.0679664
15 47 0 8 0.0485918
15 49 0 8 0.116811
15 50 0 8 0.16242
15 54 0 8 0.0601647
16 25 0 8 0.076695
16 26 0 8 0.0513737
16 27 0 8 0.113482
16 28 0 8 0.0662769
16 29 0 8 0.146478
16 30 0 8 0.164933
16 31 0 8 0.0819917
16 32 0 8 0.12021
16 33 0 8 0.0802647
16 34 0 8 0.088718
16 35 0 8 0.0991496
16 36 0 8 0.075159
16 37 0 8 0.0733656
16 38 0 8 0.0577718
16 39 0 8 0.0745514
16 40 0 8 0.0975433
16 41 0 8 0.0624174
16 42 0 8 0.0537141
16 43 0 8 0.0986425
16 44 0 8 0.122002
16 45 0 8 0.0727941
16 46 0 8 0.0944944
16 49 0 8 0.0955497
16 50 0 8 0.0932804
16 53 0 8 0.0556623
17 27 0 8 0.0714831
17 28 0 8 0.0769744
17 29 0 8 0.121975
17 30 0 8 0.346147
17 31 0 8 0.123502
17 32 0 8 0.062623
17 33 0 8 0.0776095
17 35 0 8 0.100596
17 37 0 8 0.055948
17 40 0 8 0.104908
17 41 0 8 0.126761
18 27 0 8 0.74836
18 28 0 8 0.365926
18 29 0 8 0.227135
18 30 0 8 0.164418
18 32 0 8 0.100266
18 33 0 8 0.0814131
18 34 0 8 0.15727
18 35 0 8 0.338085
18 36 0 8 0.300114
18 37 0 8 0.153526
18 38 0 8 0.531025
18 40 0 8 0.0642752
18 41 0 8 0.0615492
18 42 0 8 0.411409
18 43 0 8 0.446143
18 44 0 8 0.318642
18 45 0 8 0.478642
18 46 0 8 0.482427
18 47 0 8 0.0535449
18 49 0 8 0.0495619
18 50 0 8 0.149148
18 51 0 8 0.0959961
18 53 0 8 0.163611
18 61 0 8 0.0569203
19 28 0 8 0.227968
19 29 0 8 0.187347
19 30 0 8 0.553077
19 31 0 8 0.120175
19 32 0 8 0.111464
19 33 0 8 0.142456
19 34 0 8 0.0659784
19 35 0 8 0.129801
19 36 0 8 0.097916
19 37 0 8 0.113622
19 38 0 8 0.157523
19 39 0 8 0.0793782
19 40 0 8 0.08593
19 41 0 8 0.086467
19 42 0 8 0.0682692
19 43 0 8 0.101382
19 44 0 8 0.0974486
19 45 0 8 0.090327
19 46 0 8 0.0804053
19 47 0 8 0.0602825
19 50 0 8 0.0622408
19 53 0 8 0.0678375
19 61 0 8 0.0615553
20 29 0 8 0.0837336
20 30 0 8 0.128254
20 31 0 8 0.0665788
20 32 0 8 0.127332
20 33 0 8 0.0937149
20 34 0 8 0.100904
20 35 0 8 0.179051
20 36 0 8 0.127284
20 37 0 8 0.0664728
20 38 0 8 0.133329
20 39 0 8 0.081551
20 40 0 8 0.100166
20 41 0 8 0.0661973
20 42 0 8 0.0865558
20 43 0 8 0.117971
20 44 0 8 0.104244
20 45 0 8 0.0874318
20 46 0 8 0.089375
20 47 0 8 0.0530702
20 50 0 8 0.0747272
20 53 0 8 0.0822193
20 61 0 8 0.055646
21 30 0 8 0.136052
21 31 0 8 0.0751841
21 32 0 8 0.115392
21 33 0 8 0.0843634
21 34 0 8 0.113014
21 35 0 8 0.182419
21 36 0 8 0.0745662
21 37 0 8 0.0623356
21 38 0 8 0.076983
21 39 0 8 0.0618462
21 40 0 8 0.0889349
21 42 0 8 0.0618857
21 43 0 8 0.0894372
21 44 0 8 0.115806
21 45 0 8 0.0703367
21 46 0 8 0.08871
21 49 0 8 0.0527366
21 50 0 8 0.0912331
21 53 0 8 0.0624644
21 58 0 8 0.0859494
22 31 0 8 0.0610747
22 32 0 8 0.0688818
22 33 0 8 0.0824618
22 34 0 8 0.0674528
22 35 0 8 0.0848376
22 40 0 8 0.0508777
22 42 0 8 0.0694909
22 43 0 8 0.0618126
22 44 0 8 0.0493182
22 53 0 8 0.0572628
23 33 0 8 0.0612475
24 33 0 8 0.0700063
24 35 0 8 0.102826
24 39 0 8 0.0496026
24 43 0 8 0.0491143
24 44 0 8 0.0548546
25 34 0 8 0.0569692
25 35 0 8 0.12241
25 36 0 8 0.0857169
25 38 0 8 0.0862493
25 39 0 8 0.0967298
25 42 0 8 0.0605344
25 43 0 8 0.0782466
25 44 0 8 0.14444
25 45 0 8 0.0751465
25 46 0 8 0.0715955
25 47 0 8 0.0679265
25 49 0 8 0.064422
25 50 0 8 0.0790599
25 53 0 8 0.0647136
26 35 0 8 0.265709
26 36 0 8 0.105416
26 37 0 8 0.19513
26 38 0 8 0.147763
26 39 0 8 0.0984087
26 40 0 8 0.0602657
26 41 0 8 0.0616975
26 42 0 8 0.0629654
26 43 0 8 0.0672998
26 44 0 8 0.0890887
26 45 0 8 0.112549
26 46 0 8 0.104714
26 49 0 8 0.0682154
26 51 0 8 0.0920038
26 53 0 8 0.0656526
27 36 0 8 0.453441
27 37 0 8 0.187877
27 38 0 8 0.523266
27 39 0 8 0.0643274
27 40 0 8 0.0659594
27 41 0 8 0.0778707
27 42 0 8 0.308444
27 43 0 8 0.329774
27 44 0 8 0.215656
27 45 0 8 0.321186
27 46 0 8 0.211408
27 49 0 8 0.0607651
27 50 0 8 0.125461
27 53 0 8 0.137817
28 37 0 8 0.0854458
28 38 0 8 0.118158
28 39 0 8 0.06405
28 40 0 8 0.06176
28 41 0 8 0.0776722
28 42 0 8 0.107702
28 43 0 8 0.129066
28 44 0 8 0.114572
28 45 0 8 0.120011
28 46 0 8 0.080898
28 50 0 8 0.0879717
28 53 0 8 0.106564
29 38 0 8 0.140569
29 39 0 8 0.0692081
29 40 0 8 0.0719099
29 41 0 8 0.0657614
29 42 0 8 0.0807232
29 43 0 8 0.101056
29 44 0 8 0.100122
29 45 0 8 0.10573
29 46 0 8 0.0754789
29 50 0 8 0.0501713
30 40 0 8 0.0557563
30 41 0 8 0.0531563
30 43 0 8 0.067354
30 44 0 8 0.0659199
31 40 0 8 0.0679727
31 41 0 8 0.0577663
31 43 0 8 0.0519322
31 44 0 8 0.0583622
31 53 0 8 0.050629
32 41 0 8 0.0852281
32 42 0 8 0.0928878
32 43 0 8 0.125304
32 44 0 8 0.221148
32 45 0 8 0.129847
32 46 0 8 0.164043
32 47 0 8 0.114671
32 49 0 8 0.0952175
32 50 0 8 0.094648
32 53 0 8 0.124736
32 54 0 8 0.0560254
33 42 0 8 0.106379
33 43 0 8 0.118729
33 44 0 8 0.130034
33 45 0 8 0.132088
33 46 0 8 0.112168
33 47 0 8 0.0686545
33 49 0 8 0.0873466
33 50 0 8 0.0792141
33 53 0 8 0.0633411
33 61 0 8 0.0578879
33 66 0 8 0.068471
34 43 0 8 0.328875
34 44 0 8 0.504113
34 45 0 8 0.409517
34 46 0 8 0.34904
34 47 0 8 0.096049
34 49 0 8 0.178585
34 50 0 8 0.678158
34 51 0 8 0.0657748
34 52 0 8 0.0705761
34 53 0 8 0.270409
34 54 0 8 0.0547832
34 57 0 8 0.0856611
34 58 0 8 0.0870122
34 61 0 8 0.0499092
34 66 0 8 0.0551569
35 44 0 8 0.318088
35 45 0 8 0.314719
35 46 0 8 0.245023
35 47 0 8 0.09594
35 49 0 8 0.162219
35 50 0 8 0.353221
35 51 0 8 0.189578
35 53 0 8 0.325888
35 57 0 8 0.0578247
35 59 0 8 0.0847942
36 45 0 8 0.31199
36 46 0 8 0.445223
36 47 0 8 0.0707893
36 49 0 8 0.118785
36 50 0 8 0.158858
36 53 0 8 0.139691
36 61 0 8 0.054422
36 64 0 8 0.0508
37 46 0 8 0.170877
37 47 0 8 0.0772334
37 49 0 8 0.074292
37 50 0 8 0.0993587
37 53 0 8 0.0788682
38 47 0 8 0.0980467
38 49 0 8 0.114918
38 50 0 8 0.28698
38 51 0 8 0.055969
38 53 0 8 0.182177
38 61 0 8 0.101505
39 49 0 8 0.138494
39 50 0 8 0.0971429
39 51 0 8 0.0499688
39 53 0 8 0.0668728
40 49 0 8 0.0941207
40 50 0 8 0.081395
40 53 0 8 0.0616722
41 50 0 8 0.0737447
41 53 0 8 0.0543739
42 51 0 8 0.0743062
42 52 0 8 0.0535101
42 53 0 8 0.213043
42 54 0 8 0.0568382
42 57 0 8 0.0802184
42 58 0 8 0.10427
42 59 0 8 0.0554088
42 60 0 8 0.0736155
42 61 0 8 0.119517
42 62 0 8 0.0595688
42 63 0 8 0.0494356
42 64 0 8 0.0686015
42 65 0 8 0.0537319
42 66 0 8 0.0503157
43 52 0 8 0.0692121
43 53 0 8 0.199327
43 54 0 8 0.0770892
43 55 0 8 0.0560638
43 57 0 8 0.0971175
43 58 0 8 0.0816109
43 59 0 8 0.0616422
43 60 0 8 0.0648176
43 61 0 8 0.0800477
43 64 0 8 0.067573
43 65 0 8 0.0715208
43 66 0 8 0.0537719
44 53 0 8 0.173561
44 54 0 8 0.0730861
44 55 0 8 0.0571615
44 57 0 8 0.102862
44 58 0 8 0.0941027
44 59 0 8 0.0730842
44 60 0 8 0.0492839
44 61 0 8 0.0887071
44 62 0 8 0.0537477
44 64 0 8 0.055774
44 65 0 8 0.057983
44 66 0 8 0.0631857
45 58 0 8 0.0528365
45 61 0 8 0.0636046
46 57 0 8 0.0759346
46 58 0 8 0.116538
46 61 0 8 0.109109
46 64 0 8 0.0518648
47 57 0 8 0.0688334
47 58 0 8 0.0993229
47 59 0 8 0.0486369
47 61 0 8 0.0670037
50 59 0 8 0.0973556
50 61 0 8 0.0793973
50 62 0 8 0.0798532
50 64 0 8 0.049696
51 61 0 8 0.0526981
53 65 0 8 0.0526073
END