# TARGET T0348 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 155 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.020 0.888 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.002 0.052 0.004 0.004 0.005 2 D 0.001 0.022 0.850 0.001 0.002 0.092 0.001 0.001 0.002 0.020 0.003 0.001 0.009 3 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.019 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 0.919 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.016 0.963 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 7 E 0.003 0.001 0.012 0.001 0.026 0.903 0.001 0.001 0.002 0.007 0.040 0.003 0.003 8 I 0.003 0.001 0.005 0.001 0.012 0.921 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.001 0.002 9 L 0.004 0.003 0.009 0.001 0.005 0.815 0.001 0.001 0.002 0.011 0.143 0.002 0.004 10 V 0.006 0.008 0.124 0.001 0.003 0.608 0.002 0.001 0.004 0.050 0.183 0.003 0.006 11 C 0.001 0.005 0.768 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 0.004 0.131 0.016 0.013 0.009 12 P 0.001 0.018 0.422 0.003 0.072 0.047 0.001 0.001 0.005 0.125 0.271 0.002 0.035 13 L 0.007 0.017 0.188 0.002 0.177 0.028 0.001 0.001 0.005 0.142 0.392 0.027 0.012 14 C 0.005 0.036 0.180 0.004 0.169 0.027 0.001 0.001 0.009 0.178 0.339 0.015 0.037 15 K 0.004 0.008 0.257 0.053 0.048 0.017 0.001 0.001 0.002 0.283 0.278 0.012 0.038 16 G 0.009 0.016 0.442 0.031 0.029 0.018 0.001 0.001 0.002 0.269 0.059 0.079 0.044 17 P 0.013 0.028 0.389 0.018 0.030 0.018 0.002 0.001 0.005 0.124 0.058 0.041 0.273 18 L 0.133 0.027 0.260 0.038 0.017 0.023 0.028 0.001 0.013 0.047 0.041 0.103 0.270 19 V 0.208 0.014 0.104 0.003 0.004 0.006 0.019 0.001 0.007 0.011 0.009 0.459 0.154 20 F 0.217 0.023 0.093 0.014 0.004 0.007 0.019 0.001 0.002 0.012 0.007 0.039 0.563 21 D 0.038 0.021 0.417 0.014 0.007 0.009 0.005 0.001 0.004 0.045 0.008 0.181 0.251 22 K 0.003 0.003 0.113 0.013 0.073 0.111 0.001 0.001 0.001 0.145 0.466 0.008 0.064 23 S 0.002 0.004 0.079 0.004 0.080 0.078 0.001 0.001 0.001 0.148 0.574 0.020 0.012 24 K 0.003 0.015 0.194 0.010 0.079 0.038 0.001 0.001 0.002 0.117 0.475 0.013 0.054 25 D 0.008 0.003 0.267 0.065 0.019 0.014 0.001 0.001 0.002 0.200 0.356 0.023 0.042 26 E 0.298 0.022 0.156 0.004 0.003 0.005 0.037 0.001 0.006 0.016 0.006 0.137 0.309 27 L 0.344 0.038 0.037 0.001 0.002 0.003 0.056 0.001 0.010 0.004 0.002 0.072 0.430 28 I 0.344 0.039 0.138 0.013 0.001 0.003 0.061 0.001 0.009 0.005 0.003 0.220 0.165 29 C 0.018 0.006 0.546 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.010 0.002 0.016 0.387 30 K 0.001 0.001 0.078 0.004 0.061 0.043 0.001 0.001 0.001 0.100 0.700 0.003 0.009 31 G 0.001 0.001 0.014 0.001 0.034 0.042 0.001 0.001 0.001 0.077 0.828 0.001 0.001 32 D 0.001 0.003 0.086 0.002 0.052 0.049 0.001 0.001 0.001 0.137 0.663 0.003 0.004 33 R 0.001 0.009 0.311 0.010 0.019 0.012 0.001 0.001 0.002 0.066 0.551 0.001 0.019 34 L 0.008 0.129 0.361 0.005 0.023 0.022 0.008 0.001 0.006 0.086 0.036 0.108 0.207 35 A 0.017 0.104 0.125 0.034 0.022 0.012 0.019 0.001 0.020 0.051 0.044 0.030 0.522 36 F 0.005 0.021 0.271 0.043 0.005 0.006 0.011 0.001 0.012 0.080 0.009 0.482 0.054 37 P 0.003 0.026 0.506 0.018 0.005 0.004 0.015 0.001 0.016 0.023 0.018 0.020 0.347 38 I 0.020 0.044 0.287 0.023 0.072 0.015 0.024 0.001 0.012 0.092 0.212 0.096 0.103 39 K 0.013 0.049 0.293 0.011 0.069 0.015 0.008 0.001 0.017 0.105 0.285 0.064 0.072 40 D 0.001 0.005 0.135 0.008 0.050 0.012 0.001 0.001 0.005 0.153 0.614 0.006 0.010 41 G 0.001 0.009 0.187 0.017 0.015 0.007 0.001 0.001 0.004 0.339 0.410 0.002 0.010 42 I 0.001 0.027 0.583 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.009 0.229 0.014 0.103 0.016 43 P 0.002 0.053 0.446 0.013 0.031 0.008 0.004 0.001 0.019 0.056 0.055 0.004 0.310 44 M 0.029 0.108 0.306 0.027 0.062 0.012 0.025 0.002 0.031 0.065 0.106 0.168 0.058 45 M 0.027 0.153 0.338 0.001 0.035 0.008 0.015 0.001 0.016 0.140 0.028 0.077 0.161 46 L 0.001 0.042 0.601 0.001 0.015 0.017 0.001 0.001 0.009 0.183 0.013 0.005 0.113 47 E 0.001 0.001 0.061 0.001 0.137 0.598 0.001 0.001 0.001 0.050 0.150 0.001 0.002 48 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.147 0.681 0.001 0.001 0.001 0.012 0.151 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.121 0.731 0.001 0.001 0.001 0.020 0.106 0.001 0.001 50 A 0.001 0.013 0.102 0.001 0.060 0.719 0.001 0.001 0.001 0.049 0.038 0.001 0.016 51 R 0.001 0.010 0.072 0.001 0.016 0.796 0.001 0.001 0.001 0.033 0.035 0.030 0.006 52 E 0.001 0.016 0.151 0.004 0.014 0.632 0.001 0.001 0.001 0.044 0.095 0.001 0.043 53 L 0.001 0.033 0.352 0.004 0.009 0.437 0.001 0.001 0.001 0.117 0.026 0.014 0.006 54 A 0.001 0.009 0.850 0.001 0.011 0.073 0.001 0.001 0.001 0.037 0.006 0.002 0.011 55 P 0.001 0.003 0.209 0.001 0.281 0.214 0.001 0.001 0.001 0.034 0.251 0.001 0.006 56 E 0.001 0.005 0.061 0.001 0.296 0.250 0.001 0.001 0.001 0.090 0.288 0.004 0.005 57 E 0.004 0.007 0.163 0.001 0.145 0.315 0.001 0.001 0.003 0.252 0.074 0.014 0.021 58 E 0.005 0.036 0.323 0.001 0.031 0.280 0.001 0.001 0.007 0.127 0.118 0.018 0.052 59 V 0.001 0.009 0.829 0.001 0.005 0.065 0.001 0.001 0.005 0.021 0.035 0.010 0.018 60 K 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002