# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0548 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.054 0.035 0.057 0.056 0.086 0.135 0.124 0.146 0.140 0.119 2 D 0.052 0.160 0.090 0.195 0.167 0.123 0.114 0.049 0.029 0.014 0.007 3 A 0.327 0.157 0.171 0.172 0.091 0.045 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 4 K 0.178 0.127 0.131 0.241 0.153 0.091 0.057 0.013 0.005 0.002 0.001 5 F 0.005 0.005 0.017 0.025 0.028 0.043 0.146 0.179 0.229 0.195 0.129 6 L 0.002 0.003 0.022 0.036 0.070 0.134 0.277 0.193 0.146 0.079 0.038 7 E 0.008 0.029 0.458 0.203 0.113 0.083 0.057 0.026 0.013 0.007 0.003 8 I 0.002 0.007 0.029 0.038 0.065 0.123 0.268 0.200 0.140 0.092 0.037 9 L 0.005 0.003 0.009 0.008 0.007 0.011 0.055 0.107 0.222 0.298 0.276 10 V 0.004 0.014 0.027 0.046 0.067 0.097 0.195 0.160 0.169 0.130 0.092 11 C 0.008 0.034 0.082 0.075 0.071 0.082 0.162 0.157 0.158 0.111 0.060 12 P 0.118 0.091 0.069 0.135 0.129 0.110 0.135 0.087 0.063 0.041 0.022 13 L 0.065 0.066 0.033 0.111 0.135 0.132 0.187 0.113 0.087 0.049 0.023 14 C 0.037 0.029 0.014 0.059 0.076 0.084 0.144 0.148 0.172 0.131 0.105 15 K 0.142 0.158 0.074 0.223 0.156 0.102 0.077 0.034 0.019 0.010 0.005 16 G 0.138 0.085 0.026 0.112 0.116 0.143 0.175 0.101 0.060 0.033 0.011 17 P 0.219 0.214 0.077 0.236 0.125 0.067 0.035 0.014 0.007 0.004 0.002 18 L 0.008 0.007 0.005 0.013 0.018 0.029 0.097 0.135 0.238 0.260 0.191 19 V 0.034 0.147 0.104 0.318 0.200 0.095 0.062 0.022 0.011 0.005 0.003 20 F 0.013 0.020 0.013 0.041 0.059 0.081 0.177 0.178 0.194 0.147 0.078 21 D 0.068 0.135 0.079 0.234 0.182 0.126 0.099 0.039 0.023 0.009 0.005 22 K 0.309 0.230 0.083 0.162 0.098 0.054 0.038 0.014 0.007 0.003 0.001 23 S 0.462 0.222 0.053 0.108 0.060 0.037 0.029 0.012 0.008 0.005 0.003 24 K 0.257 0.198 0.084 0.201 0.129 0.067 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 25 D 0.211 0.132 0.067 0.153 0.122 0.112 0.107 0.048 0.029 0.013 0.006 26 E 0.022 0.087 0.080 0.291 0.222 0.141 0.093 0.036 0.017 0.007 0.003 27 L 0.007 0.004 0.005 0.010 0.016 0.034 0.109 0.176 0.226 0.250 0.163 28 I 0.009 0.035 0.048 0.189 0.205 0.176 0.162 0.081 0.054 0.026 0.016 29 C 0.004 0.010 0.017 0.023 0.031 0.053 0.134 0.164 0.226 0.193 0.145 30 K 0.155 0.158 0.102 0.289 0.152 0.073 0.042 0.015 0.007 0.003 0.002 31 G 0.404 0.153 0.060 0.103 0.077 0.060 0.066 0.034 0.024 0.013 0.007 32 D 0.090 0.074 0.051 0.141 0.115 0.117 0.146 0.093 0.075 0.055 0.043 33 R 0.061 0.143 0.108 0.244 0.175 0.128 0.086 0.029 0.016 0.008 0.004 34 L 0.019 0.028 0.033 0.070 0.079 0.092 0.148 0.148 0.151 0.126 0.104 35 A 0.064 0.076 0.055 0.163 0.165 0.144 0.146 0.082 0.054 0.030 0.021 36 F 0.006 0.009 0.008 0.027 0.047 0.078 0.176 0.171 0.205 0.159 0.115 37 P 0.078 0.176 0.082 0.236 0.168 0.104 0.075 0.032 0.023 0.014 0.010 38 I 0.003 0.002 0.002 0.006 0.011 0.016 0.055 0.106 0.203 0.256 0.340 39 K 0.191 0.206 0.117 0.216 0.136 0.066 0.042 0.014 0.007 0.003 0.003 40 D 0.142 0.125 0.063 0.176 0.124 0.115 0.137 0.060 0.033 0.016 0.007 41 G 0.348 0.148 0.058 0.127 0.096 0.073 0.059 0.033 0.024 0.019 0.015 42 I 0.007 0.024 0.011 0.040 0.054 0.073 0.147 0.148 0.188 0.171 0.136 43 P 0.033 0.050 0.035 0.104 0.112 0.137 0.182 0.112 0.103 0.074 0.059 44 M 0.053 0.041 0.037 0.076 0.086 0.109 0.218 0.137 0.120 0.073 0.051 45 M 0.014 0.032 0.024 0.081 0.099 0.109 0.169 0.149 0.123 0.111 0.090 46 L 0.003 0.013 0.010 0.021 0.029 0.049 0.100 0.124 0.203 0.227 0.220 47 E 0.043 0.076 0.098 0.253 0.249 0.148 0.094 0.024 0.011 0.004 0.001 48 S 0.428 0.143 0.263 0.119 0.031 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.026 0.030 0.093 0.129 0.123 0.150 0.223 0.099 0.070 0.037 0.022 50 A 0.003 0.003 0.019 0.013 0.018 0.045 0.177 0.181 0.223 0.191 0.128 51 R 0.006 0.025 0.424 0.235 0.167 0.084 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 52 E 0.069 0.072 0.644 0.114 0.054 0.029 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 53 L 0.005 0.007 0.011 0.017 0.036 0.092 0.288 0.201 0.160 0.121 0.063 54 A 0.193 0.286 0.110 0.087 0.070 0.061 0.084 0.044 0.032 0.022 0.010 55 P 0.407 0.240 0.207 0.087 0.035 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 56 E 0.577 0.164 0.106 0.082 0.039 0.016 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 57 E 0.297 0.142 0.154 0.150 0.086 0.064 0.059 0.024 0.015 0.006 0.003 58 E 0.242 0.139 0.155 0.182 0.109 0.082 0.056 0.020 0.010 0.004 0.002 59 V 0.104 0.078 0.165 0.092 0.091 0.126 0.141 0.091 0.060 0.036 0.016 60 K 0.174 0.203 0.160 0.172 0.110 0.065 0.054 0.029 0.018 0.010 0.004