# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0548 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.098 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.017 0.084 0.548 2 D 0.136 0.148 0.010 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.011 0.102 0.503 3 A 0.020 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.051 0.879 4 K 0.016 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.448 0.459 5 F 0.195 0.059 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.423 0.282 6 L 0.128 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.007 0.146 7 E 0.039 0.666 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.015 0.038 0.184 8 I 0.166 0.575 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.028 0.008 0.183 9 L 0.147 0.566 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.082 0.036 0.007 0.120 10 V 0.040 0.349 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.007 0.202 0.033 0.017 0.281 11 C 0.053 0.152 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.008 0.002 0.012 0.002 0.001 0.278 0.026 0.035 0.353 12 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.009 0.978 13 L 0.041 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.018 0.110 0.682 14 C 0.262 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.017 0.097 0.492 15 K 0.140 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.026 0.103 0.575 16 G 0.043 0.009 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.007 0.207 0.627 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.021 0.002 0.001 0.002 0.014 0.062 0.260 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.055 0.049 0.126 0.004 0.067 0.312 19 V 0.019 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.050 0.599 0.045 0.071 0.002 0.036 0.138 20 F 0.021 0.016 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.004 0.006 0.032 0.009 0.032 0.003 0.001 0.269 0.006 0.078 0.510 21 D 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.079 0.693 0.017 0.050 0.004 0.002 0.001 0.050 0.001 0.018 0.069 22 K 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.010 0.109 0.636 23 S 0.024 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.014 0.566 0.279 24 K 0.208 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.079 0.313 0.343 25 D 0.044 0.101 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.050 0.270 0.485 26 E 0.186 0.010 0.221 0.003 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.027 0.208 0.261 27 L 0.031 0.022 0.002 0.004 0.015 0.114 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.102 0.029 0.384 0.004 0.050 0.224 28 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.028 0.822 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.046 0.001 0.007 0.031 29 C 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.007 0.015 0.334 0.012 0.020 0.006 0.004 0.003 0.315 0.002 0.036 0.208 30 K 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.377 0.010 0.109 0.440 31 G 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.014 0.393 0.443 32 D 0.186 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.031 0.218 0.465 33 R 0.215 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.047 0.160 0.410 34 L 0.123 0.055 0.112 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.015 0.258 0.299 35 A 0.086 0.057 0.014 0.005 0.021 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.257 0.014 0.088 0.423 36 F 0.047 0.043 0.004 0.001 0.030 0.107 0.312 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.184 0.005 0.031 0.202 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 38 I 0.015 0.022 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.044 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.560 0.004 0.035 0.296 39 K 0.015 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.195 0.002 0.110 0.497 40 D 0.028 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.007 0.061 0.683 41 G 0.144 0.065 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.031 0.060 0.525 42 I 0.438 0.026 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.013 0.055 0.334 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 M 0.013 0.014 0.002 0.003 0.139 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.189 0.005 0.077 0.515 45 M 0.093 0.156 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.006 0.089 0.494 46 L 0.122 0.208 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.013 0.060 0.407 47 E 0.091 0.211 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.009 0.052 0.414 48 S 0.016 0.132 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.162 0.655 49 E 0.092 0.231 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.193 0.454 50 A 0.076 0.712 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.021 0.173 51 R 0.135 0.655 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.013 0.015 0.158 52 E 0.143 0.626 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.005 0.184 53 L 0.300 0.469 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.066 0.003 0.136 54 A 0.112 0.288 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.039 0.082 0.440 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.100 0.857 57 E 0.313 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.011 0.085 0.533 58 E 0.126 0.136 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.008 0.065 0.616 59 V 0.128 0.186 0.009 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.010 0.040 0.518 60 K 0.068 0.199 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.130 0.009 0.048 0.519