# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0548 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.282 0.141 0.035 0.007 0.004 0.006 0.069 0.005 0.001 0.004 0.447 2 D 0.094 0.068 0.012 0.007 0.004 0.007 0.158 0.011 0.001 0.004 0.635 3 A 0.063 0.056 0.012 0.008 0.002 0.003 0.052 0.002 0.001 0.005 0.797 4 K 0.012 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.341 0.001 0.001 0.002 0.583 5 F 0.063 0.354 0.002 0.009 0.004 0.005 0.152 0.006 0.001 0.004 0.401 6 L 0.027 0.851 0.001 0.006 0.003 0.009 0.020 0.003 0.001 0.002 0.079 7 E 0.033 0.844 0.001 0.004 0.003 0.028 0.025 0.014 0.001 0.002 0.045 8 I 0.101 0.826 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.048 9 L 0.062 0.871 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.016 10 V 0.122 0.607 0.024 0.007 0.008 0.015 0.003 0.116 0.001 0.001 0.096 11 C 0.146 0.170 0.103 0.048 0.045 0.082 0.041 0.048 0.001 0.001 0.317 12 P 0.003 0.002 0.006 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.973 13 L 0.018 0.003 0.003 0.071 0.021 0.048 0.163 0.001 0.001 0.003 0.668 14 C 0.204 0.009 0.005 0.049 0.012 0.031 0.085 0.001 0.001 0.010 0.593 15 K 0.101 0.024 0.002 0.071 0.016 0.038 0.066 0.002 0.001 0.005 0.674 16 G 0.125 0.007 0.004 0.056 0.027 0.048 0.098 0.001 0.001 0.007 0.628 17 P 0.013 0.002 0.001 0.015 0.007 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.938 18 L 0.029 0.010 0.002 0.038 0.086 0.153 0.093 0.001 0.001 0.003 0.586 19 V 0.124 0.026 0.002 0.044 0.135 0.214 0.058 0.002 0.001 0.006 0.391 20 F 0.094 0.071 0.002 0.060 0.158 0.222 0.055 0.004 0.001 0.003 0.331 21 D 0.099 0.040 0.004 0.042 0.149 0.222 0.106 0.004 0.001 0.006 0.327 22 K 0.044 0.019 0.006 0.033 0.046 0.068 0.106 0.003 0.001 0.007 0.668 23 S 0.049 0.010 0.004 0.016 0.032 0.041 0.413 0.004 0.001 0.022 0.409 24 K 0.232 0.013 0.015 0.016 0.012 0.015 0.208 0.002 0.001 0.050 0.436 25 D 0.107 0.029 0.010 0.029 0.025 0.027 0.330 0.002 0.001 0.026 0.416 26 E 0.126 0.025 0.010 0.035 0.057 0.075 0.285 0.001 0.001 0.025 0.362 27 L 0.070 0.047 0.005 0.062 0.146 0.218 0.121 0.002 0.001 0.006 0.323 28 I 0.028 0.034 0.003 0.059 0.216 0.377 0.062 0.002 0.001 0.003 0.217 29 C 0.027 0.027 0.002 0.033 0.185 0.349 0.060 0.002 0.001 0.003 0.312 30 K 0.018 0.011 0.002 0.032 0.123 0.168 0.036 0.002 0.001 0.002 0.606 31 G 0.022 0.008 0.002 0.023 0.061 0.104 0.188 0.002 0.001 0.009 0.581 32 D 0.139 0.012 0.003 0.035 0.033 0.044 0.221 0.002 0.001 0.023 0.487 33 R 0.208 0.034 0.009 0.048 0.038 0.057 0.196 0.004 0.001 0.031 0.375 34 L 0.184 0.038 0.010 0.068 0.091 0.116 0.173 0.003 0.001 0.020 0.296 35 A 0.083 0.033 0.016 0.075 0.068 0.162 0.101 0.003 0.001 0.009 0.450 36 F 0.029 0.009 0.004 0.075 0.334 0.296 0.050 0.001 0.001 0.002 0.200 37 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.956 38 I 0.003 0.001 0.001 0.098 0.207 0.413 0.082 0.001 0.001 0.002 0.193 39 K 0.088 0.008 0.001 0.047 0.058 0.128 0.163 0.001 0.001 0.012 0.495 40 D 0.092 0.027 0.001 0.027 0.021 0.043 0.195 0.002 0.001 0.011 0.582 41 G 0.465 0.011 0.006 0.038 0.016 0.024 0.145 0.005 0.001 0.062 0.227 42 I 0.349 0.011 0.063 0.045 0.026 0.021 0.213 0.001 0.001 0.020 0.250 43 P 0.002 0.001 0.006 0.010 0.008 0.015 0.028 0.001 0.001 0.001 0.929 44 M 0.019 0.003 0.001 0.115 0.121 0.275 0.100 0.001 0.001 0.003 0.363 45 M 0.103 0.015 0.002 0.139 0.099 0.156 0.074 0.001 0.001 0.005 0.406 46 L 0.028 0.023 0.001 0.105 0.150 0.282 0.095 0.001 0.001 0.002 0.314 47 E 0.009 0.009 0.001 0.117 0.035 0.108 0.049 0.001 0.001 0.001 0.671 48 S 0.011 0.019 0.001 0.058 0.017 0.042 0.177 0.001 0.001 0.003 0.672 49 E 0.094 0.045 0.001 0.025 0.027 0.032 0.302 0.005 0.001 0.015 0.455 50 A 0.181 0.301 0.005 0.042 0.028 0.046 0.118 0.005 0.001 0.010 0.265 51 R 0.132 0.339 0.004 0.020 0.020 0.044 0.089 0.007 0.001 0.007 0.339 52 E 0.234 0.308 0.005 0.005 0.006 0.012 0.022 0.009 0.001 0.002 0.397 53 L 0.339 0.348 0.007 0.014 0.012 0.016 0.013 0.029 0.001 0.001 0.221 54 A 0.209 0.118 0.029 0.013 0.020 0.023 0.074 0.013 0.001 0.002 0.500 55 P 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.983 56 E 0.015 0.005 0.001 0.013 0.006 0.026 0.199 0.001 0.001 0.002 0.732 57 E 0.455 0.024 0.002 0.006 0.002 0.004 0.058 0.001 0.001 0.006 0.442 58 E 0.203 0.278 0.001 0.015 0.008 0.009 0.059 0.004 0.001 0.003 0.421 59 V 0.236 0.246 0.008 0.021 0.016 0.029 0.062 0.002 0.001 0.006 0.374 60 K 0.091 0.283 0.003 0.029 0.027 0.048 0.062 0.005 0.001 0.003 0.448