# TARGET T0348 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 155 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.179 0.127 0.021 0.064 0.017 0.025 0.171 0.114 0.218 0.037 2 D 0.106 0.162 0.068 0.006 0.193 0.002 0.004 0.280 0.101 0.044 0.036 3 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.747 0.231 0.007 0.001 4 K 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.018 0.884 0.077 0.007 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.830 0.128 0.031 0.001 6 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.871 0.109 0.008 0.002 7 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.846 0.133 0.003 0.001 8 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.072 0.826 0.083 0.006 0.001 9 L 0.008 0.001 0.001 0.003 0.006 0.005 0.107 0.607 0.135 0.120 0.007 10 V 0.010 0.038 0.051 0.031 0.028 0.027 0.051 0.257 0.109 0.385 0.014 11 C 0.078 0.148 0.056 0.011 0.260 0.004 0.010 0.255 0.074 0.055 0.049 12 P 0.002 0.014 0.010 0.004 0.010 0.009 0.084 0.585 0.260 0.019 0.001 13 L 0.009 0.021 0.007 0.004 0.015 0.016 0.344 0.425 0.090 0.062 0.006 14 C 0.039 0.319 0.069 0.016 0.194 0.036 0.074 0.124 0.048 0.072 0.010 15 K 0.093 0.045 0.042 0.094 0.062 0.024 0.037 0.045 0.067 0.331 0.160 16 G 0.006 0.264 0.498 0.093 0.044 0.022 0.020 0.020 0.014 0.017 0.004 17 P 0.093 0.375 0.063 0.001 0.417 0.001 0.004 0.016 0.010 0.005 0.015 18 L 0.393 0.074 0.009 0.001 0.395 0.003 0.003 0.007 0.008 0.017 0.090 19 V 0.182 0.205 0.036 0.002 0.519 0.003 0.006 0.009 0.002 0.007 0.027 20 F 0.122 0.353 0.085 0.005 0.323 0.004 0.003 0.012 0.006 0.034 0.053 21 D 0.158 0.177 0.054 0.015 0.491 0.008 0.006 0.040 0.020 0.010 0.020 22 K 0.020 0.031 0.026 0.019 0.025 0.015 0.037 0.540 0.232 0.044 0.011 23 S 0.005 0.034 0.031 0.025 0.012 0.048 0.200 0.415 0.123 0.099 0.007 24 K 0.061 0.208 0.037 0.017 0.141 0.013 0.035 0.250 0.120 0.081 0.036 25 D 0.049 0.055 0.035 0.026 0.065 0.024 0.029 0.170 0.140 0.274 0.133 26 E 0.044 0.410 0.078 0.008 0.279 0.008 0.023 0.086 0.030 0.024 0.010 27 L 0.395 0.080 0.014 0.002 0.346 0.004 0.014 0.068 0.014 0.015 0.047 28 I 0.075 0.228 0.108 0.084 0.180 0.075 0.059 0.057 0.018 0.058 0.057 29 C 0.104 0.302 0.152 0.024 0.322 0.003 0.003 0.036 0.015 0.011 0.027 30 K 0.008 0.036 0.036 0.015 0.014 0.013 0.037 0.514 0.285 0.038 0.005 31 G 0.006 0.011 0.009 0.010 0.010 0.034 0.237 0.467 0.152 0.057 0.006 32 D 0.026 0.216 0.049 0.020 0.076 0.015 0.050 0.283 0.174 0.080 0.012 33 R 0.027 0.023 0.013 0.018 0.026 0.020 0.039 0.193 0.230 0.302 0.110 34 L 0.078 0.170 0.036 0.008 0.205 0.018 0.047 0.194 0.146 0.078 0.021 35 A 0.179 0.052 0.023 0.018 0.160 0.017 0.065 0.093 0.100 0.190 0.104 36 F 0.064 0.493 0.145 0.012 0.232 0.004 0.004 0.010 0.006 0.012 0.018 37 P 0.085 0.337 0.047 0.003 0.435 0.002 0.005 0.026 0.018 0.018 0.024 38 I 0.251 0.094 0.080 0.011 0.170 0.011 0.030 0.146 0.088 0.043 0.076 39 K 0.016 0.017 0.031 0.101 0.020 0.215 0.261 0.218 0.072 0.040 0.009 40 D 0.009 0.377 0.148 0.176 0.053 0.034 0.055 0.069 0.034 0.040 0.005 41 G 0.009 0.006 0.010 0.017 0.007 0.004 0.005 0.012 0.028 0.770 0.131 42 I 0.012 0.607 0.214 0.012 0.118 0.004 0.006 0.012 0.007 0.004 0.002 43 P 0.211 0.182 0.044 0.009 0.347 0.009 0.028 0.051 0.028 0.026 0.063 44 M 0.226 0.165 0.044 0.009 0.353 0.012 0.034 0.033 0.018 0.037 0.070 45 M 0.158 0.277 0.075 0.008 0.386 0.006 0.006 0.015 0.007 0.021 0.040 46 L 0.032 0.607 0.220 0.009 0.090 0.002 0.001 0.011 0.006 0.011 0.012 47 E 0.029 0.039 0.016 0.010 0.049 0.014 0.024 0.457 0.316 0.036 0.011 48 S 0.005 0.009 0.012 0.015 0.007 0.017 0.042 0.692 0.178 0.018 0.003 49 E 0.012 0.022 0.015 0.006 0.026 0.006 0.024 0.563 0.163 0.148 0.017 50 A 0.053 0.052 0.022 0.014 0.069 0.012 0.016 0.337 0.179 0.199 0.047 51 R 0.021 0.229 0.098 0.019 0.103 0.017 0.045 0.284 0.139 0.038 0.008 52 E 0.116 0.269 0.072 0.004 0.200 0.004 0.032 0.156 0.040 0.069 0.040 53 L 0.043 0.523 0.154 0.016 0.149 0.013 0.024 0.030 0.011 0.022 0.015 54 A 0.061 0.416 0.281 0.022 0.131 0.003 0.004 0.026 0.016 0.015 0.026 55 P 0.014 0.031 0.043 0.022 0.026 0.029 0.048 0.490 0.267 0.025 0.007 56 E 0.024 0.067 0.036 0.019 0.048 0.018 0.045 0.358 0.185 0.172 0.029 57 E 0.062 0.171 0.063 0.012 0.147 0.009 0.014 0.194 0.122 0.152 0.054 58 E 0.064 0.090 0.037 0.011 0.135 0.015 0.041 0.365 0.141 0.075 0.026 59 V 0.103 0.192 0.068 0.012 0.217 0.007 0.018 0.179 0.084 0.081 0.038 60 K 0.051 0.177 0.093 0.040 0.131 0.049 0.103 0.224 0.066 0.043 0.022