# TARGET T0348 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 155 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.645 0.213 0.090 0.042 0.010 0.001 0.001 2 D 0.563 0.233 0.114 0.063 0.022 0.004 0.001 3 A 0.695 0.212 0.068 0.019 0.005 0.001 0.001 4 K 0.487 0.325 0.117 0.047 0.018 0.005 0.001 5 F 0.124 0.123 0.176 0.290 0.197 0.081 0.007 6 L 0.171 0.229 0.222 0.205 0.127 0.041 0.004 7 E 0.235 0.373 0.220 0.122 0.042 0.008 0.001 8 I 0.128 0.129 0.165 0.248 0.233 0.091 0.007 9 L 0.102 0.111 0.111 0.192 0.217 0.235 0.032 10 V 0.093 0.169 0.207 0.235 0.181 0.101 0.015 11 C 0.156 0.168 0.183 0.191 0.172 0.117 0.013 12 P 0.184 0.204 0.195 0.209 0.146 0.057 0.005 13 L 0.229 0.291 0.240 0.166 0.058 0.015 0.001 14 C 0.268 0.284 0.225 0.165 0.050 0.008 0.001 15 K 0.349 0.373 0.182 0.078 0.016 0.001 0.001 16 G 0.212 0.236 0.221 0.200 0.109 0.021 0.001 17 P 0.192 0.395 0.284 0.102 0.023 0.003 0.001 18 L 0.027 0.067 0.145 0.361 0.331 0.068 0.001 19 V 0.080 0.374 0.380 0.134 0.028 0.004 0.001 20 F 0.053 0.120 0.227 0.384 0.191 0.025 0.001 21 D 0.562 0.331 0.084 0.021 0.002 0.001 0.001 22 K 0.790 0.168 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 23 S 0.877 0.108 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 24 K 0.618 0.303 0.063 0.014 0.002 0.001 0.001 25 D 0.399 0.383 0.150 0.054 0.012 0.001 0.001 26 E 0.101 0.364 0.328 0.167 0.036 0.004 0.001 27 L 0.016 0.055 0.120 0.270 0.353 0.179 0.007 28 I 0.018 0.095 0.226 0.355 0.247 0.057 0.002 29 C 0.070 0.154 0.177 0.251 0.248 0.095 0.006 30 K 0.131 0.293 0.291 0.212 0.061 0.011 0.001 31 G 0.330 0.337 0.166 0.108 0.045 0.013 0.002 32 D 0.122 0.182 0.220 0.257 0.161 0.053 0.005 33 R 0.293 0.273 0.187 0.145 0.074 0.026 0.002 34 L 0.176 0.160 0.171 0.188 0.166 0.120 0.020 35 A 0.121 0.149 0.148 0.202 0.195 0.155 0.030 36 F 0.110 0.105 0.130 0.194 0.231 0.190 0.040 37 P 0.173 0.177 0.169 0.197 0.164 0.099 0.022 38 I 0.143 0.155 0.163 0.209 0.202 0.112 0.017 39 K 0.225 0.246 0.223 0.195 0.084 0.024 0.003 40 D 0.459 0.290 0.143 0.072 0.029 0.006 0.001 41 G 0.436 0.310 0.145 0.076 0.026 0.007 0.001 42 I 0.159 0.130 0.141 0.235 0.207 0.116 0.012 43 P 0.260 0.250 0.197 0.157 0.093 0.039 0.004 44 M 0.252 0.237 0.193 0.153 0.110 0.049 0.006 45 M 0.166 0.157 0.162 0.199 0.190 0.112 0.014 46 L 0.085 0.123 0.179 0.271 0.239 0.095 0.008 47 E 0.197 0.287 0.266 0.181 0.056 0.012 0.001 48 S 0.423 0.339 0.150 0.063 0.020 0.004 0.001 49 E 0.281 0.245 0.229 0.165 0.066 0.013 0.001 50 A 0.140 0.149 0.206 0.290 0.183 0.031 0.001 51 R 0.422 0.371 0.151 0.046 0.009 0.001 0.001 52 E 0.581 0.305 0.090 0.020 0.004 0.001 0.001 53 L 0.164 0.157 0.263 0.316 0.093 0.007 0.001 54 A 0.671 0.236 0.073 0.017 0.003 0.001 0.001 55 P 0.843 0.126 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 56 E 0.856 0.114 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 57 E 0.796 0.141 0.046 0.014 0.002 0.001 0.001 58 E 0.822 0.135 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 59 V 0.768 0.148 0.052 0.026 0.006 0.001 0.001 60 K 0.818 0.136 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001