# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.947 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.002 0.003 2 D 0.001 0.002 0.965 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 3 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.020 0.929 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.042 0.888 0.001 0.001 0.001 0.007 0.052 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.061 0.904 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 6 L 0.001 0.002 0.037 0.001 0.030 0.903 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.002 0.005 7 E 0.005 0.001 0.020 0.003 0.035 0.879 0.002 0.001 0.010 0.011 0.017 0.006 0.010 8 I 0.004 0.001 0.012 0.001 0.032 0.873 0.002 0.002 0.005 0.014 0.040 0.002 0.011 9 L 0.011 0.005 0.026 0.001 0.016 0.799 0.006 0.007 0.014 0.015 0.081 0.007 0.013 10 V 0.008 0.026 0.105 0.002 0.009 0.610 0.008 0.005 0.016 0.051 0.129 0.012 0.017 11 C 0.001 0.008 0.551 0.001 0.004 0.143 0.001 0.001 0.008 0.222 0.035 0.011 0.015 12 P 0.001 0.003 0.240 0.001 0.058 0.132 0.001 0.001 0.001 0.092 0.461 0.001 0.010 13 L 0.002 0.007 0.115 0.001 0.075 0.058 0.001 0.001 0.002 0.156 0.567 0.006 0.012 14 C 0.003 0.020 0.221 0.005 0.077 0.045 0.001 0.001 0.004 0.214 0.369 0.022 0.020 15 K 0.002 0.016 0.387 0.003 0.027 0.020 0.001 0.001 0.001 0.308 0.188 0.007 0.038 16 G 0.002 0.013 0.391 0.006 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.430 0.061 0.058 0.017 17 P 0.003 0.022 0.588 0.009 0.017 0.013 0.001 0.001 0.002 0.089 0.065 0.006 0.185 18 L 0.035 0.020 0.522 0.069 0.020 0.014 0.004 0.001 0.005 0.063 0.060 0.055 0.134 19 V 0.117 0.016 0.087 0.001 0.003 0.004 0.007 0.001 0.004 0.010 0.006 0.656 0.087 20 F 0.131 0.015 0.075 0.004 0.003 0.005 0.007 0.001 0.003 0.011 0.004 0.021 0.720 21 D 0.104 0.005 0.250 0.055 0.006 0.010 0.005 0.001 0.003 0.028 0.018 0.420 0.095 22 K 0.086 0.007 0.091 0.006 0.030 0.022 0.006 0.001 0.002 0.101 0.167 0.047 0.436 23 S 0.048 0.007 0.140 0.013 0.037 0.021 0.003 0.001 0.001 0.103 0.240 0.309 0.076 24 K 0.007 0.004 0.175 0.038 0.037 0.014 0.001 0.001 0.001 0.176 0.476 0.026 0.046 25 D 0.017 0.002 0.191 0.018 0.022 0.010 0.001 0.001 0.001 0.254 0.410 0.030 0.045 26 E 0.160 0.019 0.196 0.008 0.009 0.009 0.015 0.001 0.005 0.061 0.029 0.117 0.370 27 L 0.273 0.028 0.079 0.002 0.004 0.006 0.029 0.001 0.007 0.017 0.006 0.241 0.306 28 I 0.245 0.028 0.150 0.012 0.002 0.007 0.033 0.002 0.007 0.022 0.006 0.194 0.291 29 C 0.037 0.020 0.487 0.009 0.003 0.010 0.004 0.001 0.006 0.055 0.010 0.118 0.242 30 K 0.006 0.003 0.120 0.011 0.074 0.102 0.001 0.001 0.001 0.129 0.509 0.018 0.025 31 G 0.005 0.002 0.073 0.004 0.096 0.046 0.001 0.001 0.001 0.118 0.625 0.011 0.018 32 D 0.012 0.010 0.228 0.022 0.182 0.057 0.001 0.001 0.001 0.209 0.206 0.033 0.040 33 R 0.027 0.018 0.278 0.016 0.127 0.045 0.004 0.001 0.006 0.133 0.182 0.038 0.125 34 L 0.072 0.024 0.213 0.017 0.074 0.057 0.013 0.003 0.019 0.089 0.107 0.112 0.200 35 A 0.113 0.034 0.193 0.037 0.029 0.040 0.019 0.003 0.028 0.075 0.054 0.046 0.328 36 F 0.048 0.011 0.190 0.015 0.008 0.029 0.008 0.001 0.027 0.141 0.012 0.451 0.059 37 P 0.028 0.031 0.342 0.004 0.009 0.035 0.005 0.002 0.028 0.027 0.021 0.022 0.446 38 I 0.064 0.023 0.257 0.011 0.082 0.212 0.009 0.009 0.028 0.038 0.112 0.052 0.104 39 K 0.071 0.013 0.107 0.010 0.114 0.221 0.010 0.008 0.018 0.076 0.190 0.091 0.070 40 D 0.008 0.004 0.081 0.023 0.068 0.089 0.002 0.004 0.006 0.127 0.548 0.015 0.023 41 G 0.005 0.008 0.195 0.019 0.028 0.032 0.001 0.001 0.005 0.216 0.459 0.009 0.023 42 I 0.007 0.036 0.524 0.005 0.012 0.042 0.003 0.001 0.026 0.179 0.028 0.078 0.058 43 P 0.016 0.063 0.315 0.019 0.055 0.070 0.008 0.003 0.061 0.078 0.059 0.030 0.224 44 M 0.041 0.041 0.270 0.057 0.091 0.087 0.020 0.009 0.050 0.068 0.086 0.082 0.099 45 M 0.039 0.073 0.238 0.006 0.064 0.073 0.023 0.007 0.047 0.135 0.088 0.071 0.133 46 L 0.006 0.032 0.517 0.005 0.015 0.049 0.002 0.001 0.024 0.196 0.015 0.036 0.100 47 E 0.002 0.006 0.072 0.004 0.119 0.622 0.001 0.001 0.002 0.061 0.088 0.005 0.018 48 S 0.001 0.001 0.018 0.002 0.213 0.623 0.001 0.001 0.001 0.019 0.120 0.001 0.003 49 E 0.001 0.004 0.036 0.003 0.223 0.577 0.001 0.001 0.002 0.024 0.123 0.003 0.005 50 A 0.002 0.012 0.130 0.003 0.160 0.531 0.001 0.001 0.003 0.040 0.099 0.002 0.019 51 R 0.004 0.013 0.161 0.003 0.082 0.471 0.001 0.001 0.010 0.106 0.097 0.038 0.014 52 E 0.003 0.029 0.285 0.002 0.044 0.347 0.002 0.001 0.012 0.087 0.119 0.006 0.065 53 L 0.001 0.040 0.550 0.001 0.011 0.137 0.001 0.001 0.007 0.161 0.059 0.015 0.017 54 A 0.001 0.014 0.880 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.002 0.061 0.015 0.002 0.006 55 P 0.001 0.006 0.242 0.001 0.190 0.186 0.001 0.001 0.001 0.063 0.305 0.001 0.005 56 E 0.001 0.003 0.077 0.001 0.383 0.164 0.001 0.001 0.001 0.059 0.304 0.003 0.003 57 E 0.001 0.005 0.210 0.002 0.353 0.139 0.001 0.001 0.002 0.175 0.100 0.004 0.009 58 E 0.001 0.024 0.475 0.001 0.076 0.139 0.001 0.001 0.008 0.136 0.085 0.007 0.047 59 V 0.001 0.030 0.715 0.001 0.010 0.063 0.001 0.001 0.010 0.088 0.044 0.015 0.021 60 K 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003