# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.028 0.067 0.728 2 D 0.035 0.816 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.006 0.060 3 A 0.017 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.005 0.056 4 K 0.009 0.833 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.013 0.104 5 F 0.051 0.734 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.017 0.096 6 L 0.108 0.494 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.130 0.030 0.158 7 E 0.235 0.246 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.052 0.054 0.391 8 I 0.199 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.063 0.108 0.546 9 L 0.006 0.074 0.011 0.004 0.002 0.002 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.050 0.216 0.568 10 V 0.041 0.052 0.004 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.039 0.108 0.690 11 C 0.163 0.046 0.045 0.001 0.013 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.154 0.078 0.458 12 P 0.143 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.047 0.120 0.601 13 L 0.121 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.032 0.103 0.666 14 C 0.005 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.041 0.130 0.731 15 K 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.022 0.100 0.806 16 G 0.057 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.018 0.093 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.120 0.059 0.099 0.444 17 P 0.040 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.040 0.102 0.629 18 L 0.017 0.027 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 0.005 0.001 0.002 0.002 0.033 0.015 0.038 0.002 0.218 0.028 0.071 0.519 19 V 0.013 0.006 0.001 0.001 0.010 0.040 0.603 0.043 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.083 0.037 0.019 0.125 20 F 0.007 0.008 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.029 0.052 0.729 21 D 0.175 0.037 0.017 0.002 0.074 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.207 0.039 0.399 22 K 0.068 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.013 0.068 0.791 23 S 0.102 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.016 0.065 0.759 24 K 0.041 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.054 0.141 0.695 25 D 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.370 0.064 0.085 0.401 26 E 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.003 0.755 0.007 0.007 0.003 0.003 0.001 0.070 0.019 0.012 0.086 27 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.051 0.094 0.602 0.016 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.076 0.015 0.023 0.101 28 I 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.009 0.610 0.003 0.197 0.005 0.013 0.121 29 C 0.304 0.127 0.060 0.002 0.018 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 0.032 0.164 0.026 0.221 30 K 0.162 0.043 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.032 0.067 0.632 31 G 0.050 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.065 0.804 32 D 0.096 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.060 0.086 0.587 33 R 0.046 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.152 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.043 0.071 0.548 34 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.003 0.645 0.002 0.037 0.002 0.007 0.002 0.094 0.019 0.026 0.145 35 A 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.028 0.001 0.002 0.103 0.023 0.112 0.670 36 F 0.009 0.012 0.001 0.008 0.001 0.098 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.001 0.023 0.011 0.318 0.008 0.149 0.041 0.057 0.244 37 P 0.078 0.036 0.032 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.053 0.246 0.072 0.458 38 I 0.262 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.050 0.081 0.519 39 K 0.155 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.034 0.106 0.644 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.012 0.120 0.801 41 G 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.017 0.129 0.800 42 I 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.190 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 0.055 0.103 0.416 43 P 0.156 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.060 0.100 0.526 44 M 0.060 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.050 0.008 0.001 0.147 0.107 0.103 0.483 45 M 0.013 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.003 0.220 0.074 0.127 0.515 46 L 0.145 0.338 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.065 0.062 0.319 47 E 0.169 0.474 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.071 0.040 0.224 48 S 0.144 0.323 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.090 0.064 0.358 49 E 0.211 0.262 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.049 0.060 0.390 50 A 0.200 0.199 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.110 0.059 0.414 51 R 0.161 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.085 0.694 52 E 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.065 0.885 53 L 0.033 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.093 0.781 54 A 0.400 0.149 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.091 0.042 0.305 55 P 0.120 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.041 0.686 56 E 0.075 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 0.045 0.806 57 E 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.039 0.018 0.064 0.828 58 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 0.054 0.913 59 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.015 0.073 0.875 60 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.075 0.888