# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.100 0.685 2 D 0.073 0.038 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.010 0.138 0.682 3 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.977 4 K 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.449 0.509 5 F 0.184 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.462 0.309 6 L 0.218 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.008 0.188 7 E 0.056 0.581 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.016 0.053 0.214 8 I 0.221 0.472 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.029 0.010 0.206 9 L 0.150 0.507 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.030 0.113 0.031 0.010 0.131 10 V 0.031 0.253 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.038 0.009 0.290 0.024 0.022 0.287 11 C 0.037 0.103 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.010 0.002 0.013 0.002 0.001 0.354 0.020 0.040 0.341 12 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.010 0.977 13 L 0.032 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.017 0.120 0.669 14 C 0.265 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.018 0.097 0.493 15 K 0.139 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.025 0.110 0.581 16 G 0.036 0.008 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.006 0.220 0.630 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.020 0.002 0.001 0.002 0.014 0.067 0.306 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.053 0.048 0.127 0.004 0.060 0.274 19 V 0.019 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.603 0.048 0.069 0.002 0.036 0.140 20 F 0.021 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.006 0.033 0.010 0.038 0.003 0.001 0.281 0.006 0.078 0.492 21 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.073 0.736 0.014 0.049 0.003 0.002 0.001 0.041 0.001 0.014 0.056 22 K 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.009 0.117 0.616 23 S 0.020 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.015 0.584 0.262 24 K 0.201 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.090 0.330 0.325 25 D 0.053 0.098 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.060 0.286 0.459 26 E 0.175 0.008 0.262 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.027 0.208 0.239 27 L 0.025 0.016 0.002 0.005 0.016 0.117 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.129 0.031 0.375 0.003 0.049 0.214 28 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.031 0.831 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.041 0.001 0.006 0.028 29 C 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.007 0.015 0.425 0.012 0.018 0.005 0.003 0.002 0.267 0.002 0.033 0.184 30 K 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.359 0.009 0.109 0.466 31 G 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.014 0.432 0.421 32 D 0.201 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.032 0.232 0.448 33 R 0.219 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.050 0.154 0.403 34 L 0.117 0.049 0.129 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.015 0.263 0.286 35 A 0.078 0.051 0.013 0.005 0.023 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.284 0.013 0.081 0.411 36 F 0.031 0.033 0.003 0.001 0.027 0.108 0.412 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 0.170 0.004 0.025 0.155 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 38 I 0.013 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.043 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.589 0.004 0.034 0.277 39 K 0.012 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.207 0.002 0.110 0.489 40 D 0.026 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.007 0.063 0.674 41 G 0.133 0.059 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.030 0.061 0.521 42 I 0.431 0.023 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.013 0.058 0.332 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 M 0.012 0.011 0.002 0.003 0.157 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.231 0.005 0.070 0.461 45 M 0.090 0.117 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.006 0.093 0.504 46 L 0.115 0.155 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.014 0.060 0.411 47 E 0.081 0.140 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.008 0.059 0.451 48 S 0.013 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 0.174 0.691 49 E 0.091 0.149 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.216 0.506 50 A 0.137 0.540 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.039 0.255 51 R 0.188 0.560 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.014 0.018 0.188 52 E 0.143 0.563 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.008 0.243 53 L 0.297 0.414 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.055 0.005 0.188 54 A 0.103 0.241 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.031 0.099 0.486 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.102 0.857 57 E 0.301 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.096 0.532 58 E 0.180 0.171 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.047 0.547 59 V 0.130 0.217 0.009 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.011 0.046 0.475 60 K 0.059 0.135 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.012 0.052 0.650