# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.036 0.022 0.010 0.005 0.007 0.060 0.005 0.001 0.003 0.686 2 D 0.086 0.012 0.009 0.008 0.003 0.005 0.125 0.004 0.001 0.004 0.743 3 A 0.041 0.008 0.009 0.008 0.002 0.002 0.056 0.001 0.001 0.004 0.869 4 K 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.411 0.001 0.001 0.001 0.564 5 F 0.076 0.143 0.001 0.012 0.004 0.006 0.193 0.002 0.001 0.006 0.556 6 L 0.035 0.667 0.001 0.015 0.008 0.027 0.080 0.002 0.001 0.006 0.159 7 E 0.051 0.680 0.001 0.011 0.007 0.067 0.078 0.014 0.001 0.006 0.086 8 I 0.128 0.785 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.060 9 L 0.059 0.871 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 0.022 10 V 0.132 0.569 0.020 0.009 0.013 0.024 0.004 0.111 0.001 0.001 0.116 11 C 0.147 0.162 0.094 0.053 0.053 0.097 0.044 0.047 0.001 0.001 0.302 12 P 0.003 0.002 0.006 0.011 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.971 13 L 0.018 0.003 0.003 0.075 0.024 0.056 0.166 0.001 0.001 0.003 0.651 14 C 0.198 0.009 0.005 0.051 0.012 0.033 0.086 0.001 0.001 0.011 0.593 15 K 0.096 0.022 0.002 0.072 0.017 0.039 0.064 0.002 0.001 0.005 0.681 16 G 0.117 0.007 0.003 0.057 0.029 0.049 0.100 0.001 0.001 0.006 0.630 17 P 0.012 0.002 0.001 0.015 0.007 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.940 18 L 0.027 0.010 0.002 0.040 0.088 0.164 0.095 0.001 0.001 0.003 0.570 19 V 0.123 0.025 0.002 0.043 0.132 0.211 0.059 0.002 0.001 0.006 0.398 20 F 0.096 0.067 0.002 0.059 0.157 0.215 0.054 0.004 0.001 0.003 0.344 21 D 0.099 0.038 0.004 0.042 0.148 0.218 0.112 0.004 0.001 0.006 0.330 22 K 0.041 0.017 0.006 0.033 0.045 0.066 0.104 0.003 0.001 0.007 0.679 23 S 0.046 0.010 0.003 0.016 0.033 0.043 0.424 0.004 0.001 0.022 0.399 24 K 0.257 0.014 0.014 0.015 0.012 0.015 0.218 0.003 0.001 0.053 0.400 25 D 0.116 0.033 0.010 0.028 0.023 0.025 0.321 0.002 0.001 0.027 0.415 26 E 0.122 0.026 0.010 0.032 0.053 0.068 0.300 0.002 0.001 0.025 0.362 27 L 0.076 0.047 0.006 0.056 0.136 0.207 0.134 0.002 0.001 0.007 0.330 28 I 0.031 0.036 0.003 0.057 0.212 0.369 0.064 0.002 0.001 0.004 0.221 29 C 0.029 0.028 0.002 0.030 0.177 0.337 0.062 0.002 0.001 0.003 0.330 30 K 0.016 0.011 0.002 0.028 0.115 0.157 0.034 0.002 0.001 0.002 0.634 31 G 0.022 0.008 0.002 0.023 0.059 0.102 0.182 0.002 0.001 0.009 0.591 32 D 0.150 0.013 0.003 0.035 0.033 0.045 0.217 0.003 0.001 0.023 0.477 33 R 0.209 0.036 0.009 0.050 0.039 0.059 0.191 0.004 0.001 0.029 0.373 34 L 0.180 0.038 0.010 0.071 0.095 0.121 0.166 0.003 0.001 0.019 0.296 35 A 0.081 0.034 0.016 0.080 0.073 0.173 0.098 0.003 0.001 0.009 0.433 36 F 0.026 0.009 0.004 0.076 0.345 0.300 0.047 0.001 0.001 0.002 0.189 37 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.951 38 I 0.003 0.001 0.001 0.100 0.213 0.418 0.079 0.001 0.001 0.002 0.183 39 K 0.085 0.008 0.001 0.050 0.061 0.135 0.166 0.001 0.001 0.012 0.481 40 D 0.090 0.025 0.001 0.028 0.022 0.045 0.197 0.002 0.001 0.011 0.579 41 G 0.456 0.010 0.006 0.040 0.017 0.026 0.151 0.005 0.001 0.065 0.224 42 I 0.348 0.010 0.061 0.046 0.026 0.021 0.216 0.001 0.001 0.020 0.250 43 P 0.002 0.001 0.006 0.010 0.008 0.015 0.027 0.001 0.001 0.001 0.932 44 M 0.017 0.002 0.001 0.107 0.121 0.278 0.100 0.001 0.001 0.003 0.370 45 M 0.103 0.012 0.002 0.120 0.093 0.151 0.072 0.001 0.001 0.006 0.440 46 L 0.027 0.018 0.001 0.099 0.156 0.284 0.096 0.001 0.001 0.002 0.315 47 E 0.009 0.007 0.001 0.095 0.031 0.097 0.052 0.001 0.001 0.001 0.707 48 S 0.012 0.016 0.001 0.068 0.020 0.048 0.188 0.001 0.001 0.004 0.643 49 E 0.096 0.038 0.001 0.022 0.024 0.029 0.300 0.004 0.001 0.017 0.471 50 A 0.196 0.264 0.005 0.039 0.028 0.043 0.141 0.004 0.001 0.010 0.271 51 R 0.146 0.296 0.004 0.022 0.023 0.043 0.097 0.007 0.001 0.007 0.355 52 E 0.228 0.263 0.007 0.006 0.006 0.015 0.026 0.007 0.001 0.002 0.440 53 L 0.287 0.294 0.009 0.017 0.018 0.027 0.019 0.027 0.001 0.002 0.302 54 A 0.193 0.091 0.020 0.014 0.021 0.023 0.065 0.012 0.001 0.002 0.558 55 P 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.982 56 E 0.014 0.005 0.001 0.013 0.008 0.027 0.212 0.001 0.001 0.002 0.717 57 E 0.437 0.023 0.002 0.007 0.003 0.005 0.067 0.001 0.001 0.007 0.449 58 E 0.205 0.277 0.002 0.016 0.009 0.012 0.064 0.003 0.001 0.003 0.408 59 V 0.203 0.213 0.006 0.020 0.017 0.030 0.074 0.003 0.001 0.006 0.427 60 K 0.129 0.217 0.003 0.019 0.017 0.029 0.063 0.006 0.001 0.003 0.514