# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 D 0.005 0.006 0.001 0.021 0.002 0.004 0.961 3 A 0.001 0.001 0.033 0.742 0.044 0.133 0.045 4 K 0.001 0.001 0.030 0.777 0.018 0.130 0.043 5 F 0.001 0.001 0.028 0.892 0.008 0.039 0.030 6 L 0.002 0.001 0.015 0.932 0.012 0.014 0.025 7 E 0.005 0.001 0.030 0.920 0.015 0.017 0.013 8 I 0.010 0.002 0.051 0.881 0.007 0.041 0.007 9 L 0.068 0.019 0.040 0.677 0.022 0.143 0.031 10 V 0.136 0.030 0.024 0.403 0.055 0.237 0.116 11 C 0.115 0.011 0.011 0.055 0.212 0.038 0.558 12 P 0.079 0.014 0.083 0.091 0.121 0.255 0.358 13 L 0.058 0.017 0.116 0.038 0.192 0.335 0.244 14 C 0.089 0.030 0.075 0.013 0.230 0.241 0.323 15 K 0.059 0.008 0.032 0.010 0.425 0.145 0.321 16 G 0.119 0.007 0.017 0.014 0.473 0.079 0.290 17 P 0.308 0.012 0.026 0.026 0.115 0.103 0.411 18 L 0.697 0.018 0.010 0.019 0.030 0.019 0.207 19 V 0.873 0.012 0.002 0.014 0.010 0.005 0.084 20 F 0.869 0.022 0.002 0.010 0.017 0.005 0.075 21 D 0.532 0.014 0.006 0.015 0.049 0.018 0.366 22 K 0.099 0.003 0.092 0.089 0.122 0.527 0.067 23 S 0.068 0.008 0.100 0.037 0.090 0.615 0.081 24 K 0.057 0.011 0.169 0.030 0.153 0.459 0.122 25 D 0.121 0.007 0.077 0.029 0.256 0.339 0.171 26 E 0.567 0.029 0.052 0.037 0.111 0.068 0.136 27 L 0.738 0.042 0.021 0.031 0.041 0.026 0.102 28 I 0.721 0.044 0.012 0.031 0.043 0.027 0.122 29 C 0.436 0.021 0.014 0.014 0.067 0.029 0.419 30 K 0.062 0.005 0.102 0.043 0.125 0.546 0.117 31 G 0.023 0.004 0.123 0.022 0.122 0.619 0.087 32 D 0.048 0.010 0.188 0.022 0.180 0.375 0.178 33 R 0.099 0.019 0.159 0.026 0.136 0.400 0.161 34 L 0.365 0.037 0.063 0.016 0.120 0.104 0.295 35 A 0.537 0.057 0.039 0.016 0.085 0.054 0.212 36 F 0.529 0.015 0.008 0.013 0.172 0.011 0.253 37 P 0.411 0.033 0.008 0.008 0.039 0.018 0.483 38 I 0.184 0.033 0.032 0.026 0.083 0.095 0.548 39 K 0.135 0.020 0.041 0.035 0.148 0.183 0.438 40 D 0.021 0.003 0.042 0.048 0.191 0.638 0.057 41 G 0.028 0.002 0.024 0.037 0.182 0.616 0.111 42 I 0.162 0.020 0.011 0.038 0.113 0.013 0.643 43 P 0.463 0.085 0.013 0.036 0.028 0.011 0.364 44 M 0.563 0.034 0.040 0.074 0.060 0.039 0.189 45 M 0.439 0.048 0.059 0.057 0.061 0.042 0.294 46 L 0.259 0.021 0.095 0.087 0.051 0.035 0.452 47 E 0.075 0.004 0.312 0.254 0.044 0.087 0.223 48 S 0.037 0.003 0.335 0.413 0.053 0.107 0.052 49 E 0.025 0.006 0.320 0.447 0.021 0.132 0.049 50 A 0.043 0.016 0.210 0.473 0.038 0.109 0.111 51 R 0.057 0.010 0.135 0.474 0.053 0.145 0.126 52 E 0.053 0.011 0.070 0.468 0.075 0.165 0.158 53 L 0.032 0.019 0.016 0.256 0.149 0.082 0.446 54 A 0.008 0.005 0.002 0.013 0.052 0.007 0.913 55 P 0.005 0.002 0.144 0.283 0.037 0.338 0.191 56 E 0.012 0.002 0.228 0.235 0.097 0.328 0.098 57 E 0.022 0.008 0.335 0.215 0.142 0.085 0.193 58 E 0.056 0.039 0.077 0.232 0.087 0.161 0.348 59 V 0.025 0.024 0.008 0.040 0.009 0.033 0.861 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997