# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.263 0.391 0.080 0.104 0.038 0.017 0.006 0.015 0.010 0.001 2 D 0.026 0.048 0.683 0.007 0.019 0.158 0.003 0.001 0.049 0.005 0.001 3 A 0.974 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.957 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.887 0.001 0.004 0.099 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 6 L 0.911 0.010 0.033 0.022 0.001 0.004 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 7 E 0.952 0.009 0.016 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.881 0.029 0.022 0.060 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.788 0.045 0.053 0.096 0.003 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 V 0.327 0.276 0.087 0.222 0.031 0.022 0.005 0.002 0.025 0.002 0.001 11 C 0.040 0.143 0.339 0.003 0.030 0.037 0.021 0.001 0.382 0.004 0.001 12 P 0.639 0.002 0.244 0.022 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 13 L 0.623 0.041 0.098 0.176 0.010 0.026 0.006 0.006 0.010 0.003 0.001 14 C 0.224 0.117 0.230 0.268 0.052 0.049 0.018 0.005 0.026 0.008 0.002 15 K 0.172 0.058 0.099 0.293 0.019 0.040 0.259 0.022 0.036 0.003 0.001 16 G 0.074 0.085 0.362 0.004 0.224 0.002 0.017 0.024 0.010 0.197 0.001 17 P 0.108 0.013 0.616 0.020 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 0.185 18 L 0.030 0.424 0.420 0.024 0.027 0.042 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 19 V 0.042 0.744 0.095 0.027 0.028 0.027 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 20 F 0.038 0.425 0.415 0.015 0.027 0.059 0.003 0.001 0.015 0.002 0.001 21 D 0.040 0.219 0.278 0.034 0.030 0.208 0.023 0.001 0.165 0.001 0.001 22 K 0.556 0.107 0.125 0.117 0.025 0.021 0.023 0.006 0.016 0.004 0.001 23 S 0.411 0.088 0.190 0.168 0.027 0.029 0.030 0.020 0.026 0.010 0.001 24 K 0.515 0.046 0.108 0.202 0.023 0.018 0.049 0.011 0.013 0.014 0.001 25 D 0.258 0.041 0.091 0.172 0.019 0.035 0.337 0.028 0.016 0.003 0.001 26 E 0.322 0.247 0.192 0.147 0.041 0.019 0.010 0.002 0.019 0.001 0.001 27 L 0.145 0.260 0.446 0.059 0.022 0.047 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 28 I 0.074 0.571 0.155 0.090 0.042 0.041 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 29 C 0.020 0.291 0.417 0.012 0.147 0.048 0.003 0.001 0.058 0.004 0.001 30 K 0.675 0.023 0.105 0.145 0.006 0.014 0.016 0.006 0.007 0.003 0.001 31 G 0.513 0.016 0.051 0.088 0.027 0.005 0.054 0.146 0.006 0.094 0.001 32 D 0.387 0.048 0.094 0.369 0.020 0.026 0.028 0.008 0.016 0.003 0.001 33 R 0.258 0.154 0.186 0.122 0.043 0.031 0.132 0.030 0.033 0.009 0.001 34 L 0.194 0.314 0.342 0.077 0.032 0.023 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 35 A 0.172 0.358 0.261 0.095 0.043 0.030 0.012 0.003 0.023 0.003 0.001 36 F 0.013 0.605 0.170 0.001 0.056 0.012 0.006 0.001 0.137 0.001 0.001 37 P 0.059 0.012 0.843 0.003 0.001 0.071 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 38 I 0.163 0.237 0.462 0.029 0.015 0.069 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 39 K 0.478 0.246 0.118 0.079 0.019 0.021 0.007 0.003 0.025 0.005 0.001 40 D 0.146 0.076 0.280 0.288 0.041 0.013 0.127 0.004 0.019 0.007 0.001 41 G 0.014 0.002 0.016 0.010 0.019 0.001 0.044 0.795 0.001 0.098 0.001 42 I 0.015 0.268 0.612 0.002 0.010 0.026 0.004 0.001 0.063 0.001 0.001 43 P 0.081 0.009 0.863 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 44 M 0.191 0.452 0.195 0.022 0.065 0.041 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 45 M 0.107 0.363 0.343 0.034 0.047 0.067 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 46 L 0.057 0.251 0.422 0.022 0.072 0.089 0.004 0.001 0.078 0.003 0.001 47 E 0.537 0.035 0.341 0.022 0.011 0.024 0.008 0.003 0.005 0.012 0.001 48 S 0.845 0.010 0.042 0.056 0.007 0.007 0.019 0.010 0.002 0.002 0.001 49 E 0.851 0.006 0.016 0.113 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 50 A 0.697 0.044 0.103 0.107 0.011 0.010 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 51 R 0.667 0.088 0.156 0.042 0.017 0.011 0.009 0.001 0.007 0.002 0.001 52 E 0.612 0.052 0.211 0.084 0.009 0.014 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 53 L 0.238 0.134 0.464 0.101 0.007 0.037 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 54 A 0.042 0.138 0.605 0.003 0.041 0.032 0.011 0.001 0.117 0.009 0.001 55 P 0.726 0.003 0.220 0.027 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 56 E 0.624 0.020 0.068 0.236 0.010 0.013 0.010 0.011 0.006 0.002 0.001 57 E 0.470 0.092 0.225 0.145 0.025 0.016 0.008 0.003 0.013 0.003 0.001 58 E 0.343 0.138 0.288 0.122 0.021 0.038 0.021 0.005 0.019 0.003 0.001 59 V 0.200 0.246 0.312 0.128 0.030 0.037 0.009 0.003 0.030 0.003 0.001 60 K 0.206 0.188 0.299 0.063 0.092 0.030 0.042 0.021 0.025 0.035 0.001