# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.289 0.168 0.027 0.126 0.025 0.032 0.066 0.055 0.121 0.041 2 D 0.107 0.340 0.140 0.004 0.342 0.001 0.002 0.013 0.005 0.014 0.032 3 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.538 0.432 0.011 0.001 4 K 0.002 0.008 0.008 0.002 0.004 0.002 0.019 0.705 0.147 0.102 0.002 5 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.791 0.162 0.038 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.860 0.129 0.003 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.879 0.093 0.005 0.001 8 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.026 0.789 0.127 0.043 0.001 9 L 0.025 0.009 0.001 0.001 0.027 0.003 0.033 0.702 0.106 0.077 0.016 10 V 0.027 0.064 0.017 0.006 0.070 0.008 0.049 0.172 0.087 0.463 0.036 11 C 0.051 0.384 0.107 0.005 0.335 0.002 0.012 0.043 0.017 0.025 0.019 12 P 0.039 0.163 0.091 0.009 0.079 0.010 0.049 0.321 0.200 0.024 0.015 13 L 0.043 0.042 0.022 0.015 0.051 0.053 0.272 0.278 0.122 0.075 0.026 14 C 0.059 0.324 0.118 0.064 0.204 0.035 0.049 0.039 0.019 0.056 0.033 15 K 0.028 0.027 0.050 0.099 0.017 0.063 0.060 0.069 0.102 0.396 0.089 16 G 0.006 0.162 0.462 0.204 0.029 0.039 0.021 0.040 0.019 0.015 0.004 17 P 0.128 0.218 0.069 0.013 0.274 0.010 0.027 0.093 0.073 0.055 0.041 18 L 0.264 0.130 0.021 0.003 0.417 0.006 0.010 0.026 0.023 0.028 0.073 19 V 0.168 0.190 0.044 0.004 0.474 0.004 0.010 0.037 0.015 0.028 0.027 20 F 0.175 0.230 0.068 0.018 0.308 0.018 0.019 0.040 0.019 0.042 0.064 21 D 0.176 0.182 0.080 0.008 0.455 0.003 0.007 0.018 0.010 0.024 0.037 22 K 0.033 0.051 0.040 0.014 0.031 0.013 0.031 0.340 0.330 0.088 0.029 23 S 0.018 0.100 0.087 0.042 0.040 0.039 0.116 0.272 0.157 0.112 0.017 24 K 0.040 0.344 0.082 0.047 0.135 0.025 0.035 0.094 0.080 0.084 0.032 25 D 0.047 0.024 0.012 0.011 0.038 0.016 0.029 0.137 0.185 0.393 0.108 26 E 0.076 0.261 0.105 0.011 0.261 0.008 0.023 0.112 0.072 0.053 0.020 27 L 0.311 0.128 0.025 0.003 0.371 0.003 0.007 0.035 0.017 0.029 0.072 28 I 0.170 0.171 0.079 0.027 0.276 0.023 0.031 0.031 0.020 0.066 0.106 29 C 0.107 0.288 0.230 0.024 0.275 0.003 0.002 0.010 0.005 0.021 0.033 30 K 0.019 0.054 0.079 0.048 0.026 0.065 0.128 0.354 0.181 0.035 0.011 31 G 0.023 0.040 0.045 0.050 0.023 0.038 0.090 0.246 0.149 0.246 0.051 32 D 0.055 0.209 0.048 0.029 0.159 0.029 0.048 0.131 0.105 0.152 0.036 33 R 0.093 0.062 0.027 0.014 0.092 0.031 0.049 0.166 0.156 0.216 0.094 34 L 0.124 0.156 0.039 0.009 0.300 0.007 0.021 0.116 0.082 0.090 0.055 35 A 0.147 0.109 0.043 0.014 0.241 0.015 0.038 0.076 0.088 0.176 0.053 36 F 0.052 0.427 0.233 0.008 0.224 0.002 0.004 0.025 0.008 0.004 0.012 37 P 0.117 0.372 0.071 0.004 0.318 0.003 0.013 0.044 0.017 0.012 0.028 38 I 0.243 0.108 0.049 0.028 0.211 0.035 0.039 0.099 0.052 0.047 0.088 39 K 0.019 0.053 0.086 0.170 0.037 0.219 0.112 0.193 0.070 0.033 0.008 40 D 0.010 0.097 0.139 0.236 0.026 0.068 0.148 0.134 0.055 0.070 0.017 41 G 0.015 0.022 0.053 0.109 0.013 0.020 0.014 0.028 0.047 0.611 0.067 42 I 0.018 0.524 0.206 0.009 0.136 0.004 0.009 0.059 0.025 0.006 0.004 43 P 0.143 0.252 0.046 0.005 0.370 0.007 0.021 0.078 0.027 0.012 0.040 44 M 0.129 0.141 0.046 0.013 0.271 0.020 0.087 0.150 0.070 0.033 0.040 45 M 0.105 0.210 0.100 0.015 0.196 0.011 0.038 0.156 0.064 0.064 0.041 46 L 0.047 0.375 0.198 0.016 0.129 0.004 0.008 0.093 0.051 0.052 0.025 47 E 0.014 0.173 0.075 0.016 0.050 0.018 0.037 0.360 0.225 0.027 0.005 48 S 0.009 0.024 0.018 0.005 0.018 0.011 0.051 0.596 0.232 0.028 0.008 49 E 0.010 0.008 0.005 0.005 0.009 0.008 0.038 0.439 0.224 0.235 0.020 50 A 0.043 0.118 0.034 0.007 0.079 0.006 0.017 0.349 0.208 0.116 0.023 51 R 0.013 0.179 0.082 0.015 0.068 0.022 0.054 0.387 0.143 0.031 0.006 52 E 0.095 0.107 0.035 0.003 0.148 0.005 0.053 0.213 0.114 0.178 0.049 53 L 0.065 0.428 0.151 0.008 0.236 0.004 0.016 0.027 0.014 0.023 0.027 54 A 0.030 0.499 0.261 0.015 0.141 0.003 0.006 0.021 0.008 0.008 0.008 55 P 0.010 0.028 0.012 0.004 0.021 0.006 0.020 0.413 0.440 0.038 0.007 56 E 0.015 0.026 0.016 0.006 0.025 0.008 0.033 0.389 0.329 0.134 0.018 57 E 0.030 0.102 0.023 0.006 0.081 0.007 0.031 0.368 0.218 0.121 0.013 58 E 0.090 0.065 0.022 0.006 0.126 0.008 0.043 0.296 0.144 0.158 0.041 59 V 0.098 0.232 0.078 0.015 0.202 0.013 0.029 0.136 0.072 0.078 0.046 60 K 0.067 0.215 0.112 0.030 0.170 0.028 0.053 0.156 0.060 0.073 0.036