# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8385 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.758 0.144 0.057 0.030 0.010 0.002 0.001 2 D 0.704 0.162 0.077 0.035 0.015 0.006 0.001 3 A 0.692 0.186 0.081 0.031 0.009 0.002 0.001 4 K 0.558 0.261 0.117 0.046 0.015 0.003 0.001 5 F 0.299 0.142 0.138 0.177 0.162 0.077 0.005 6 L 0.277 0.154 0.163 0.180 0.142 0.075 0.008 7 E 0.446 0.289 0.157 0.073 0.025 0.009 0.001 8 I 0.435 0.099 0.106 0.158 0.127 0.068 0.009 9 L 0.289 0.123 0.084 0.100 0.158 0.197 0.048 10 V 0.196 0.104 0.112 0.167 0.186 0.191 0.044 11 C 0.157 0.194 0.233 0.230 0.117 0.056 0.013 12 P 0.253 0.170 0.127 0.147 0.140 0.131 0.032 13 L 0.220 0.172 0.178 0.198 0.139 0.078 0.015 14 C 0.137 0.122 0.160 0.221 0.214 0.130 0.016 15 K 0.235 0.306 0.223 0.141 0.067 0.024 0.004 16 G 0.296 0.260 0.158 0.146 0.094 0.040 0.006 17 P 0.158 0.324 0.307 0.155 0.045 0.010 0.001 18 L 0.056 0.052 0.108 0.265 0.350 0.162 0.008 19 V 0.194 0.340 0.266 0.141 0.047 0.012 0.001 20 F 0.140 0.208 0.256 0.266 0.113 0.016 0.001 21 D 0.449 0.376 0.137 0.035 0.004 0.001 0.001 22 K 0.699 0.225 0.056 0.017 0.003 0.001 0.001 23 S 0.835 0.127 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 24 K 0.603 0.264 0.096 0.032 0.005 0.001 0.001 25 D 0.418 0.343 0.171 0.057 0.010 0.001 0.001 26 E 0.136 0.319 0.307 0.179 0.053 0.007 0.001 27 L 0.050 0.083 0.147 0.252 0.305 0.154 0.010 28 I 0.074 0.171 0.256 0.279 0.160 0.056 0.004 29 C 0.085 0.132 0.187 0.267 0.226 0.095 0.009 30 K 0.338 0.322 0.188 0.106 0.036 0.009 0.001 31 G 0.321 0.302 0.185 0.121 0.051 0.018 0.002 32 D 0.138 0.198 0.242 0.240 0.131 0.047 0.004 33 R 0.306 0.324 0.190 0.118 0.047 0.014 0.002 34 L 0.062 0.114 0.185 0.270 0.233 0.124 0.013 35 A 0.095 0.199 0.229 0.227 0.154 0.086 0.011 36 F 0.063 0.098 0.144 0.236 0.253 0.175 0.031 37 P 0.101 0.219 0.251 0.233 0.131 0.057 0.007 38 I 0.054 0.064 0.097 0.222 0.313 0.215 0.034 39 K 0.219 0.320 0.237 0.146 0.055 0.019 0.004 40 D 0.287 0.284 0.204 0.135 0.060 0.025 0.004 41 G 0.168 0.189 0.199 0.201 0.145 0.083 0.014 42 I 0.063 0.076 0.109 0.192 0.267 0.249 0.045 43 P 0.082 0.148 0.173 0.199 0.186 0.163 0.050 44 M 0.106 0.153 0.157 0.184 0.183 0.168 0.048 45 M 0.055 0.084 0.137 0.218 0.240 0.214 0.052 46 L 0.047 0.069 0.124 0.233 0.300 0.209 0.018 47 E 0.129 0.315 0.319 0.174 0.052 0.010 0.001 48 S 0.453 0.369 0.120 0.043 0.012 0.003 0.001 49 E 0.203 0.270 0.239 0.194 0.075 0.018 0.001 50 A 0.085 0.089 0.162 0.327 0.273 0.062 0.001 51 R 0.371 0.322 0.205 0.084 0.015 0.002 0.001 52 E 0.654 0.268 0.062 0.014 0.002 0.001 0.001 53 L 0.324 0.211 0.233 0.164 0.056 0.011 0.001 54 A 0.750 0.157 0.058 0.025 0.009 0.002 0.001 55 P 0.833 0.121 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 56 E 0.867 0.102 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 57 E 0.838 0.124 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 58 E 0.803 0.148 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 59 V 0.797 0.143 0.044 0.014 0.002 0.001 0.001 60 K 0.866 0.099 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001